醫學動畫基本適應於醫學領域的每個分支。醫學動畫結合人體形態學、物理學和生物學等學科基礎上，利用仿真三維動畫技術設計的“虛擬人及人體器官”，爲醫學研究、教學與臨牀提供形象而逼真的模型，爲疾病診斷、新藥和新醫療手段的`開發提供參考。具體使用在以下領域:
1.治療機制
可以對病人的病變部位進行三維重建，然後計算病情的各種特徵參數，根據此參數來確定治療計劃。
2.病理分析，藥理作用機制
可以利用醫學動畫技術進行病理分析，研究藥理作用機制。
3.模擬手術方案
醫學動畫模擬的手術環境可以讓醫生在術前身臨其境般真實地將整個手術過程按照預定的手術方案“ 預演”遍，然後對模擬手術獲得的數據加以分析，從而從中找出預定手術方案的不足可以加以改善，確保實際手術中更的安全性。
4.醫療器械的作用機理做全方位的仿真演示，醫學掛圖，醫學報告
5.醫療事故復原模擬
可以通過醫學動畫對手術過程進行具象、科學的動畫還原，進行醫療事故復原模擬，從中找出問題和錯誤操作。
6.醫學教科研課題類動畫視頻和人體類知識科學普及
醫學動畫能夠逼真準確的呈現現實世界的對象，學生可以迅速掌握知識，提技術水平，還能降低培訓費用。
醫學動畫可以把現實不可能看到的轉爲現實，擴展了人類的想像力和創造力。我們可以期望在不久的將來，醫學動畫技術會應用的越來越廣泛，越來越深入。