在制度中，可以有兩個層次的內部控制。一是作爲一個法人實體的公司的內部控制，二是控股公司（或集團）的內部控制。
相對於一個法人實體來說，集團的內部控制更爲複雜。一是子公司的內部控制，一是控股公司對整個集團的內部控制，二者的職能應當明確界定，相互補充。
參照巴塞爾委員會關於內控制度的框架性文件，金融控股公司的內部控制應當有三個目標：第一，實現集團的協同效應，實現效率目標；第二，提高集團的透明度，保證對內對外的信息是及時的、可靠的和恰當的；第三，保證整個集團的經營活動符合監管要求和，符合公司制定的政策和程序。
二、金融控股公司架構下的主要風險
金融控股模式只是多元化金融集團的一種組織結構。在多元化金融業務的組織模式中，金融控股模式是取其“中”，即介於全能銀行模式和分業經營模式之間。在金融控股模式下，子公司仍然是“分業”的，或者說是專業化的，而集團是“全能”的，從而兼顧了安全和效率。
應當說，金融控股模式只是部分地排除了全能銀行的`風險。雖然控股公司只對子公司的債務承擔有限責任，但由於金融集團內部複雜的持股關係和資金往來，單個機構的安全並不能得到充分的保障，並且面臨着新的風險。在金融控股架構之下，分業經營下金融機構的仍然存在，但又提出一些新的問題。最大的問題就是金融集團的內部交易問題。所謂內部交易（intragroup