一、審計區域與對象選擇
審計區域要遵循大氣污染物擴散特徵進行科學劃分，要全面考慮各項污染指標，同時兼顧審計力量配比，提高審計效率。在劃分審計區域時，首先，要分析敏感區域或敏感人羣的受污染情況，對其有影響的污染源都要進行篩選，建立污染源與敏感區域或人羣的聯繫。其次，根據效率原則，將影響敏感區域或人羣的主要污染源以及污染的區域劃爲審計區域，同時考慮污染源的疊加效應，適度考慮其他污染源的影響。第三，根據審計時間、審計力量配比情況，確定採用污染源模式、地面最大濃度模式還是污染遷移軌跡模式。例如針對霧霾治理效果的審計，可以採用地面最大濃度模式，將霧霾發生較爲頻繁的人羣聚集地作爲調查對象，審查霧霾治理資金投入後的治理效果；對於獨立污染源造成的小區域大氣環境質量問題，則採用污染遷移軌跡模式最爲合理，全面分析污染源造成的損失以及治理後的效果；如果審計目標僅確定爲污染源資金投入與環境質量達標之間的評價，審計時間和審計力量安排有限，可採用污染源模式。
二、審計評價
審計評價是區域大氣環境治理績效審計的重點。爲全面客觀地反映問題，審計評價的重點和範圍應全面具體，在模式選擇確定後，應從污染源、污染路徑和被污染區域等敏感點制定評價指標體系，指標應從環境質量、經濟發展和敏感區域健康等多個領域進行多層次設計。本文利用層次分析原理，設計了區域大氣環境治理績效審計評價指標。績效審計中的`一個主要問題是評價指標值的確定。對於大氣環境治理績效審計評價，由於被審計對象的單一性和特殊性，既不可能確定統一標準，也沒有必要確定統一標準。對於污染源的治理效果，應從治理前後的技術、質量和經濟指標進行對比，並結合污染源治理目標進行評價；對於敏感人羣和區域，可從治理政策和措施實施前後的環境質量技術指標、經濟指標和健康指標進行對比，並結合國家環境質量標準進行分析。在環境、經濟和健康指標分析的基礎上，通過環境—經濟綜合指標評價污染源對污染區域的影響程度，發現影響區域大氣環境治理效果的主要因素，以判斷污染源治理和區域環境治理政策措施的實際效果，從環境制度層面發現問題。
三、審計建議
審計建議是審計工作的最後一個環節，也是體現審計工作成績的一個重要環節，但目前大多數審計建議只是對審計判斷結果的延伸，沒有提出實質性的改進內容。究其原因是審計過程中更多的只是將治理效果確定爲達標，而不是從環境保護的根本目標出發，因而難以從制度層面挖掘深層次原因。本文構建的大氣環境治理績效審計模式，進過審計評價後，可形成三種不同的審計判斷結果，並據此給出三種審計建議：一是污染源未按要求整治或整治未達標，污染區域大氣環境質量持續惡化。審計建議的重點是污染源的整治，應分析污染源未按要求整治或整治未達標的原因，從技術和制度上建議加強污染源的治理。二是污染源按要求整治且整治達標，污染區域大氣環境質量仍然持續惡化（這是污染源審計模式不可能發現的問題）。審計建議的重點是污染源治理技術的先進性，污染物排放標準的科學性、合理性，環境行政管理制度的科學性、有效性。三是污染源按要求整治且整治達標，污染區域大氣環境質量逐步改善。這正說明污染防治起到了效果，應建議相關部門總結治理的成功經驗，在更大範圍內推廣。同時通過環境、經濟、健康指標的分析，還可以從資金分配結構上提出審計建議。例如在審計中如果發現環境治理可以減少健康損害，減少疾病的發病率，降低醫療費用，就可建議改變財政投入結構，加大環境投入，以降低健康保障資金的支出。