3.5.1.常設機構的概念和範圍界定遇到了困難
許多客戶通過互聯網購買外國商品和勞務，外國銷售商並沒有在該國擁有固定的銷售場所，其代理人也無法確定。這樣，就不能依照傳統的常設機構標準進行徵稅。
3.5.2.國際稅收管轄權的衝突
在一國對非居民行使什麼樣的稅收管轄權的問題上，目前國際上一般都堅持收入來源地稅收管轄權優先的原則。隨着電子商務的出現，各國對所得來源地的判定發生了爭議。美國作爲電子商務發源地，1996年11月發表了《全球電子商務選擇性的稅收政策》一文，聲稱要加強居民（公民）稅收管轄權。這樣，發達國家憑藉其技術優勢，在發展中國家屬地會強佔其原屬本國的稅源，使發展中國家蒙受稅收損失。
3.5.3.國際投資所得避稅問題將更加嚴重
隨着電子商務的日益完善，導致網上國際投資業務的蓬勃發展，設在某些避稅地的網上銀行可以對客戶提供完全的“稅收保護”。假定某國際投資集團獲得一筆來自全球的證券投資所得，爲躲避所得稅，就可以將其以電子貨幣的形式匯入此類銀行。
因此，在制定與電子商務有關的政策法規時，需要重新審視傳統的稅收政策和手段，建立新的、有效的稅收機制。
3.6發展中國家問題
根據WTO的基本原則，發展中國家在一般貿易中享有一定例外待遇，以鼓勵發展中國家的積極參與。如何在電子商務問題上體現這一原則，不但是發展中國家自身的要求，也是對發達國家的要求。由於發達國家具有資金、人才、技術優勢，因而其電子商務程序遠遠高於發展中國家。發展中國家電子商務尚處於起步階段甚至尚未開展，因而在電子商務立法方面，有關電子商務立法的各種構想都大多是發達國家，主要是美國和歐盟提出的，尤其是美國處於主導地位，而發展中國家處於被動地位，即使此種立法對本國造成不利，也只能被迫接受。如，1996年11月美國財政部發表《全球電子商務選擇性的稅收政策》報告認爲，稅收中性是指導電子商務徵稅的基本原則，不通過開設新的稅種或附加來徵稅，而是通過修改現有稅種，使它適用於電子商務，確保電子商務的發展不會扭曲稅收的公平。但對於發展中國家來說，採取簡單的中性原則，有可能會損害作爲電子商務中淨進口國的財政利益。1998年美國又向WTO提出電子商務免稅的建議，雖然一些發展中國家存在種種擔心和疑慮，但最後只得同意，即是典型案例。
4推進電子商務立法的對策建議
隨着經濟、信息全球化，正確認識電子商務所產生的以上的法律問題，並在法律上做出相應的調整和變更，確定企業和企業間、政府和企業間、企業和消費者間、政府和政府間進行電子商務時所必需明確和遵守的法律義務和責任，並嚴格依法管理，規範電子商務的市場秩序，有利於保護貿易當事人的合法權益，促進國際貿易遵循統一的國際條約和國際慣例運行。
4.1完善國際電子商務立法的幾點建議
4.1.1 修改現行法律是適應電子商務不斷髮展的需要
對現有的法律進行修訂或擴展，或制定專門適用於網上貿易的法律法規，不僅是貿易技術上的革命，也是國際民商法律制度上的革命。因爲現有法律沒有涵蓋所有的'電子商務法律問題，電子商務與傳統的商務有很大的不同，而這種不同遲早會反映到對法律的要求上。既然我們認爲電子商務是新經濟，那麼就必然有它新的地方，就應該反映到法律層面上。如爲解決涉外電子商務合同的簽名問題，需要對“簽名”作擴大解釋。《漢堡規則》第14條規定：“提單上的簽名可以手寫、印戳、打孔、蓋章、符號或如不違反提單簽發地所在國家的法律，用任何其他機械或電子的方法。”《跟單信用證統一慣例》第20條也規定：“根據信用證規定或需要簽署條款的文件可以手籤、傳真簽名、穿孔簽名、印戳、用符號或使用其他機械或電子證實方法簽名。”
4.1.2簽訂相關的商業合同條款或貿易協議
在電子商務中進行相關條款談判，若發生失誤雙方當事人誰承擔責任以及如何承擔責任，應由當事人簽訂商業合同條款或貿易協議來解決。目前，世界上制定貿易伙伴協議的有歐共體1990年擬訂的《貿易電子數據交換協議草案》、英國EDI協會1990年《英國標準交換協議》和美國律師協會1990年《電子數據交換貿易伙伴協議範本》等。又如：爲解決網絡經營人的疏忽而後造成電子數據交換過程中失誤問題，應以網絡經營人有限責任爲原則，參照《海牙規則》、《維期比規則》和《漢堡規則》等國際運輸公約對承運人責任期限，簽訂網絡經營人和用戶之間的服務協議。