1、內部審計工作的層次和地位
新修訂的《審計法》第二十九條規定：“依法屬於審計機關審計監督對象的單位，應當按照國家有關規定建立健全內部審計制度；其內部審計工作應當接受審計機關的業務指導和監督。”，目前內部審計工作的地位和影響在一些公司裏還不能適應經濟發展的需要，其狀況和水平需要改進和提高。內部審計工作和機構在公司的地位有多種形式，因此需要對內部審計的各種層次和狀況、質量和影響進行分析研究。例如：有的公司是在董事會領導下開展審計工作，有的則是在監事會領導下開展審計工作，還有的是在經理層領導下開展審計工作，由於地位不同，審計的層次、範圍、重點、內容也不盡相同。公司內部審計的管理形式目前沒有統一的標準或形式。高層次的內部審計是在公司董事會或監事會下設立審計委員會，審計委員會中設有獨立董事，獨立董事應對全體股東負責，審計委員會的權威比較大，內部審計可以受託對公司的各個層次進行審計。第二層次是由公司董事會聘請財務總監，內部審計工作由財務總監負責，獨立性相對差一些，公司設立審計部，從組織地位講，審計部隸屬於經理層，同時受監事會、審計委員會指導，可以對同級管理部門進行審計。第三層次的內部審計是公司的一般管理部門，主要監督下屬部門的經濟活動，同時可受託對經理層的財務活動和管理情況進行監督。第四層次的內部審計是非獨立的設立在其他業務部門的審計組織和審計人員。該層次的審計組織或人員受業務部門的委託對較低層次的組織或人員進行審計。第五層次的內部審計就是設在其他部門的兼職審計人員，其職能作用的發揮因其層次較低和人員的非獨立性會受到較大的約束和限制。通過分析表明：改進和提高內部審計機構的層次和作用是完善公司治理的重要內容。
2、內部審計在公司內部控制中的作用
加強公司內部審計的影響和作用關係到內部控制制度的完善。現代管理學理論認爲：“組織結構與權責分派體系是實施內部審計管理的載體。”內部控制不是某個事件或某種狀況，而是散佈在公司作業中的一連串行動，是公司經營過程的一部分，與經營過程結合在一起，使經營過程發揮其應有的功能，並監督着公司經營過程的持續進行。
內部控制與公司經營活動相互交織，爲公司基本的經營活動而存在。公司的組織結構爲公司的經營提供規劃、執行、控制和監督活動的框架，它應根據相互牽制、相互作用的原則，使每一項業務的全部處理過程或過程中的重要環節，不是由一個部門單獨完成，而是由兩個或兩個以上的部門在相互協調、相互制約的基礎上完成。對每一個部門的責任與權利應予以明確規定，既要防止權利重疊，也要避免出現權力真空，使每一項業務處理的各個環節都有相應的機構和具體人員負責，因而組織結構與權責分派體系是實施內部控制的載體。
針對一些公司會計造假行爲嚴重、財務報告嚴重失真、各種違法違規現象不斷出現的狀況，新的會計法規也着重強調公司內部控制制度的建設問題。如何建立健全我國公司內部控制、提高公司內部控制的效率和管理體制成爲內部審計學亟待研究的課題。我們可以這樣認爲：內部審計監督是公司內部控制制度的重要保證，是公司治理結構完善的必須環節。
3、內部審計對公司治理的作用
內部審計隨着經濟的發展應運而生，它是在“兩權”分離後產生的受託經濟責任關係的基礎上爲了委託者對受託者進行經濟監督、約束的機制。內部審計經歷了早期的會計導向型審計到管理導向型審計的過程 ,內部審計的目標也從對會計的查錯防弊演進爲對公司管理控制程序進行評價。內部審計已經不僅僅是查錯防弊 ,而是具有了管理的功能 ,其手段主要是評價和監督公司的內部控制。內部控制機制屬於公司治理範疇。我國證監會的《證券公司內部控制指引》中指出“公司內部控制包括內部控制機制和內部控制度的評價和監督 ,即對內部控制的評價和監督。” 內部控制是公司治理中內部管理的監控系統，內部審計通過對內部控制的評價與監督來促進公司治理的完善，並在不同的管理層次上發揮其監督、評價、促進的作用。