能源審計是一套科學的、系統的和操作性很強的程序，這套程序引用瞭如下原理方法：物質和能量守恆原理、分層嵌入原理、反覆迭代原理、窮盡枚舉原理。
物質和能量守恆原理
物質和能量守恆這一大自然普遍遵循的原理，是能源審計中最重要的一條原理，是進行能源審計的重要工具。在獲得被審計用能單位的`資料後，可以測算能源投入量、產品的產量，在此期間建立一種平衡，則將大大有助於弄清用能單位的能源管理水平及其物質能源的流動去向，幫助發現用能單位的能源利用瓶頸所在。物質和能量守恆這種工具是對用能單位用能過程進行定量分析的一種科學方法與手段，是用能單位能源管理中一項基礎性工作和重要內容，開展用能單位能源審計必須藉助這一原理。
分層嵌入原理
分層嵌入原理是指在能源審計中，能源利用流程的四個環節(購入貯存、加工轉換、輸送分配、最終使用)都要嵌入能源利用效率低和能源浪費在哪裏產生、爲什麼會產生能源利用效率低和能源浪費、如何解決能源利用效率低和能源浪費這三個層次，在每一個層次中都要嵌入能源、技術工藝、設備、過程控制、管理、員工、產品、廢棄能這八個方面。在能源審計的各個階段都要都要從四個環節出發，利用三個層次，從八個方面入手弄清位置，找準原因，解決問題。
反覆迭代原理
能源審計的過程，是一個反覆迭代的過程，即在能源審計的過程中要反覆的使用上述分層嵌入原理。分層嵌入原理這一方法適用於現場考察，也適用於產生節能方案階段，有的階段應進行三個層次、八個方面的完整迭代，有的階段不一定是完整迭代。
窮盡枚舉原理
窮盡枚舉原理的重點，一是窮盡、二是枚舉。所謂窮盡，是指八個方面(能源、轉換設備、輸出設備、過程控制、管理、員工、輸送管網、廢棄能)構成了用能單位節能方案的充分必要集合。換言之，從這八個方面入手，一定能發現自身的節能方案;任何一個節能方案，必然是循着這八個方面中的一個方面和幾個方面找到的。因此，從這八個方面入手可以識別用能單位所有的節能方案。所謂枚舉，即是不連續的、一個一個地列舉出來。因此，窮盡枚舉原理意味着在每一個階段、每一個步驟的每一個層次的迭代中，要將八個方面作爲這一步驟的切入點。因此，深化和做好該步驟的工作，切不可合併，也不可跳躍。