上海交通大學建築工程專業設立於1907年，是中國歷史上最早設立的土木工程專業之一。1952年全國院系調整時，全系師生併入同濟大學。1985年上海交通大學恢復建立土木建築工程系，1993年土木建築工程系開設建築學專業，並於當年開始招生。1998年建築學專業與工業設計系聯合建立設計藝術碩士點。2002年從建築工程系分出，單獨建系。2004年5月13日，上海交通大學正式批覆新合併的船舶海洋與建築工程學院成立建築學系。
建築學專業(五年制)
建築學專業學制五年，面向社會培養高層次的建築設計、建築研究和管理人才。五年中，除了公共基礎課的學習以外，重點學習美術、建築設計與理論、城市規劃、城市設計、建築歷史、建築構造與材料、建築環境科學與室內設計、建築物理與設備等專業課程。
入學後需加試美術(素描)，不合格的學生可以在學院內調換專業，學習優秀者可免試直升攻讀碩士學位。