（一）內部審計機構的相對獨立性
內部審計機構是單位內設機構，在本單位負責人的領導下開展工作，爲本單位實現經營目標服務。因此，內部審計的獨立性不如外部審計，在審計過程中，不可避免地受本單位的利益限制。內部審計的組織形式也反映出其獨立性的弱化：有的單位把審計機構設在財會部分中；有的'把審計機構和監察部分合並在一起；有的單位由分管錢財物資及賬目的職員兼任審計崗；有的單位領導既領導財會工作，又領導審計工作。因此，的內部審計很難站在客觀、公允的態度上對企業的財務狀況做出客觀、公正的評價。特別是當面對領導參與或法人違規時，內部審計往往無能爲力。在這種情況下，作爲企業的內審部分，如若服從於主座意志，不能對企業的財務進行有效監控，不能做出真實、客觀的評價，而出具虛假審計報告，就會埋下巨大的隱患。獨立性是審計工作的靈魂。不能有效保證審計機構和職員在組織上的獨立性及其在業務工作中的自主性和權威性，就不能保證審計質量和規避審計風險。
（二）內部審計對象和的複雜性
隨着國有企業改制、重組，內部審計的對象和內容也日益複雜；審計對象逐步爲企業團體、股份公司和連鎖經營店，企業內部機構層次增加，所進行的交易日趨複雜；被審單位與團體公司是***公司或聯營公司的關係，在吞併和收購、改制和改組、聯合和剝離及分拆中，給內部審計帶來了更多的困難，審計風險也隨之增加。另一方面，內部審計的內容從傳統的財務審計發展爲效益審計、治理審計、責任審計、決策審計、風險審計、投資審計等，這對內部審計職員提出了更高的要求，審計職員作出正確結論的難度也就越大，審計風險隨之增大。
（三）內部審計法規不健全，職員素質亟待進步
內部審計依據不充分、不健全，或出現空缺，使得內審職員在進行審計時，只有依據經驗和知識進行判定，在某種程度上了審計結論的權威性，因而增大了審計風險。同時，我國內部審計職員整體水平不高，綜合素質較低，識別風險、判定正誤的能力較差；有些職員職業道德欠佳，不能經受各方面的***；內審職員普遍缺乏機審計技能，不能適應新形勢的需要。這將給內部審計工作的質量、信譽帶來負面影響，從而導致審計風險的出現。
（四）內部審計滯後，質量控制制度不完善
我國內審方法仍以賬項基礎審計方法爲主，主要審計目的是“查錯防弊”，內審職員風險觀念淡薄，審計風險控制因素考慮較少，更談不上運用最新的以風險導向爲核心的審計方法來防範和化解風險。內部審計中抽樣技術雖已被廣泛，但是內審職員在運用這一技術時，基本上全憑審計職員的主觀標準和經驗來確定樣本規模和評價樣本結果，這種判定抽樣極易遺漏重要事項，形成審計風險。
同時，目前很多企業內部審計制度不完善，如審計機構缺少事前的審計計劃、事中的審計程序和報告期的審計複覈；審計工作底稿不完整，一般僅記錄審計事項，而未記錄審計職員以爲正確的審計事項，使得審計複覈、審計質量控制無從進手；審計報告以協調關係爲出發點，以肯定工作成績爲基調，題目定性模棱兩可。這都使內部審計質量得不到保證，更談不上防範風險。