1368年，享國運不足百年的元朝被朱元璋領導的起義推翻了，與遼、金、西夏等少數政權不同，末代皇帝元順帝妥歡帖睦爾既沒有戰死，也沒有自殺，而是率領着王族和所剩的軍隊撤退到了自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原，在中國完成了一次外來政權全身而退的“奇蹟”。這得歸功於從成吉思汗開始的近似於瘋狂的擴張，使得蒙古帝國幅員遼闊，汗國、部落林立，而元朝的版圖只算蒙古帝國的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗，對於蒙古各大汗國和部落享有宗主權。元朝的滅亡，只是使蒙古帝國失去了中國的領土，而蒙古帝國依然存在。
元順帝是元朝皇帝中少有的接觸漢較深的一個，大都陷落倉皇北歸的打擊，對於他來說是極大的，雖然依然還是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去國懷鄉”的憂愁，尤其是明朝軍隊對於他的繼續打擊又接連不斷，更使他惶惶不可終日。終於，1370年5月23日，他懷着悲憤和鬱悶，在沙拉木倫河畔的應昌去世。
元順帝的兒子愛猷識裏達臘獲悉父親去世的消息後，便在哈拉和林繼位，他將殘元政權又維持了八年，並厲兵秣馬盼望着有朝一日重登中國皇位。然而，他非但沒有機會實現這一願望，還面臨着深入到蒙古地區的明朝軍隊的攻擊。1372年，明朝大將徐達率軍攻向哈拉和林，這是蒙古黃金家族的大本營，是權力和榮耀的象徵，一旦被明軍攻破，蒙古帝國將徹底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，被譽爲“萬里長城”的徐達一路上勢如破竹，愛猷識裏達臘幾乎到了絕望地邊緣。所幸，明朝的大軍由於戰線過長，後援不繼，受阻於土拉河畔。
1378年，愛猷識裏達臘懷着滿腔遺憾去世，其子脫古思帖木兒繼位，這位第三任殘元皇帝所能控制的領土已經縮小到蒙古帝國最初興起時的規模，恢復祖上的榮光更顯得毫無可能了。
1388年，一支10萬人的明朝軍隊在大將藍玉的率領下在合勒卡河和克魯倫河之間、貝爾湖南岸大敗脫古思的軍隊，殘元諸王、平章以下官員三千多人及軍士七萬餘人被俘，脫木思帖木兒逃走後被其部將縊殺。
這次的失敗使黃金家族——忽必烈家族的殘元政權喪失了在蒙古人中至高無上的地位，以至於大多數蒙古部落宣佈脫離它而自立。1399年，分佈在葉尼塞河上游沿岸的乞兒吉斯部首領貴力赤，否認了最後一任殘元皇帝額勒伯克的宗主權，於1399年將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。至此，苟延殘喘了29年的殘元政權滅亡了，合法的蒙古帝國大汗不復存在了，蒙古各部又回到了爭奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當中。
（二）羣雄紛起爭汗位
殘元的滅亡，使明朝失去了上的敵人，蒙古已經成爲了“邊患”，而不再是前一王朝殘餘勢力。因此，永樂皇帝對於貴力赤表示了極大的友好，承認了他對於蒙古各部的宗主權。但是，貴力赤也並沒有保持汗位有多久，便在1400年被阿蘇特部首領阿魯臺和衛拉特部首領馬哈木的聯軍打敗。阿蘇特部是蒙古化了的伊朗人，起源於高加索，因蒙古西征而進入中國，元朝軍隊中有一支由他們組成的軍團。而衛拉特部是森林蒙古人中的一個強大的部落，在成吉思汗時代被稱爲“林木中百姓”，定居在貝加爾湖西岸。
阿魯臺和馬哈木都不想成爲蒙古帝國的大汗，他們最爲希望的還是自己的部族獨立於蒙古人之外而獲得承認，因此，在打敗貴力赤後，便嚮明朝效忠，表示自己不同於其他爭奪蒙古帝國汗位的部族。這樣的臣服是明朝求之不得的，給了他們極大的支持的支持。依靠這種支持，衛拉特部將其霸權擴張到從貝加爾湖西岸到額爾齊斯河上游的整個西蒙古地區。
然而，阿蘇特部和衛拉特部對於蒙古中部和東部控制都沒能長久，貴力赤之子額色庫重新崛起，要與阿魯臺和馬哈木爭奪大汗寶座，雙方進行了十幾年的戰爭，直到額色庫於1425年病死。
在額色庫不停的與阿魯臺和馬哈木爭奪最高宗主權的同時，在1403年，殘元末代皇帝額勒伯克之子本雅失裏復辟了自己的汗位，宣佈自己爲蒙古帝國的大汗。作爲黃金家族的後代，本雅失裏無疑要比阿蘇特部和衛拉特部具有號召力，不久，包括阿魯臺在內的各蒙古部落聚集在這位正統代表者一邊。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，對這位新一任蒙古大汗的敵視是不言而喻的，永樂皇帝下旨要本雅失裏作出臣屬的明確表態。但希圖重現祖上功業的本雅失裏怎麼會向推翻自己家族在中國皇位的朱氏家族表示臣服呢？於是，永樂皇帝親自率軍進入蒙古，直抵成吉思汗故地——鄂嫩河上游平原，於1410－1411年擊潰了本雅失裏和阿魯臺的軍隊。這次失敗對本雅失裏來說是致命的，因爲這使他喪失了作爲大汗的權威。1412年，衛拉特部首領馬哈木乘機將他擊敗，奪取了汗位。
在此之前，馬哈木一直與明朝永樂皇帝保持着友好關係，但這時，他已經真正成爲蒙古帝國的大汗了。於是毫不猶豫地與明朝皇帝斷交。這引得永樂皇帝再次親征蒙古，雖然馬哈木的抵抗使明朝軍隊遭到嚴重損失，但爲了保存實力，他率軍撤退到土拉河以西休養生息。馬哈木的威信由於這次入侵暫時受損，因爲他也未能阻止明朝軍隊進入蒙古草原。
哈斯木逃走後，大汗寶座又懸空了下來，這時，居住在興安嶺以東、滿洲邊境的嫩江附近的科爾沁部首領阿臺在1425年率部衆佔領了蒙古中東部地區。那個見風使舵的阿蘇特部首領阿魯臺，這回又支持阿臺殺死了本雅失裏，擁立阿臺爲蒙古帝國大汗。科爾沁人是成吉思汗弟弟哈撒兒的後裔，也屬於黃金家族。雖然永樂皇帝對於衛拉特的背叛不能容忍，但爲了消滅在蒙古人中具有崇高威望的黃金家族，又開始支持衛拉特部。自然，對於這支持，衛拉特部也是欣然接受的。
（三）定鼎衛拉特
永樂皇帝所貫徹的爲了打倒黃金家族而扶持衛拉特勢力的政策，在他死後才發生了效力。在1434至1438年間，衛拉特首領、馬哈木之子脫歡率軍攻進蒙古東部，殺死了帝國大汗阿臺和他的重要輔臣阿魯臺，奪得了大汗寶座。雖然，黃金家族——忽必烈家族的一個王子、額勒伯克之子、本雅失裏的兄弟阿佔在此時被擁護正統的首領們宣佈爲大汗，但在事實上，蒙古的帝國已經從黃金家族——忽必烈家族轉到了衛拉特——綽羅斯家族入手中。
對於明朝皇帝來說，成吉思汗的黃金家族已經完結了，草原的這些新君主是一支沒有顯赫的民族，他們在蒙古帝國的歷史上既不顯赫也不重要，他們不可能如黃金家族那樣具有無上的威望和號召力。那麼，蒙古人對於中原的威脅就應該自此結束了。
但是，衛拉特人並沒有忘記他們繼承的是蒙古帝國的汗位，雖然在表面上，他們把自己和其他蒙古人尤其是黃金家族的距離拉得很遠，但他們無時無刻不在想着恢復蒙古帝國原來的疆域。
當然，在明帝國還很強大的時候，衛拉特人是不會隨便捋虎鬚的，他們還記得祖上馬哈木的教訓。因此，恢復帝國的第一刀他們向東南地區的察合臺汗國砍去。脫歡的兒子額森（也先）擊敗了察合臺汗國的衛思汗，強娶了他的妹妹哈尼木公主，因爲衛思汗是黃金家族，所以這一聯姻，使得衛拉特人有了足以號召所有蒙古人的血統。
額森繼承其父脫歡的汗位時，蒙古帝國的疆域從巴爾喀什湖延伸到貝加爾湖，又從貝加爾湖延伸到長城附近地區，象徵正統的都城哈拉和林也是帝國的領土之一。1449年，他向中國公主求婚遭到悔婚，於是，額森蹂躪了山西北部、大同附近的中國邊境。明朝英宗皇帝及太監王振前往迎戰。在土木堡展開戰鬥。額森給明軍災難性的打擊，殲滅明軍10餘萬，俘英宗皇帝。然而，因不善圍攻戰，額森無法攻陷該地的設防城市大同和宣化，於是，帶着俘虜英宗皇帝帝返回蒙古。
三個月以後，他捲土重來，進軍至北京西北郊，但是，他遇到明朝名將於謙的抵抗，發動的各次進攻都被打退，不久明朝的各路援軍趕來。由