稅款對於補繳與追徵稅款來說，其主要的區別在於發生補稅的情況不同，主要的情況有四個方面，補稅來說，納稅人由於須知借了稅目或是稅率計算錯誤，所造成的少繳納稅款的情況，或是因爲偷稅或是抗稅等問題使得無法對稅款進行徵收或是未進行繳納的稅款，或是因爲稅法的修訂所造成的必須要補繳的稅款，或是因爲工作人員疏忽所造成的少徵收的稅款。
案例
某稅務檢查組到A公司例行檢查。A公司在被檢查年度的前一年初，以2000萬元購買了某高新技術企業B公司30%的股權，因能夠參與對B公司的生產經營決策，A公司根據《企業會計準則》採用了權益法覈算此長期股權投資。當年末，B公司實現淨利潤600萬元，A公司按持股比例計算了應享有的'180萬元收益，並將長期股權投資賬面價值增加180萬元，不僅確認了投資收益，而且還計算了投資收益需繳納的企業所得稅21.18萬元(假設A公司適用所得稅稅率爲25%，B公司適用所得稅稅率爲15%)。
但是，由於A公司瞭解《企業所得稅法實施條例》第十七條的規定：“股息、紅利等權益性投資收益，除國務院財政、稅務主管部門另有規定外，按照被投資方作出利潤分配決定的日期確認收入的實現”。因此，儘管確認了投資收益，但A公司也知道此情況下存在會計和稅務的應納稅暫時性差異，在當年度僅作了如下會計處理：
借：所得稅費用 21.18
貸：遞延所得稅負債——應納稅暫時性差異 21.18.
至被檢查年度，B公司作出了分配前一年度400萬元淨利潤的決定，同時A公司也收到了120萬元投資收益並計算出應繳納的企業所得稅14.12萬元，A公司作了如下兩筆會計處理：
①借：所得稅費用 14.12
貸：應交稅費——應交所得稅 14.12
②借：遞延所得稅負債——應納稅暫時性差異 14.12
貸：所得稅費用 14.12
檢查組小蔣看到了上述情況，遂向A公司索要了B公司前後兩個年度的會計報表及B公司對400萬元淨利潤的分配方案，證實A公司所做的上述會計處理依據了B公司的相關會計報表及利潤分配方案。
至此，小蔣明確告訴A公司，儘管《企業所得稅法實施條例》第十七條規定對收到的權益性投資收益，按照被投資方作出利潤分配決定的日期確認收入的實現，但是，由於《企業所得稅法》第二十六條又規定符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益爲免稅收入，而且《企業所得稅法實施條例》第八十三條又作了補充規定：“企業所得稅法第二十六條第(二)項所稱符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，是指居民企業直接投資於其他居民企業取得的投資收益”。因此，企業所得稅法在確認投資收益爲計稅收入的同時，也明確了投資收益爲免稅收入，所以，上述投資收益不應該再繳納企業所得稅。小蔣又補充解釋說，對於已繳的企業所得稅將在檢查覈實後退還稅款，並由A公司自行作計繳企業所得稅時相反的會計處理，但不必再通過“遞延所得稅負債”科目覈算，沒有處理完畢的遞延所得稅負債作衝回所得稅費用的會計處理。A公司聽後很是震驚，感嘆新企業所得稅法的變化太大了，承認沒有學好新稅法。
分析
長期以來，相當多的納稅人認爲稅務檢查只查少繳稅不查多繳稅，但從上述案例可以看出，稅務機關進行檢查的過程也是爲納稅人提供服務的過程，同樣需要稅務檢查人員依法辦事，依率計徵。因此，稅務檢查不能一味強調查補稅款，而忽視了依法辦事和實事求是的基本原則。另外，檢查人員還應該做好對稅收政策及涉稅事項會計處理的諮詢和輔導工作，讓納稅人及時瞭解最新稅收政策的變化和執行標準。