隨着市場經濟的迅猛發展，城鎮化進程的加快，不少城鎮在土地使用稅的徵管過程中逐漸暴露出一些問題，影響了土地使用稅調節資源配置、提高土地使用效率的作用，影響了稅負公平和地方財政收入，浪費了土地資源。
一、存在的問題和現狀
1.公民依法納稅意識不強。由於地方稅種類較多，對一些小稅種的宣傳普及工作依然不足，加上日常徵管不到位，管理工作尚欠規範，少數納稅人稅收法律意識淡薄，存在納稅意識誤區：有的人認爲土地使用稅等小稅種能逃則逃、能少則少;有的則認爲取得土地後未使用土地就不用納稅。在取得土地的時間與政府抄告單、文件等不一致時，在納稅期間上產生爭議和分歧時，對稅收政策不理解，存在牴觸情緒。
2.土地資源信息不全面。一般來說，企業使用土地應該擁有土地使用權證，但現實情況並非如此。由於歷史的原因，有不少國有、集體老企業沒有取得土地使用權證，企業申報土地使用面積不真實;有的企業增加了房地產也不報，一個面積數申報了很多年;有的企業有多處房產，只申報一處房產佔地面積。現實工作中，很多納稅戶申報稅額遠遠小於實際土地面積應徵數，漏徵漏管情況仍然存在。
3.信息交換不及時。土地使用稅的徵管基礎工作涉及國土、建設、物業管理等部門及相關鄉鎮、街道，單靠地稅部門一家的努力難以見效。有關政策法規明確規定，相關部門單位有向稅務機關提供涉稅基礎信息的責任和義務，但在實際工作中，尚未建立起一套較爲完善、行之有效的部門協作機制和信息交換方法，地稅部門很難適時取得房產、土地的登記資料及變動情況。
4.徵管基礎工作不夠紮實。企業土地使用涉及範圍廣、面積多、變動大，情況較爲複雜。在日常徵管中有少數稅管員工作態度不認真、不細緻，對土地實際情況覈查不實，甚至不覈查，可能還有很多我們沒有掌握的源頭信息，法定稅負與實際稅負相距較大。
5.思想上重視不夠。由於土地使用稅與營業稅、所得稅等大稅種相比總量較小，有些地稅管理人員認爲，與其花大力氣抓小稅種，不如把時間精力用在抓大稅種上面，將會事半功倍，對收入任務更有利。有的人對該稅種的政策精神沒有掌握，工作中往往有些“心虛”，不敢真抓。
二、加強稅收管理的對策
1.深入開展稅收宣傳和政策輔導。進一步組織稅收管理員學習相關政策，熟悉和掌握轄區內不同地段土地適用的等級稅額標準。同時，加大對外宣傳力度，利用大廳公告欄、電子顯示屏宣傳資料等對調整後的土地等級和稅額新標準深入宣傳，加強對企業的納稅輔導，多方式、多渠道，爭取社會各界對該稅種徵管工作的理解和支持。
2.加強部門間信息交流與協作。地稅徵管部門應當以地籍資料爲基礎，以地管稅，使土地使用稅管理更加細緻。要取得國土管理部門的配合，利用該部門擁有的電子地圖系統數據庫資料，確定每一宗土地的`使用證編號使用面積、土地使用權所有人土地等級、應納稅額、詳細資料等，出租土地應有承租土地使用人詳細資料;要及時將土地管理部門和城建規劃部門的新資料及時更新到數據庫內，進行分析比對。
3.嚴格審覈稅務登記資料。基層地稅分局應認真輔導納稅人填寫稅務登記申請表，嚴格審覈稅務登記資料，在源頭上把好關，做好填寫清楚，資料詳細，對情況不明的不予以辦理稅務登記。稅收管理員應上戶實地調查，覈實情況，將登記內容錄入徵管系統。在日常管理工作中，稅收管理員應建立分戶稅源臺賬，詳細記載納稅人的應稅土地面積、免稅土地面積、應納稅額等，並根據企業情況變動及時對臺賬和稅源數據庫進行調整。
4.實施稅源動態管理。在日常工作中，應嚴格審覈納稅人是否按照新的城鎮土地使用稅標準申報繳納稅款，要求納稅人在土地面積變動時，及時將相關資料報送稅務機關，並據實進行納稅申報。對未按規定申報和只申報不繳稅的納稅人，發送稅務文書責令限期改正，督促納稅人依法履行納稅義務，對個別確有困難的企業，可按規定辦理緩繳。基層稅務部門必須進行認真核實，作出書面報告，說明情況。
5.實行巡查、專項檢查、考覈三結合。稅收管理員必須加強對轄區內所有企業土地面積的調查覈實工作，必要時實地勘測丈量，採集相關信息，並針對採集到的新信息與原信息進行比對，分析納稅人申報數據是否準確，使管理工作進一步到位。上級稅務機關應組織人員對該稅種政策執行情況開展專項檢查，並將信息採集徵收管理等工作納入年度目標管理考覈，做到考覈結果與徵管質量掛鉤，與獎懲掛鉤，從而進一步調動徵管人員精細化管理的積極性，促進該稅種的後續管理。