一、被審計單位對內部審計工作的不利影響
首先，被審計部門是審計人員利益影響者之一。內部審計人員作爲單位的一名成員，他們薪金、晉升及審計外的其他工作都受到被審計部門影響，其中以人事、財務、後勤部門影響最爲明顯。例如，大部分國有企業晉升往往要過“民主測評”這一關，部門互評也佔績效考覈的一定權重，在這樣的體制機制下，被審單位能夠直接對審計人員的經濟利益和職業晉升產生影響，審計人員難免在工作中有所保留。第二，被審計單位是內部審計的信息提供者。審計也可以看作是一種信息的加工過程，憑證、報表及其他相關資料是審計工作的基礎。遺憾的是，內審工作基本都會碰到被審計部門不配合提供資料的情況，而既沒有國家審計背後的國家強制力，也不能像社會審計直接簽署“無法發表意見”，面對這種情況表現十分被動。第三，被審計部門是審計產品的使用者之一。雖然內部審計滿足的是企業領導者的管理需求，但審計建議都是針對具體業務，最終都是由被審計部門執行貫徹，其執行力度也影響着審計產品的效果。如果被審計部門不認真執行，並將責任歸咎到審計建議並不具備有效性，也將損失管理層對審計部門的信任。綜上所述，被審單位是審計工作質量的重要影響因素之一。如何處理好與被審單位的關係，即能充分發揮審計職能，又能營造良好和諧的審計環境，成爲每個內審部門的必修課。傳統的審計部門容易與被審單位形成一種對抗關係。被審部門總是帶着有色眼鏡看審計，認爲審計就是來查問題、挑毛病的，而又忌憚審計部門與管理層的密切關係，基本都是揣着“不想配合，不願得罪”的心理，陽奉陰違，審計工作的質量肯定會受到影響。誠然，如果被審單位存在中飽私囊或其他違法違紀的問題，審計部門是要絕對的站在其對立面的。但現代公司治理環境日趨完善，這樣的現象已經十分少了，審計部門的目標不斷向組織增加價值轉變，從這一點上來說，審計部門與被審部門的出發點的。內部審計人員應該與被審計人建立一種更加和諧的關係,使被審計人成爲審計過程中的積極因素，達到“共贏”的新局面。
二、改善審計雙方關係的三個對策
1.建立平等合作的審計姿態
上文提到，被審計單位總是帶着“有色眼鏡”來看待審計，雖然並不公正，但也反映出個別審計人在態度與工作方式方法上存在的弊病。總認爲管理層的指令是“尚方寶劍”，被審單位理應接受自己的指示。事實上，審計雙方在職位上都是平等的，審計人員應該放棄命令、要求的態度，以平等、合作的姿態與被審計人員積極溝通,放下架子,保持良好的人際關係。其次在知識技能方面，審計人員也不見得持才傲物的資本。財務人員天天記賬，內審人員的財務水平比人家水平高麼?業務部門人員天天跑業務，會比人家管理水平高麼，也不一定。謙虛誠懇的態度，不僅有利消除與被審計單位之間的隔閡,更重要的是能夠讓被審計單位提供真實的情況和存在的問題，讓審計人員少走彎路，事半功倍。
2.樹立服務式的審計理念
審計部門工作理念要從“檢查”向“服務”轉變。檢查是一個不斷髮現問題的過程，目的是評價工作的成果；而服務意味着審計者要運用自己的經驗知識幫助被審計單位解決問題，目的是提升被審計單位的'管理水平。只會檢查問題挑毛病的審計人員註定是不受歡迎的，當被審計人感到審計人是來提供幫助、解決問題時,纔會願意最大程度上的配合支持，恐懼、懷疑等阻礙審計工作開展的心理因素也就不復存在。
3.敢於爲被審計單位說話
現代治理環境下的審計雙方矛盾往往體現爲“規範”與“效率”或者“風險”與“機會”之間，爲企業實現創造價值，是雙方企業價值觀的共同點，也是審計過程中應該始終把握的一點。從共同點出發，審計人員不僅要完成管理層交與的任務，更要敢於爲被審計單位說話。這不僅僅體現給被審計人提供發表意見的機會、對肯定被審計單位取得的成就等方面,而是要敢於向管理層反映被審計單位在工作中遇到的客觀困難，使管理層適時調整政策。被審單位切實感到審計部門的誠意與作用，也會更願意去暴露問題，以求更早解決。審計雙方關係隨着審計工作的環境與定位不斷變化，隨着現代企業治理環境日趨完善，審計理念不斷髮展。內部審計部門應該從審計雙方的共同點出發，轉變審計態度與理念，構建和諧良好的審計雙方關係，建立“共贏”的新局面。