20世紀50年代末，在全國“大辦農業，大辦糧食”熱潮中，為適應上海經濟發展和文化建設的需要，上海市委作出了建立上海農學院(上海交通大學農業與生物學院前身)的決定。1959年，上海農學院應運而生，校址設在松江縣(現松江區)城北。這是上海市歷史上的第一所由地方政府主辦的高等農業院校，掀開了上海高等農業教育的新篇章。1963年8月，因國家出現經濟、財政困難，上海農學院停辦。1978年10月，上海農學院在上海縣七寶(現屬閔行區)恢復重建。1999年9月，上海農學院併入上海交通大學，成立上海交通大學農學院。2002年3月，更名為上海交通大學農業與生物學院。2009年5月，進入教育部、農業部合作共建全國八所涉農高校行列。
並校以來，學院緊密圍繞“創建世界一流農科”戰略主線，形成並確立了“以農為本、需求牽引、特色發展、爭創一流”的辦學指導思想，着力加強學科建設、培養與引進高層次人才，努力提高辦學層次、提升人才培養質量，各項事業取得了跨越式發展。學院現有全日制本科專業5個(植物科學與技術、動物科學、園林、資源環境科學、食品科學與工程)，一級學科碩士學位授權點7個(園藝學、畜牧學、生態學、食品科學與工程、風景園林學、植物保護、農業工程)，二級學科碩士學位授權點2個(預防獸醫學、作物遺傳育種)，一級學科博士學位授權點3個(園藝學、生態學、生物醫學工程)，專業碩士學位授權點4個(農業推廣、獸醫、風景園林、食品工程)。擁有上海市重點學科1個(蔬菜學)，建有蔬菜學、生態學博士後科研流動站。教職工215人(專任教師135人)，其中正高職稱教師 50人，副高職稱教師56人，具有博士學位的教師124人(海外博士28人)，一年以上海外學習經歷的教師94人，“長江學者”特聘教授1人，講席教授6人。截至2013年9月，全日制在校生1084人，其中本科生603人、研究生481人(博士生178人)。
學院堅持走“頂天”、“立地”“一體兩翼”式發展道路，以農業與生物學院為實體，利用學校多學科優勢，注重與工科、理科、醫科和管理學科的交叉融合，努力打造高層次的“頂天”科技創新隊伍，致力於農業應用基礎研究和開發研究，為農業技術創新提供源頭;以掛靠學院的上海交通大學新農村發展研究院為載體，探索農業科技推廣專兼職隊伍長效機制，加快建設高水平的“立地”農業科技推廣隊伍，專注於農業科研成果的轉化和推廣，為國家的農業現代化和社會主義新農村建設服務。學院圍繞現代農業與人類健康，着力加強農業科技創新、農業科技推廣平台基地建設，不斷提升科研水平和質量，在農業優質新品種與資源利用、食品安全與營養、農業環境與生態安全保障、人獸共患疫病的防控、園林生態與景觀等多個方向形成特色。現擁有新農村發展研究院(國家級)、農業部都市農業(南方)重點實驗室、上海市獸醫生物技術重點實驗室、上海市食品安全工程技術研究中心等國家級、省部級研究基地。近三年(2011-2013)，科研到位經費總計 2.1億元，獲批千萬級國家項目3項，國家自然科學基金立項資助項目56項(重點項目2項);發表SCI/EI論文433篇，專利授權(含軟件著作權)194項，新品種審定24項。以我院為第一完成單位獲國家科技進步獎二等獎1項，教育部科技進步一等獎2項，上海市科技進步二等獎1項。
學院積極探索綜合性大學農科創新人才培養模式，高度重視學生創新精神和實踐能力培養。2009年，我院改革本科生招生辦法，啟動實施提前批次招生，與上海市農委簽訂聯合培養農科人才協議，定向培養新農村建設高端人才。2008、2010、2012年，學院學生牽頭組建的創業計劃項目連續三屆闖入“挑戰杯” (第六、第七、第八)中國大學生創業計劃大賽決賽，摘得2金1銀佳績;2011年，推薦的科技創新項目獲第十二屆“挑戰杯”全國大學生科技作品競賽二等獎;2011、2012、2013年連續三年獲評團中央暑期社會實踐重點團隊(2012年囊括學校僅有的2支團中央重點團隊)，獲評上海市大學生暑期社會實踐活動優秀項目獎多項，2012年獲評交大唯一的上海市社會實踐最佳項目獎。
學院不斷深化對外合作與交流，先後與美國康奈爾大學、羅格斯大學、普渡大學、英國諾丁漢大學、英國皇家獸醫學院、荷蘭瓦格寧根大學、日本千葉大學、京都大學等30多個世界知名學校和科研機構建立了良好的合作關係。建有中美食品安全聯合研究中心(科技部註冊)、交大- 復旦- 諾丁漢植物生物技術研發中心、上海交通大學陸伯勛食品安全研究中心、上海交通大學-普渡大學惠斯特勒碳水化合物聯合研究中心等國際科研合作機構。2004 年，學院率先與全球農科排名第一的美國康奈爾大學農業與生命學院形成戰略伙伴，後分別與羅格斯大學、普渡大學等知名院校簽訂了學生聯合培養協議。目前，已有20餘名本科生通過2+2項目獲得了雙學位，並順利進入耶魯大學、布朗大學等常青藤大學攻讀碩士、博士學位。學院還與日本住友化學株式會社、美國食品飲料和消費品製造商協會等世界知名企業簽署了合作意向書，開展生態農場和食品安全領域的合作。
風雨兼程自強不息，承前啟後再創輝煌。展望未來，學院將堅持“以農為本、需求牽引、特色發展、爭創一流”的辦學指導思想，努力實現創建世界一流農科的戰略目標，通過學科、組織、人員三大結構調整，以未來國家農業發展的重大科技問題和戰略需求為導向，以創新的系所矩陣式混合組織結構、團隊制管理模式為核心，以“一體兩翼”的結構模式，“頂天”、“立地”兩支隊伍為抓手，深化內涵和質量建設，凝練學科梯隊，構建創新平台，加速推動跨越式發展，力爭早日躋身國內外高水平農科院校前列。