這次國家《基本醫療保險藥品目錄》調整和《工傷保險藥品目錄》制定工作主要分三個階段：
第一階段是準備階段，主要工作：一是收集整理藥品資料並進行分析。二是在徵求各方面意見的基礎上制定工作方案。三是組織專家研究制定評審工作技術方案。四是組織研究制定劑型規範方案。五是調整增補諮詢專家和遴選專家。
第二階段是藥品評審階段。主要工作：一是組織專家研究調整《基本醫療保險藥品目錄》藥品分類。二是組織諮詢專家在討論的基礎上確定備選藥品名單。三是選擇部分有代表性的省市，組織遴選專家對備選藥品提出評審意見。四是對遴選專家的意見進行統計分析。
第三階段是論證發佈階段。主要工作：一是對組織諮詢專家對遴選專家的意見進行論證。二是組織專家研究提出對部分藥品使用範圍進行規範的具體意見。三是按規定程序審批發布2004年版國家《基本醫療保險藥品目錄》和《工傷保險藥品目錄》。