公司章程是公司法基本原則與基本制度的具體體現。對於公司法中的強制性規則，是絲毫沒有自治可言的，不能允許當事人排除適用。
“公司作爲一個營利性企業，是由人和財產根據規則組織起來的。這些規則既包括市場經濟運行中的客觀規律，也包括一些人爲制定的規則。在後者中，又可以細分爲兩類，一類是由契約或者其他形式的協議決定，主要就是公司章程;另一類則是由法律加以規定，其中最主要的就是《公司法》。”由此我們可以知道，公司法與公司章程是約束企業行爲的兩大法寶，其中公司法所代表的是國家意志而公司章程則是公司發起人和股東意志的一致體現。
一、公司章程與公司法的性質
公司章程，是由公司股東或發起人制定並通過的，對公司、股東、董事、監事和高級管理人員都具有約束力的規範文件，是規定公司組織及行爲基本規則的重要法律文件，是公司設立和運行的前提和基礎。所以在某種程度上可以說，章程對公司的作用正如憲法對國家的作用一樣，也正因此章程被稱爲是公司的x章。至於公司章程的性質，學界主要觀點集中在三類，即契約說、x章說和自治法說。契約說秉承契約自由理念，強調公司章程是公司的參與方所達成的意思一致的契約性文件，主張應當充分賦予契約當事人訂立和修改契約的自由。支持契約說的學者認爲，以公司章程契約化作爲一種替代市場資源配置的手段，能夠最大程度地優化資源組合，創造出更大的效益。自治法說以私法自治爲理論根基，強調公司參與者對公司事務擁有自治的權利。x章說一方面承認公司章程是發起人或股東共同制定的指導公司運作的綱領性文件，另一方面又強調公司章程不是純粹的自治性契約，而是受制於國家干預的。從公司的契約性與法定性來看，一方面公司章程在很多方面具備契約的特徵，但並不能等同於契約;另一方面公司章程的法定性在許多方面都有表現，例如公司章程的修訂必須嚴格遵守法定程序等，這種限制是國家意志對經濟的規制，因爲公司章程所規定的經濟活動內容也會涉及到第三人和社會公衆利益。從自治與他治的角度看，自治側重於對個人自由的保護，但任何自由都不可能是無限制的，公司自治並不應該是隨意和任意的管理自我，而應當是在國家法規下的自我調節。“公司章程應該既能夠爲公司當事人主張權益提供依據，同時可以爲國家權力的適當介入尋求契合點。”
正如朱慈蘊教授所說：當公司法強調公司作爲具有獨立人格的主體享有意思自治和行爲自由，即公司自治是，公司的私法性或者任意性就比較突出;當公司法要求公司行爲必須因社會利益而受到干預和限制，即公司他治時，公司法的公法性或者強制性獲得張揚。
學界關於公司法性質的討論也主要就集中在公司法的兩種品質上：強行法或者任意法。大體有三種主要觀點：任意法說、強行法說、折中說，筆者比較贊同折中說。折中說折中了任意法說與強制法說兩種觀點，既重視私法自治精神，又注重社會公正和公衆利益，強調公司法是任意法與強行法的結合，不能缺少任何一種因素。這種觀點雖有中庸之嫌，但也揭示出現代意義上的公司法，就應當是“滲透着公法因素的私法領域”。④公司法是國家強制力量對私人經濟生活領域的反應，即公司法即反應國家意志，又反應私人意願。公司領域本就屬於私人經濟生活領域，所以其私法自治就必然會有一定的任意性。而對於公司法的強制性，筆者認爲其具備正當性基礎，有存在的必要性：其一公司管理者在爲股東和公司利益作出某些行爲時有可能會對他人利益產生損害;其二當立法的目的是引導社會公平等有利於公衆時，公司的趨利性可能會導致其想方設法地排除公司法的適用，所以必須有強制性規範;其三，公司法中的牆執行規定有利於糾正該所參與者法律地位不平等所導致的一部分人的利益被犧牲，比如小股東或少數股東的利益。
二、公司章程與公司法的關係
對於有些人所認爲的，強制性規範或者說公司法不應當干預公司自治，或者說干預會影響公司的自治，筆者認爲完全是杞人憂天。從法律的層面上看，任何自律性的規範必須得到法律的承認與授權才能產生約束力。《公司法》第11條明確規定：設立公司必須依照本法制定公司章程。也就是說我國公司法將公司章程作爲一個公司成立的必備條件，公司章程的制定須依託於公司法德相關規定。11條還規定公司章程對公司、股東、董事、監事、經理具有約束力;做出了第22條又規定股東會或者股東大會、董事會的會議召集程序、表決方式違反法律法規的，股東可以自決議作出之日起六十日內，請求人民法院撤銷。由此可知公司法對公司章程的效力範圍與結果也作出了規定。另外公司法第25條、第82條分別規定了公司章程應當載明的事項內容;公司法第44條對公司章程的修改程序和實質性修改條件做出了嚴格的規定。這些內容都是國家法律對公司章程的認可與授權，包括公司章程的制定和生效、公司章程的記載內容、公司章程的變更以及章程的效力。所以說公司章程的準法律性質是毋庸置疑的，其作爲自律性文件，法律的授權或承認是其具有約束力的主要保證。
並且，我國的法律發生衝突時適用的是“上位法優於下位法”的原則，而具有準法律性質的公司章程，其法律地位明顯要遜於法律法規。所以說，公司章程首先不得與法律法規的強制性規定相沖突或相違背，其次不得與法律法規的精神實質、基本原則相違背或相沖突，即公司章程條款內容應遵守一般的法律原則。只有在不違反強行法、公序良俗的前提下，公司章程纔有生效適用的空間，換言之，公司章程不得以任何藉口否定或規避公司法強制性規範或公序良俗，即便該章程內容是公司股東意志的意志體現。公司章程與公司法有着天然的、剪不斷的關係。
首先，公司章程是個體公司根據自身需求對公司法規定的具體化，能夠增強公司法的具體性和可操作性。例如，《公司法》第16條公司向其他企業投資或者爲他人提供擔保，按照公司章程的規定由董事會或者股東會、股東大會決議;公司章程對投資或者擔保的總額及單項投資或者擔保的數額有限額規定的，不得超過規定的限額。公司爲公司股東或者實際控制人提供擔保的，必須經股東會或者股東大會決議。條款中法律雖有相關規定，但是隻是框架性的規定或者只規定了相關的上下限度，具體則由公司章程進行細化。其次，公司章程通過對公司法規定的補充，能夠彌補公司法不周延性的不足。我國是成文法國家，法律必須做出明確的.規定，才能在實踐中做到有法可依，但是由於成文法立法的滯後性和對現實不可窮盡的侷限性，再詳細的立法仍會出現漏洞，特別是一些通過列舉方式規定的事項，以至於必須通過兜底性條款對其進行彌補。公司章程作爲公司的自制文件，更加充分體現不同公司個體的特點和滿足公司的需要。最爲重要的一點，同時也是新公司法非常突破性規定的一點就是，公司章程可以通過章程規定替代公司法的某些規定，以排除公司法規定的適用，通過自治的方式更好地發揮公司的個性。
對於公司法與公司章程之間的關係而言，公司法是公司章程制定的法律依據;公司章程是公司法基本原則與基本制度的具體體現。公司法確立的是一般規則或原則，是對所有公司都適用的規定，而公司章程是各個公司根據其自身發展的特徵而對公司法所確立的一般規則或原則進行的個性化和具體化。所以可以說，公司法與公司章程之間體現了哲學上的普遍性與特殊性的關係。公司章程要產生法律上的效力就必須按照公司法規定來制定，否則就有可能會產生與預計設想不同的後果。凱爾森在分析社團的章程與法律的關係時就指出：“社團是構成國家整個法律秩序內的一些部分法律秩序。構成國家的法律秩序與屬於國家的法人的關係，完全不同於國家與爲之設定義務並授予權力的個人的關係。在構成國家的整個法律秩序中，所謂國家的法律秩序或國內法律秩序，就社團法人之間那種關係是兩個法律秩序，即一個整個法律秩序和一個部分法律秩序之間，國家的法律和社團章程之間的關係。”⑤凱爾森明確指出，章程只是國家法律秩序中的一個次級秩序，其不得違背作爲主要秩序的法律是不言自明的。“國家法律只決定社團法人可以幹什麼事，而社團章程所調整的獨特內容是決定由哪些人去幹這些事。”
三、公司章程與公司法的衝突與解決
基於以上，筆者認爲當公司章程與法律產生衝突時理所應當的選擇是法律。例如，某三人A、B、C均等投資成立一家有限公司，每個人佔三分之一的股權。在制定公司章程時，三人一致同意將“股東會決策重大事項時，必須經全體股東一致通過”寫入公司章程中。因A具有較強的工作能力，被推選爲董事，該公司的所有經營活動和管理工作都由A負責。兩年後，身爲股東的B和C覺得公司的經營狀況出現了一些問題，並在如何管理和運作公司上與A產生了嚴重分歧，幾經交涉後B、C提出要修改公司章程或者解散公司，而A以公司章程中的“股東會決策重大事項時，必須經全體股東一致通過”爲據拒絕了兩人的主張。B、C因此將A告上了法院，要求法院判令改變公司章程中的有關內容。原被告雙方的爭議點就在於公司章程與法律條文孰輕孰重。法院最終判決支持原告的請求，判令將公司章程中的爭議條款改爲“股東會決策重大事項時，必須經三分之二以上有表決權的股東通過”。有的人主張，章程中的爭議條款是是股東間出於意思自治而約定的，不能以顯失公平爲由要求撤銷。B和C不能因自己締約時的疏忽或其他原因而事後反悔要求撤銷自己簽訂的章程條款。而且，該爭議完全是公司內部股東的糾紛，不涉及第三方或者公衆的利益，應站在合同法德角度維護合同自由，維護公司自治。
但法院認爲，章程條款雖是由全體股東一致簽字確認的，每一個股東都應受到公司章程的約束，但是，該公司章程的特別規定在公司運作過程中出現了無法實現正常管理的狀況，這顯然是不利於實現《公司法》的基本價值目標的，並且也不利於該公司正常經營活動的展開。因此，支持了原告的要求，判決更改章程內容。筆者認爲，相比於公司法，公司章程的準確性和全面性肯定是不足的。況且本案中公司章程規定的修改公司章程必須由全體股東通過，A作爲掌控公司的經營者不肯變更公司章程的內容導致B、C的合法權益無法實現。B和C兩原告作爲公司股東簽訂了章程卻使得他們無法行使權力。章程中的相關條款雖然在行使上並不違反公司法的規定，但卻是在實質上有悖於公司法的立法精神，是對公司法“多數資本原則”的否定，造成少數股東的意見控制股東會的情況。也就是說，在涉及到權利人地位平等已經正當行使權利時，公司法的強制性規定必須高於公司章程。
推而得知，對於公司法中的強制性規則，是絲毫沒有自治可言的，不能允許當事人排除適用。法律制度中禁止章程做出規定的，公司章程就不能任意規定。有關共收集管組織及其相互關係的制度有公司法給予了明確規定，公司章程若隨意規定則該條款無效。比如公司章程不能規定少數董事會成員可以違背大多數董事的意見而做出決議。而對於公司法中的任意性規則包括賦權性規則和補充性規則，公司章程條款的規定即使與公司法不同，也還是在公司法所規定的大原則的範圍之內的，不違背立法的原則和目的，則是有效的。
《公司法》作爲一種法律機制，是適用於所有公司的，但每個公司在規模、結構、經營狀況上又千姿百態，所以每個公司都需要有適合自己特點的公司章程。而公司章程的任務，就是結合自己的特點，在不違背法律法規的前提下，有針對、有特點地做出最適合自己公司發展的規定，實現公司章程與《公司法》的有效結合。總的來說，筆者認爲要避免公司章程與公司法的衝突，首要的就是公司在設立章程是就將公司法與公司章程有效地結合，畢竟公司章程的效力是來源於公司法的，公司章程是公司法的次級法律，在任何時候公司章程都不能違背公司法的立法原則和目的。任何無限的自由都是不存在的，沒有相應限制的結果就必然導致集體失去自由，公司章程就如同是在一個高高的舞臺上跳舞一般，如果越限就會摔下舞臺。