第一，實施會計集中核算制度後的優勢。
一是規範了會計基礎工作，提高了會計信息的質量。實行會計集中核算後，單位只設報賬員負責辦理日常現金收支事務，會計業務納入覈算中心統一覈算，嚴格按照國家統一會計制度規範賬務處理，大大提高了會計覈算工作的質量，提高了會計覈算資料的真實性、完整性和統一性。
二是加強了會計監督功能，從源頭上制止腐敗行爲。成立會計覈算中心後，覈算中心嚴格從制度上和運作程序上規範了各單位財務行爲，從源頭上杜絕了單位違規開戶、私設小金庫、坐支、截留、挪用財政資金等問題產生，初步形成了具有前瞻性和預防性的監督機制。
三是有利於財政資金的合理調度，提高資金使用效益。實行會計集中核算制度後，取消各單位的銀行賬戶，支出單位的財政資金集中在會計覈算中心的單一賬戶，原來各單位積累的大量資金可以變成財政的調度資金，有利於財政部門對資金加強統一調度和管理，使資金調度更加靈活。
第二，實行會計集中核算後存在的問題。
一是會計責任主體不明。覈算中心和被覈算單位相互推諉。一方面覈算中心與被覈算單位在經濟活動上相脫離，另一方面被覈算單位認爲本單位沒有賬戶及會計人員，不再承擔覈算職責也不願承擔會計責任。
二是會計的職能沒有得到充分發揮。由於會計覈算中心只強調會計覈算和監督，大大弱化了會計的預測、分析、決策等職能。
三是覈算單位的財務管理工作和內部監督弱化。各被覈算單位所有資金收支往來的核算，都由會計覈算中心完成，加上很多預算單位將會計覈算和財務管理等同起來，導致單位的`財務管理工作弱化。另外，由於被覈算單位內部的會計與出納牽制機制消失，報賬員實際上履行了會計出納雙重職責。
四是被覈算單位的資金動態難以全面掌握，未納入覈算的二、三級單位缺乏監管。大多數單位也沒有建立各類資金臺賬，對預算外資金和罰沒款的收、繳、存情況無賬可查。
五是報賬手續繁瑣效率低，支付存在真實性與合理性風險。一方面由於會計集中核算中心對資金支出的審批權、控制權、監督權高度集中，導致工作效率低下，影響了資金使用效率。另一方面，覈算中心難以控制各項支出的真實性和合理性，從而產生支付風險。
六是覈算單位對資產管理工作弱化。單位會計覈算工作移至會計覈算中心，而財產物資仍由原單位進行管理，這種資產管理與會計覈算相分離的情況，導致被覈算單位資產管理薄弱的問題更加突出。
七是增加了被覈算單位的審計監督新難題。由於審計部門與被審計單位之間增加了“中間人”——覈算中心，覈算中心與被審計單位之間可能就一些會計責任問題出現真空，使得資料提供、具體問詢、責任認定難度加大。
八是會計集中核算配套信息化網絡和公共財政體系改革尚未完善。會計集中核算體系的形成必須以會計集中核算人員、會計集中核算信息平臺、會計集中核算配套管理辦法爲基礎。此外，目前我國尚未出臺全國性的具體可操作的會計委派及會計集中核算管理辦法。缺乏與會計集中核算制度相配套的具體措施。同時，與會計集中核算相配套的系列公共財政體系改革尚未完善。
第三，改進和完善會計集中核算問題的對策。
—是健全完善會計法規體系，明確會計責任主體。立法部門應儘快根據實際出臺有關的法規文件，使會計集中核算有法可依，保障會計集中核算制度規範運行。同時，要明確被覈算單位是被監督的主體和應該承擔違法違規行爲的法律責任，以及覈算中心附有的監督的連帶責任。
二是規範覈算中心的基礎工作，建立完善制度，提高覈算水平。要規範覈算中心會計工作運作程序，從原始憑證的收集，記賬憑證的填制，賬簿的登記，報表的編報，到會計檔案的整理歸檔，進行逐一要求，在科目設置和使用上，嚴格按預算規定的科目設置。
三是強化覈算中心的監督管理職能，從覈算型向管理型轉化。覈算中心的職能要改變重覈算，輕監督，輕管理，應向預算執行約束、支付的直接監督、承擔國庫委託的單一賬戶、對國庫直接支付和授權支付的核算管理等綜合職能方向上轉變。
四是各被覈算單位要切實重視財務管理工作，加強財會隊伍建設。應堅持報賬會計持證上崗，並強化會計人員繼續教育；報賬會計要據實登記會計臺賬，定期與會計中心覈對，確保財務管理和會計覈算資料的真實性、完整性和統一性；要制定報賬會計的道德規範，建立遵守職業道德的監督考覈機制，並充分發揮會計監督的紐帶和橋樑作用。
五是完善內外監控制度，確保財政資金、財產物資的安全。要建立大額費用審批制度、超指標審批制度、超用款計劃審批制度以及預算單位的財產物資管理制度等內控制度，明確責任。同時，會計覈算中心應保證財政資金、單位財產物資的安全，加強被覈算單位的固定資產管理。
六是有機融合部門預算改革、政府採購制度與國庫集中支付制度改革。財政部門要進一步推行預算管理改革，實現會計集中核算與國庫集中收付及政府集中採購改革的有機融合。
七是建立多單位信息化聯網系統，通過網絡報賬和遠程查詢系統提高效率。要與財政局、覈算中心、單位以及政府採購、國庫支付等單位建立信息化聯網系統，把預算控制、財務報賬、財務報表、統計分析、異地查詢監督管理等工作全部在網上實現。
八是建立健全財政內部監督和外部審計監督等監督制約機制。財政部門要建立健全內部控制制度，充分發揮會計集中核算的監督與服務職能；成立稽查部門加強財政監督，加大對違法亂紀行爲的處罰力度，並引入財政資金效績審計機制；通過羣衆監督、社會監督，形成監督合力，從源頭上預防和治理腐敗。