五部委聯合發佈的《企業內部控制基本規範》、《企業內部控制審計指引》，提升了我國上市公司財務報告信息披露質量和內部控制水平。2011年10月中注協又發佈了《企業內部控制審計指引實施意見》，全面的、有效地從技術上指引註冊會計師執行企業內部控制審計，該項審計既可單獨進行，也可融合到財務報表審計中，在制度上爲兩者的整合提供了保障。
一、內部控制審計與財務報表審計的關係
內部控制審計是隨着經濟發展而產生的新興審計業務。該審計項目在風險導向、審計理念、審計程序、審計取證方法上與財務報表審計是相互關聯的，而在審計對象、審計目標和審計報告類型等方面又是不同;基於二者之間的關係，在開展財務報表審計時融入內部控制審計，對於節約審計成本、保證審計質量、和提高審計效率具有重要意義。
1、風險導向審計理念
內部控制審計和財務報表審計都體現了風險導向審計理念。在財務報表審計中，註冊會計師確定審計程序的性質、時間和範圍，依賴於對內部控制評估的結果。如某些內控領域存在重大缺陷，註冊會計師給予該領域的關注就越多。在內部控制審計中，它始於財務報表層次，通過對內部控制整體風險的瞭解，然後，再將關注重點放在企業層次的控制上，並將工作逐漸下移至重大賬戶、列報及相關認定。這種自上而下的方法充分體現了風險導向審計的理念。顯然，兩者都體現了“風險導向”，在審計理念上具有一致性，爲整合兩種審計提供了理論依據。
2、審計程序
在審計程序中都安排了了解和評價被審計單位的內部控制。內部控制審計中，註冊會計師基於對被審計單位內部控制的瞭解，進而評價內部控制設計和運行的有效性，並發表審計意見。而財務報表審計裏，註冊會計師通過了解和評價財務報表編制的相關內部控制，在認爲在需要時進行控制測試，以此確定審計的範圍和重點。審計程序的相同之處，爲兩者同時實施提供了可能。比如，在瞭解評估內部控制時發現的問題，既可以爲財務報表審計提供依據，也可成爲內部控制審計中的證據。
3、審計取證方法
在進行內部控制的瞭解和評價過程中，註冊會計師都運用了觀察、詢問、檢查、穿行測試等方法，獲取有關內部控制設計與運行的審計證據。如果是由同一家事務所實施兩種審計，在取證方法上的共性，，爲節約審計成本，提高審計效率，提供了可行性。
二、內部控制審計與財務報表審計整合的必要性和可行性
(一)整合的必要性
首先，企業內控制度是否健全與有效，對財務信息質量有重大影響;若財務報表存在重大錯報漏報現象，則表明內控制度存在重大缺陷。顯然二者是相輔相成的關係，整合內部控制審計與財務報表審計有利於提高會計信息質量。其次，從審計成本與效率層面看，上市公司承載雙重審計費用，給企業帶來了較大的財務負擔。而通過兩者的整合，減少兩次審計所帶來的`不必要的重複工作，節省人力與財力，提高了效率。再次，從審計風險的層面講，註冊會計師同時收集了財務報表數據與內部控制的相關資料，更加了解被審計單位的整體情況，從內部控制的缺陷中容易發現重大錯報、漏報的情況，降低註冊會計師的審計風險。
(二)整合的可行性
通過對財務報表審計與內部控制審計關係的分析，雙方都體現了風險導向審計理念，在資料的收集以及審計程序安排上都有可以相互利用的。在審計取證方法上兩種審計存在共性，如果是由同一家事務所實施兩種審計，將有利於節約審計成本，提高審計效率。因此，財務報表審計與內部控制審計在理論上是可以進行整合的。更爲重要的是，美國、日本等國家早已推行整合審計，並且效果顯著。
三、內部控制審計與財務報表審計整合的內容
(一)總體審計計劃的整合
內部控制審計與財務報表審計在實施審計之前，都需要編制總體審計計劃，其內容包括：被審計單位的基本情況、審計目的、審計範圍及審計策略、重要會計問題及重點審計領域、審計工作進度、重要性水平的確定及風險的評估等。從中可以看出，諸如被審計單位基本情況、重點審計領域、風險評估等內容都可以實施一次，直接或者略微調整而被利用在內控審計與報表審計中，實現審計計劃的整合。
(二)審計過程的整合
財務報表審計實施的風險導向審計，該導向審計貫穿的是自上而下的審計思想，內部控制審計採用自上而下的審計，這意味着二者在具體方法的選用上，有很多地方是相通的;收集審計證據是圍繞審計目標、採用適當的審計方法基礎之上的，當實現目標、方法的整合之後，審計證據的整合也就自然完成了，可以一次性收集審計證據，同時用於報表審計與內控審計。審計工作底稿編制包含了報表審計的內容，也包含了內控審計的內容，可以將工作底稿加以區分，分別歸屬於報表審計與內控審計，共同部分可以複印，將兩份工作底稿分別歸類裝訂。由此可見，在審計過程中，審計方法的選用，審計證據的收集、審計工作底稿的編制，都可以進行有效的整合。
(三)審計人員的整合
註冊會計師主要是負責財務報表審計，內部控制審計業務從事較少，要在短時間內掌握內部控制審計，這對註冊會計師來說是一個很大的挑戰。如果由同一會計師事務所負責財務報表審計與內部控制審計，僅憑註冊會計師對內部控制以往的審計經驗進行，無形中增加了審計風險。因此，需要對審計人員進行整合，一方面加強對現有註冊會計師的培訓，另一方面，可以從社會招聘經驗豐富的經營管理人員、專家教授充實到審計人員隊伍中來，進行指導，降低審計風險，提高審計效率。
(四)審計時間的整合
上市公司的財務報表要求必須在次年的 4 月 30 日之前報出，因而報表審計在這之前就應結束，而內部控制審計的截止時間沒有強制要求，具有一定的彈性。業務約定書籤訂後,在編制總體審計計劃時就應當整合時間和範圍，最遲7-8月,需進場瞭解被審計單位及其環境、公司整體層面及業務層面的內控制度。10月底11月初再次進場,選取較多樣本進行控制測試，爲符合基準日前45日需要至少有樣本的要求,還會留取1-2個樣本,待12月份時再行測試。一般來說，註冊會計師在進行報表審計的同時也完成了內部控制審計是最佳選擇，這樣進場時間最少，也可以減少部分重複工作，但是會計師事務所時常遇到項目時間緊，人員緊缺的情況，這時就需要註冊會計師們自己權衡時間的分配問題。
四、內部控制審計與財務報表審計整合的意義
如果實現了內部控制審計與財務報表審計整合，即由同一家會計師事務所實施兩種審計，則提高了資源整合的可能性和效率。在審計實施過程中，大量的審計程序和審計證據就可以共享，會計師事務所只承擔比單一審計略高的成本，卻可以收取兩份審計費用，顯然是符合成本效益原則;通過審計程序和審計資源的整合，將更有利於實現二者的審計目標;在一種審計中獲得的結果爲另一種審計的判斷提供參考信息。例如，可以根據在內部控制審計過程中發現的重大缺陷或實質性漏洞，來決定財務報表審計實質性測試的性質、時間和範圍;在財務報表審計中發現了重大錯報，則說明內部控制存在重大缺陷。顯然，將兩種審計進行整合，有助於更好地發現問題，降低審計風險，從而提高審計質量。