自我國高校實行國庫集中支付制度以來，會計覈算和財務管理面臨了新變化和新挑戰，本文針對這些新形勢，分析了高校在國庫集中支付中出現的新的會計活動，並據此設計了一套內部會計控制流程，來更加規範合理化高校會計工作，降低會計風險。
一、高校財務管理模式的變化
高校在實行國庫集中支付制度後，財務管理模式發生了巨大變化，嚴格根據預算安排的“用款額度”取代了以前來源於財政撥款及非稅收入的可供自己統籌安排的 “現金”和“存款”。主要表現在以下幾個方面：(1)通過直接繳庫和集中匯繳兩種方式上繳至各級財政專設的匯繳專戶(實行日終零餘額管理)，不再直接返還高校;(2)根據預算安排，向財政部門申請資金直接支付或取得一定的用款額度，通過國庫集中支付系統審批後，以直接支付或授權支付方式進行支付;(3)區分預算內、預算外資金，區分不同類款項等資金渠道進行覈算。相當於給每筆預算指標開設了一個銀行賬戶，且每個賬戶需單獨覈算，不能串戶;(4)根據批覆的年度財政預算，逐級上報本單位的分月用款計劃，待審覈批覆後方可執行，其中基本支出用款計劃按月均衡編報，項目支出按項目進度和年度基本均衡原則編報;(5)部屬高校當年尚未使用的財政授權支付用款額度中的基本支出將自動註銷，不可跨年度使用，財政授權支付用款額度中的項目支出在年底自動註銷後，將於次年一季度各月按一定比例返還到高校零餘額賬戶;(6)高校零餘額賬戶不能用於校內二級單位款項的正常劃轉;(7)各校區共同使用一個零餘額賬戶，絕大部分多校區高校只能將國庫集中支付業務限定在一個校區開展。
二、國庫集中支付對高校會計覈算和預算管理的影響
1.對會計覈算的影響。(1)國庫集中支付制度要求高校統一設立一個零餘額賬戶，所有資金的劃撥與支付都通過這一個賬戶進行管理和運作，資金不得向同名的專用存款賬戶轉移;(2)增加了會計科目：資產類科目增設了“零餘額用款額度——財政直接支付或財政授權支付”，資產類科目增設了“財政應返還額度——財政直接支付或財政授權支付”，收入類增加“財政補助收入——財政直接支付或財政授權支付”。原來的會計覈算環節：審覈——複覈——出納收取，實行國庫集中支付制度後，出納還要兼任國庫集中支付憑證的製作工作，同時複覈人對支付憑證進行二次複覈，才能送到財政國庫支付中心，經審覈無誤後再發送到銀行，銀行收到支付指令後予以付款;(3)增加了對賬的難度，國庫集中支付要求三賬覈對，即財政明細賬與銀行對賬單核對，單位明細賬與銀行對賬單核對，除了高校要與財政、銀行覈對類款項以外，還要覈對用款計劃的使用明細;(4)由於零餘額賬戶只能是一個，因此導致多校區高校的財務人員和報賬師生需要花費更多的時間在路程上，降低了報賬效率;(5)增加了應收及暫付款的跨年度沖銷的難度，在次年交回未用完的從國庫中借支的現金，而這部分返還的資金屬於上一年的用款額度，人爲地衝減今年的`額度會影響當年的用款計劃。
2.對預算管理的影響。(1)由於國庫直接支付的資金是根據學校預算進行撥付，因此這就對預算管理提出了更嚴格的要求，改變了高校以往預算編制較粗，資金不能直接落實到具體項目，導致預算編制與預算執行脫軌的現象，從制度上強化了部門預算，增強了預算的計劃性。(2)實行國庫集中支付後，預算執行情況的監督由原來的事後監督變爲事前和事中監督。財政部門通過國庫管理信息系統對高校的支出情況進行動態實時監控，高校資金的使用受到更嚴格的監督和審覈。
三、高校國庫集中支付內部會計控制設計
高校國庫集中支付內部會計控制流程分析如下：第一，預算部門根據各個職能部門和項目組編制預算，要求對各個項目資金預算進行論證和分析，將預算上報上級主管部門;第二，會計覈算部門向上級財政部門和代理銀行申請開設零餘額賬戶，預算部門向上級財政部門申請用款額度;第三，日常業務發生時，校內各部門根據業務和預算情況申請使用資金，校財務部門根據資金使用需求、結合預算進度審批資金使用數額，同時報上級財政部門直接支付申請，或者在授權支付用款額度內開具《財政授權支付憑證》，加蓋印鑑後送預算單位零餘額賬戶代理銀行;第四，上級財政部門根據申請情況下撥資金，款項到達收款單位賬戶;或者代理銀行在審覈《財政授權支付憑證》各項內容和核對預算單位預留印鑑無誤後，通過預算單位零餘額賬戶及時辦理轉賬或現金支付。