目前投資銀行在主板市場的風險主要體現爲法律風險，即承銷工作中由於上市公司違規操作而造成受到法律處罰。但是創業板市場是一種市場化的運作機制。投資銀行除了要承擔主板市場一般的風險之外，還有其特殊性。
第一，對企業價值的評估風險。由於創業板市場是爲具有一定高新技術含量和成長性的企業提供直接融資的`市場，上市企業既沒有盈利的要求，經營期限也較短，企業經營中的風險難以識別，因此，保薦人很難對企業的價值做出準確的判斷，並且創業板企業的發行方式，價格制定都是一種市場化操作。從而在發行定價、股票包銷等方面面臨很大的風險。
第二，信譽風險。在創業板上市的企業大多是中小型企業。這些企業本身也會由於受到自身規模的限制而面臨市場、技術風險等，如果被保薦企業在保薦期內連續發生重大虧損或破產，一方面保薦人將承受嚴重的信譽風險，影響保薦人在創業板市場的形象，另外也將連帶承擔由於保薦企業發生重大虧損或破產而給投資者等造成的損失。另外如果上市公司不能真實、準確、完整地向投資者披露信息，保薦人有可能會承擔連帶責任，從而引發法律風險。
第三，主板市場已經存在過度包裝的道德風險，然而主板市場畢竟多是國營企業和大型企業，受到相當多的約束。而創業板市場將涌現大量民營企業，其中一定有魚目混珠的不道德企業，在強大的直接利益推動下，抱着上市″圈線″的心態，在創業板市場較低的上市門檻及風險投資市場特殊條件下，就較爲容易推出質次價高的公司。如果投資銀行承銷、推薦該類公司，將承擔相應的連帶責任。
爲此投資銀行今後的工作中應加大風險管理的力度。從內部組織結構上，可以專門設立風險控制部，或者結合公司其他部門，如研究、公司領導，組成風險控制委員會，定期進行風險分析與控制：完善保薦人制度，對上市公司的服務工作切實做到實處，上市公司良好的發展將是投資銀行降低風險的最佳選擇；同時加強研究工作。創業板市場企業的價值判斷必須有很強的行業分析能力做支撐，爲此具有理工科背景的證券行業分析員必不可少。