隨着高校教育體制改革的深化及辦學規模的擴大，我國高校發展逐漸多樣化，學校各項經營開支和基建投資成倍增長，籌資渠道逐步多元化，機遇增加的同時也面臨日趨複雜的風險。內外環境的複雜化也賦予了內部審計更大的價值潛力。高校內部審計工作顯得越發重要，審計工作的領域也逐步擴寬。內審部門不僅承擔着財務收支審計，還承擔着基建工程審計、內部控制審計、經濟效益審計等審計工作。作爲高校“免疫系統”的高校內部審計必須與時俱進，加快由傳統審計向現代審計的轉型，充分發揮審計職能，爲高校發展服務。
一、內部審計風險的概述
高校內部審計，是指高校內部審計機構和人員通過對學校與資源利用有關的業務活動及其內部控制的適當性、合法性和有效性的審查，並進行確認、評價、諮詢，旨在促進完善管理控制、防範風險、創造效益，從而促進學校事業目標的實現。高校內部審計風險是指高校存在重大問題的經濟活動或經營管理上存在弊端或漏洞，而內部審計人員認爲經濟活動是合法、公允以及經營管理是健全有效，並因此發表不恰當審計意見的可能性。
二、高校內部審計風險產生的原因
1. 高校內部審計獨立性不強。高校的內部審計機構作爲學校的內設監督機構，對學校各項活動行使監督職能。但由於部門設置的平行性、行政關係的密切性，審計人員和被審計人員之間存在利益相關性。內部審計機構在對學校相關活動進行審計時，會受到部門利益以及學校領導的影響，嚴重影響內部審計人員職業判斷的客觀性和公正性。因此，在這種多重關係的影響，內部審計工作的開展有時容易確實自主性，獨立性，導致審計結果失真、失實，不能充分發揮其審計監督職能，從而產生審計風險。
2. 內部控制不健全。從國家政策層面看，對於內部控制的建立，我國已制定一系列法律法規，但基本都是適用於企業內部控制。對於高校內部控制，還尚未建立一套健全的法律體系。因此，高校內部控制的建立及完善就缺乏相應的法律法規作爲依據，無法對內部控制的建立提供有效的指導。從學校的重視程度來看，作爲高度重視教學和科研的單位，高校把大部分精力都投入到教學科研中，而忽略高校內部控制的建設及執行，沒有建立內部控制體系，只有簡單的管理制度。而高校內部控制的相對薄弱、內部控制制度的不健全必將導致內部管理的漏洞和重大舞弊的產生，形成審計風險。
3. 內部審計人員不足，綜合素質不高。作爲內部審計機構的重要組成，審計人員隊伍建設將直接影響審計工作的好壞。當前，高校審計部門人員少，且大部分人員是從其他部門轉化而來，缺乏專業的培訓，不具有審計專業性。同時，審計人員年齡層偏高，知識更新緩慢。因此，內部審計人員存在專業勝任能力不強問題。如果審計人員在工作的時候沒有具備這些方面的素質，對會計資料反映的經濟活動所得出的審計結果肯定是差強人意的'，審計風險也就在所難免了。
三、高校內部審計風險的控制措施
1. 逐步打造高素質的審計隊伍。如今，高校的管理體制日益完善，對審計業務的要求也越來越高，這就迫切需要建立一支穩定的、合格的、高素質的專業審計隊伍。從風險意識、職業道德、執業技能等方面，全方位提高內部審計人員的素質，以控制審計主體的不當行爲而產生的審計風險。審計人員應不斷增強審計風險意識，注意防範風險、規避風險，在審計過程中，準確評估風險的大小及其存在的可能性，進而確定審計工作重點。審計人員應始終以嚴格的審計行業標準嚴格要求自己，嚴格執行監督職能。審計人員應掌握會計、管理、審計、法律等各方面知識，不斷的學習新法規、新知識、新技能，提高政策、業務水平，從而勝任審計崗位。
2. 優化內部審計環境。合理配置人員，樹立專家數據庫; 加強溝通和宣傳，提高高校教職工對內審的認識。設置獨立的內部審計機構，成立校審計委員會，並對其負責和報告工作，實現內部審計機構的“形式上的獨立”和內部審計人員“實質上的獨立”。利用計算機、網絡、軟件等信息處理技術建立信息化平臺，通過開展審計軟件和測試數據技術的培訓，嘗試構建“現場審計實施系統”和“聯網審計實施系統”，推進計算機輔助審計的經常化和全面化。
3. 加強內部審計質量管理。加強內審規章制度建設。內部審計部門的規範管理是提高審計質量控制的前提。高校的審計部門要持續關注有關審計的規章制度，健全內部審計質量的內部規範體系，明確內部審計工作的宗旨、目標和範圍、職責和權限以及內部審計的獨立性，使審計工作深入和細緻的開展。制訂相應的內部審計準則，規範內部審計人員的工作，明確其職責和權限，保持審計人員高度的職業謹慎，提高執業水平，降低審計風險。不斷進行審計創新，完善審計技術和方法。推進審計質量考覈評價。一方面，根據內部審計的相關規範對高校內部審計的各個方面進行全面系統的綜合管理。另一方面，對項目從審計業務安排到審計報告出具進行全過程質量管理。只有建立一套完善的審計質量管理體系，在審計過程中有效的減少和消除人爲誤差，強化審計的質量控制，纔能有效地規避審計風險。