復旦大學歷史地理研究中心成立於1999年6月，中心主任由葛劍雄教授擔任，副主任是爲滿志敏教授。研究中心下設四個專業委員會，其爲：環境變遷專業委員會 鄒逸麟教授;邊疆史地專業委員會 周振鶴教授;歷史人口專業委員會 葛劍雄教授 ;歷史地理信息專業委員會滿志敏教授。歷史地理研究中心，現聘有研究人員24名。其中教授7名，副教授8名，講師4名，16人具有博士學位。另有圖書資料豐富的資料室及設備一流的電腦室。
歷史地理研究中心主要職能是從事歷史地理的基礎研究、國家重點科研項目的研究及培養碩士、博士研究生。本學科建設的主要目標是建成國際一流水平的中國歷史地理學科，使中國歷史地理研究所成爲國內第一，國際領先的歷史地理研究機構，具備研究、信息、諮詢、高級人才培養中心的功能。
歷史地理研究中心實行主任負責制，主任由校長聘任，並與校長簽訂責任權利明確的合同書，對中心的建設目標和日常管理負責。與此同時，成立學術委員會，作爲中心的決策、評估和諮詢機構。第二屆學術委員會仍由7人組成，本校有鄒逸麟教授、葛劍雄教授，其餘五人是北京大學歷史系辛德勇教授、廈門大學歷史研究所所長楊國楨教授、陝西師範大學西北環境與社會經濟發展研究中心主任侯甬堅教授、北京大學歷史地理中心主任唐曉峯教授、暨南大學歷史地理研究中心主任郭聲波教授。學術委員會每年召開會議，並保持經常性通訊聯繫。主任每月召開教授會議，討論決定中心的日常工作。
歷史地理研究中心繼承了歷史地理研究所的優良學術傳統，崇尚嚴謹紮實的學風。爲配合研究生的培養，到目前爲止，中心開設了碩士專業基礎課4門，專業課10門，選修課17門;博士基礎專業課11門，選修課12門。在1983年培養出全國首批2名文科博士之後，截止至2005年，已培養研究生123名，其中博士57名，碩士66名。現在校研究生85名，其中博士生37名，碩士生48名。1996年設立博士後流動站，至今已有6名博士後工作人員出站工作，仍在站內工作者6名。同時，歷史地理研究中心還承擔了大量的科研工作。現已完成及正在承擔的國家自然科學基金項目12項，國家社會科學基金項目8項，其他國家重點項目11項，國家教委、上海市及省部級科研項目32項。至2005年，中心的研究人員已出版專著140多部，2001年-2005年發表學術論文500多篇。編輯出版了《歷史地理研究》2輯(復旦大學出版社)，《歷史地理》集刊20輯(上海人民出版社)。
歷史地理研究中心前身的中國歷史地理研究所,自成立以來，總體學術水平長期處於國內第一的地位，其骨幹均爲各分支學科的學術帶頭人，尤其是在疆域政區、水道變遷、地名考證、歷史地圖的研究和編繪、歷史地理古籍整理、歷史氣候和災害等方面一直處於學科前沿。近年來在中國歷史地理信息系統、歷史人口地理、移民史、歷史政治地理、歷史文化地理、歷史社會地理等人文地理分支學科又有了很大的發展。在 2001年-2005年的近五年期間，歷史地理研究中心的研究人員出版專著30部，發表學術論文500多篇。到目前爲止，歷史地理研究中心已承擔國家自然科學基金項目12項，國家社會科學基金項目8項，其他國家重點項目11項，國家教委、上海市及省部級科研項目32項。
到目前爲止，中國歷史地理研究中心是國內專業人員最齊備、設備條件最好、研究領域最廣、成果最豐碩、培養人才最多的歷史地理研究與教學機構。