“國庫內存款”科目覈算醫療保險基金在國庫內的專戶存款。按照“對職工醫療保險基金實行預算內管理，專款專用”的規定，用人單位和職工個人繳納的醫療保險費，以及醫療保險基金籌集、支付過程中取得的收入，必須全額繳入國庫，爲此，會計上設置了“國庫內存款”科目。在該科目的使用上，用人單位和職工個人繳納的大額醫療保險費，直接記入“國庫內存款”科目；小額零星醫療保險費，由醫療保險機構代收，記入“銀行存款 ——收入戶”科目，再轉入“國庫內存款”科目。對於收到的上級補助收入、下級上解收入、財政補貼收入、銀行存款收入戶的利息收入、其他收入先記入“銀行存款——收入戶”科目，再轉入“國庫內存款”科目。由於國庫內存款不計利息。繳入國庫內的醫療保險基金，應由“國庫內存款”帳戶及時轉入“財政專戶存款”科目。按規定，醫療保險費的`支付必須通過國庫內存款帳戶撥至財政專戶存款專戶，財政部門再根據社會醫療保險機構的預算，按時將財政專戶存款，轉撥到社會醫療保險機構的“銀行存款——支出戶”，在撥付前，社會醫療保險機構應做好國庫內存款帳戶的登記工作，並及時與國庫和財政部門對帳。
“國庫內存款”科目，借方記存款數，貸方記撥出數，借方餘額表示國庫內存款、“個人帳戶醫療基金收入”、“待轉收入”等科目。根據預算撥款通知，由財政部門將醫療保險基金從國庫撥至財政專戶時，根據財政撥款憑證，借記“財政專戶存款”科目，貸記“國庫內存款”科目。
例：2003年4月3日，根據社會醫療保險機構的撥款申請，按照財政部門的撥款通知，從國庫內存款中撥付醫療保險基金160萬元，款項已經撥至財政專戶，根據有關憑證，作如下會計分錄：
借：財政專戶存款? 1600000