自治州完成了“兩基”教育
任務。此時，我州城鄉社會開始發生前所未有的變化，城市化進程加快，大量農村剩餘勞動力向城鎮轉移;計劃生育政策在農村得到全面落實，農村生源逐年減少。社會發展到這個階段，學校佈局調整和民漢合校勢在必行。
自治州學校佈局調整工作全面啓動。同年，民漢合校工作提上日程。經過8年的佈局調整，按計劃至9月，全州撤併各級各類學校509所，學校總數由原來的771所降至262所。其中，中小學撤併462所，由原來的631所降至169所;公辦幼兒園撤併1所，由原來的18所降至17所;農民技術學校撤併13所，由原來的79所降至66所;職業學校撤併33所，由原來的43所降至10所，州府所在地只保留昌吉職業技術學院、昌吉衛校、昌吉技師學院3所職業院校，每個縣市均將原有的各類職業學校撤併，組建了一所縣市成人職業教育中心;民語學校撤併101所，由原來的124所降至23所(不含32個校點)，純民族地區實行了小學三年級以上全部開設漢語課，民漢雜居區的學前教育全面實行了民漢合園，除少數民族聚居區的部分山區幼兒園還未開設漢語課，其它地區的學前教育都開設了漢語課。
推行學校佈局調整之初，我州就提出了通過十年的努力，辦二十年不落後的教育的目標，藉助當時的信貸政策，採取貸一點、借一點、政府補一點、勤工儉學貼一點、社會捐一點等辦法籌措資金，確保了中小學佈局調整工作的順利實施。—底,全州公辦學校基礎設施建設總投入達17.75億元。其中, —9月，我州新增校舍面積101.35萬平方米，累計投入基本建設資金7.93億元。其中，爭取中央專項資金1.27億元，佔總投入的16%;自治區專項資金7211萬元，佔9.1%;州財政安排5153萬元，佔6.5%;縣市財政安排1.71億元，佔22%;學校自籌資金3.68億元，佔46.4%。到底，按國家已投入和確定投入的項目資金計算，在學校佈局調整和民漢合校中，全州除昌吉市負債約萬元、州直約5000萬元、阜康市約1000萬元、吉木薩爾縣約1000萬元，其它縣市均無負債。
經過8年的調整，我州中小學佈局趨於合理，教育資源進一步優化，規模化辦學水平顯著提升，城鄉教育差距縮小，教育教學質量得到普遍提高，九年義務教育得到高水平鞏固。民漢合校後民語學生享受到了較優質的教育資源，民語教師專業化程度和教學質量有了明顯提高，全州實行雙語教學的學校達到百分之百。職業學校佈局趨於合理，教育資源得到合理利用，辦學質量顯著提高，畢業生就業率高，社會對職業教育有了一定的認可。
二、學校佈局調整後出現的新情況新問題
(一)教師結構性短缺、超編問題突出。根據自治區編辦《關於下達自治區中小學教職工編制的通知》(新機編9號)，州編委4月核定我州教職工編制爲13369人，而我州實際有教職工14951人，超編1582人。其中，民語教師超800餘人，小學、初中漢語教師超700餘人。總體而言，我州小學教師超，高中優秀漢語教師缺;農村學校教師超，城鎮學校教師缺;民語教師超，雙語教師缺。這種狀況已給我州學校的規範化管理和教學質量的提高造成了不利影響。
(二)城鎮學校現有辦學條件不能適應城市人口快速增長的形勢。隨着我州城鎮化進程的推進，本地農村人口進城和外來進城務工人員逐年大幅增加。加之農村許多家庭帶孩子進城擇校，導致城鎮學校在校生逐年大幅度增加。截至9月，全州在校中小學生16.5萬人，其中，城鎮學校在校生11.3萬人，佔學生總數的68.4%，農村中小學在校生5.21萬人，佔學生總數的31.6%，城鎮就讀學生數遠遠超過了城鎮學校的承受能力，大多數城鎮中小學處在超負荷運轉之中，且這一趨勢還在不斷擴大，預計到2010年，全州在農牧區中小學就讀的學生只佔中小學生總數的20%左右。依據教育部頒佈的班額標準和《新疆維吾爾自治區中小學機構編制管理暫行規定》，城鎮小學班級人數標準爲40-45人，中學班級人數標準爲42-48人。佈局調整後，我州城鎮小學班級平均人數達到60人以上，中學班級平均人數達到60—65人，遠遠超過了教育部的標準和自治區的規定。城鎮學校班額過大造成教學資源短缺和辦學條件不達標、教師教學和管理負擔過重、教學質量難以保證等新的問題。
(三)寄宿制學校管理人員緊缺，安全保衛存在隱患。一方面，隨着寄宿生的大幅增加，原有的生活管理老師遠遠不夠。據統計到9月 ，全州建成寄宿制學校87所，寄宿學生達4萬餘人，其中，中學生達3萬餘人，小學生達1萬餘人，而全州寄宿制學校的生活管理老師只有255 人。另一方面，絕大多數寄宿制學校仍沿襲着以前的安全保衛辦法，安全保衛機制不健全，沒有應急聯絡規定和緊急事件處理預案。尤其是夜間除了門衛值班，其它安全措施均不到位，安全保衛存在較大隱患。
(四)民漢合校後管理存在薄弱環節。民漢合校工作主要是在行政推動下進行的，教育部門和學校對民漢合校後的管理工作研究不夠，大多數民漢合校還沒有從課程設置、思想教育到生活管理方面形成統一、科學、規範的管理機制，有的在管理中出現了“兩張皮”的情況，民漢師生之間相互學習、相互交流不夠，還沒有在思想、感情、文化上融爲一體，個別學校還存在民漢之間不團結的現象。
(五)絕大部分校長脫離教學第一線，不利於新階段下的教育教學管理。目前，進行課堂教學的校長尤其是中學校長不到20%，其他的如書記、紀檢書記、工會主席等幾乎都不上課。造成這一現象的原因有二：一則實施學校佈局調整以來，因國家投入嚴重不足，校長把絕大多數時間和精力用於籌集資金、跑項目、建校舍上，沒有更多的時間和精力深入教學一線研究教育教學管理;二則與配備幹部時考慮幹部的業務能力和學校管理能力不夠、學校領導自身要求不嚴、教育行政部門對學校領導班子業務能力建設重視不夠有關。學校領導班子成員大都不深入教學課堂，尤其是校長長期脫離教學第一線，不研究教育教學的內在規律，不僅難以服衆，而且更不利於新階段下的教育教學管理。
三、幾點建議
(一)進一步加強對民漢合校工作的領導，進一步提高對民漢合校重要意義的認識，進一步加強民漢合校後的管理工作。推行民漢合校和雙語教學是自治區黨委加強民族團結、推動民族教育發展、提高民語畢業生就業競爭能力的重大戰略決策。一是各級政府應把民漢合校和雙語教學工作作爲一項重要的政治任務列入議事日程，加強對民漢合校工作的領導，定期或不定期予以研究。各級教育部門和學校應將民漢合校後的管理工作列入教育工作的'重中之重，增強做好民漢合校工作的責任感和使命感。學校應將實行民漢合校和雙語教學的重要意義納入學校思想政治工作範疇，貫穿于思想政治教育的始終，努力形成各民族師生互相交流、互相學習的良好氛圍，逐步使各民族師生之間在思想、感情和文化上融爲一體。二是利用多種形式積極宣傳民漢合校和雙語教學的重要意義。通過民族團結教育月、各種民族團結教育活動、媒體向社會宣傳民漢合校和雙語教學工作，充分展現民漢合校和雙語教學所取得的成果，使學生和家長真正認識到，民漢合校和雙語教學有利於提高各民族的教育質量，爲子女將來走向社會、進行創業打下基礎。三是制定民漢合校教育教學評估方案和考覈標準。民漢合校和雙語教學需要特殊的管理模式，要根據民漢合校後的實際情況科學制定評估考覈方案。教育部門和學校應加強對民漢合校後出現的雙語教材、教程、雙語教師配備、教育教學管理等問題的研究，在教師備課、教研活動、考覈標準、民漢混合編班等方面形成統一、規範、科學的管理機制。