一、從音位角度設立《漢語拼音方案》的內涵
《漢語拼音方案》(下稱《方案》)是在音位學的基礎上建立的，從音位和音位變體的角度去認識字母和語音的關係，拼音設計不能違反音位歸納的基本原則，主要考慮字母與語音的配置關係，既要貼近拉丁字母，又要符合漢語的語音特點，同時，字母要醒目、拼寫方便、數量適中。《方案》中的字母代表語音，但不等同於語音，由於拉丁字母的限制和拼寫設計的要求，有時一個字母表示不同的讀音，有時不同的字母表示同一個讀音，有的字母不表示讀音，有時沒有字母卻有讀音，所以字母的拼寫形式不一定與實際讀音完全符合，不能把漢語拼音與教普通話讀音完全等同起來，要把字母、拼寫形式與實際讀音結合起來。
二、《漢語拼音方案》對音位原理的運用
(一)字母與語音的配置關係
字母與語音的配置關係是指拉丁字母與漢語語音的配合，拉丁字母是用來拼寫全球性的語言———英語的，其形體最爲中國人所熟知，《方案》中正是運用拉丁字母來拼寫漢語拼音，在字母和語音的配置關係上，即要使字母和聲母的呼讀音符合漢語發音的特點，又要適應拉丁字母原本的讀音，所以《方案》中字符的讀音要和拉丁字母的本音相近，《方案》採用了這種折中的方法：一是採用拉丁字母 i 表示漢語中的舌尖元音，二是採用拉丁字母中表示濁輔音的字母表示漢語中的清輔音。
《方案》用拉丁字母中原本表示濁輔音的字母 b、d、g 表示不送氣清塞音，拉丁字母中清濁配對十分整齊，漢語則無清濁對立，利用輔音的送氣、不送氣辨別詞義。語言學家劉孟揚先生首創用拉丁字母中的濁輔音字母 b、d、g 表示漢語不送氣清塞音，濁音字母表示漢語不送氣清塞音從此確立。
(二)拼寫形式與實際讀音的繁簡關係
拼寫形式與實際讀音的繁簡關係是指漢語拼音音節的書寫形式與實際的讀音有所差異，有的是書寫形式省略了實際讀音中的一些音素，有的是拼音的書寫形式所呈現的讀音與實際讀音不符，要具體情況具體分析，不能將拼寫形式等同於實際讀音。
這主要體現在幾個方面：
1 o 和 uo 的拼寫形式
“坡、播、佛”一類的字的讀音，從拼寫形式的字面上看就爲“pō、bō、fó”，即聲母與單元音 o 相拼，但在實際的讀音裏卻省略了一個弱化的 u，即“puō、buō、fuó”，而且在普通話的讀音裏，只有一個合口呼的“uo”韻母，並不存在單用一個 o 充當韻母的情況，可見在這些音節裏，u 是被省略掉的，爲什麼可省略?除了從拼寫簡便的角度看外，還有一個原因，像前面所說的“puō、buō、fuó”，都是 u 的前面加上一個脣音聲母，u 的後面加上一個圓脣元音，而 u 本身也是一個圓脣元音，所以 u 因爲圓脣的特徵和聲母、韻腹結合在了一起，如果沒有這個過渡音，把脣音聲母和 o 硬拼，發出來的音是很不一樣的，在普通話裏也不存在這些音。
2 in 和 ing 的拼寫形式
“因、尹”一類的字音本韻 en 的齊齒呼韻母，“應、影”一類的字音是本韻 eng 的齊齒呼韻母，即本該是 ien、ieng，中間有一個弱化的過渡音[墜]，爲什麼拼音中從沒有出現 e 呢?因爲西方人一直用“ien”來拼寫“言”等同韻字，“言”與“業”的主要元音也是相同的，於是“ien”不能再來拼寫“因”等同韻字，就定爲 in、ing，而且“，安、完、言”等字屬於同一個韻輒，所以《方案》就把 ien 改爲 ian，這樣拼寫形式就互不衝突，在語音上也匹配了。“因、應”一類字中的[墜]既然弱化爲過渡音，便可以不標出來，也符合漢語拼音拼寫簡短的原則。
3 iou、uei、uen 的拼寫形式和實際讀音
在漢語拼音中，iou、uei、uen 在前加聲母時寫作 iu、ui、un,同樣的`，這是因爲這三個韻母在讀的時候中間的元音會弱化，因爲 i 和 u 都是高元音，而 n 是舌尖中音，發音時氣流受阻礙的部位靠前，所以爲符合《方案》的拼寫簡便的原則，中間的元音 o、e 可以不寫出來。
4 y、w、yu 的拼寫形式
y、w 在《方案》中的作用是聲母，與韻母相拼，i 行的韻母，前面沒有字母的時候，加 y;u 行的韻母，前面沒有聲母的時候，加 w;ü 行的韻母，前面沒有聲母的時候，加 yu。y、w、yu 加在零聲母音節前面，實際上並不發音，用以防止 i、u、ü 行的零聲母音節與其他音節相拼，造成混亂，起到了隔音符號的作用。
(三)字母選擇與音位處理的協同關係
字母選擇與音位處理的協同關係是指《方案》中字母的設立要考慮到音位原則，同時又不能死板地完全套用音位原理，要根據實際的應用情況靈活處理。
音位是區別意義的最小單位，在音位理論中，就算音素之間的發音有差別，只要意義相同，就可以歸爲一個音位，用一個字母表示，《方案》就是用音位注的音，但實際上，有些字母在拼讀的過程中讀音已經發生變化，例如在《方案》中字母 ɑ的讀音是央元音[A]，但字母 ɑ 在不同的音節中發音是有細微的區別的，在音節 ɑn 中，ɑ 的讀音是[a]，舌位變得靠前，在音節 ɑnɡ 中，ɑ 的讀音是[ɑ]，舌位變得靠後;再如字母 e,它在《方案》中的讀音是 ，是半高的後元音，但在音節 ei 中，e 的讀音是[e]，變爲前元音，在音節 en、eng 中，e 的讀音是[藜]，變爲半低的央元音，諸如此類。原本發音只要有細微的差別，就必需用不同的音素表示，《方案》忽略了一些普通話音素髮音時細微的差別，運用音位的原理，將不區別意義的音素用同一個字母表示。字母代表的是一個音位，不是一個音，一個字母可以有多種讀音，字母和語音就是音位和音位變體的關係。
三、關於進一步完善《漢語拼音方案》的認識
(一)形體
拼音字母採用的是最爲通行的是拉丁字母，但其實拼音字母與任何一種拉丁字母都不完全相同。漢語拼音的書寫體採用 ɑ 和 ɡ，但印刷體是 a、ɡ，書寫體、印刷體沒有統一，不方便輸入，若統一起來，可省去插入的步驟，另外，i 的大寫印刷體只有一豎，沒有上下兩橫，容易和 L 的小寫混淆，添上爲好。
(二)名稱
英語中 26 個字母的讀音難以在中國推行，因爲漢語中沒有那些音素，《方案》中的名稱音實際上是拉丁字母的中國化讀音，輔音應念呼讀音，元音應念本音，b[po]、p[p'o]、m[mo]等的讀音已經深入人心。在輸入法中，用 v 代替 ü，書寫體中仍區分開來，這樣不方便使用，也容易使初學者混淆，應統一起來，用 v 代替 ü 較好。
總之，音位概念的形成和發展使得語音研究能夠密切結合具體語言的語音系統，從各個具體語言的音位入手探討語音系統的一般規律，現代音系學就逐漸形成，《漢語拼音方案》是以現代音系學理論爲基礎制定的。