（一）相對不起訴適用率過低
檢察機關適用不起訴，不論採取什麼政策，最大的顧慮是要考慮社會的反響，假如放寬，可能招致放縱犯罪的指責，若限制使用，起訴案件將增加，宣告無罪的比例可能上升。在免訴制度存在時，檢察機關因顧慮社會影響，就不敢大膽使用賦予的權力而一再壓低免訴率，新的不起訴制度實施到現在壓低不訴率的跡象就已顯現出來。因此，相對不訴率過低主要有下列原因造成並需改進。
（1）起訴法定主義對相對不起訴的制約。起訴法定主義在我國的先行確定，使我國的公衆甚至包括一些司法職員還未能充分熟悉到起訴便宜主義所具有的進步訴訟效益、有利於犯罪預防等特點，有罪必罰、必訴的觀念使很多人將相對不起訴視爲對犯罪的放縱。司法實踐中，相對不起訴的適用率極低，很多省、市控制在4％左右。人爲壓低不起訴率的現象也較爲普遍。觀念的滯後使得相對不起訴所蘊含的價值在我國刑事訴訟實踐中沒有得到很好的實現。但從總的來看，降低不訴率是個大的趨勢。所以檢察系統應當轉變訴訟觀念，鼓勵適用相對不起訴。相對不起訴是起訴便宜主義在刑事訴訟中的貫徹和體現，也是我國刑罰思想由特殊預防向一般預防轉變的標誌之一，體現了黨和國家寬大處理的刑事政策。正確適用相對不起訴不僅不會導致放縱罪犯現象的發生，而且還有利於改造罪犯，維護社會的穩定。在具體操縱時．要摒棄把不起訴數目的多少和比例的大小作爲衡量起訴工作好壞的標準的做法。
（2）適用程序繁瑣對相對不起訴的制約。爲了消除原免予起訴制度適用過多過濫的影響，人民***在經驗教訓的基礎上對相對不起訴的適用程序作了嚴格的規定。在司法實踐中，承辦案件的檢察官經審查案件以爲可以作出相對不起訴決定後，要將意見報部分負責人，部分負責人如同意承辦檢察官的意見，再把自己的意見和承辦人的意見一井報主管起訴工作的副檢察長，副檢察長決定後報檢察委員會討論決定。刑事訴訟法設立相對不起訴制度，在於使不必要進進審判程序的案件適時終止，縮短訴訟週期，進步訴訟效率，節省司法資源，從而達到訴訟經濟的目的。上述旨在防止人民***濫用相對不起訴權的措施，由於適用程序過於繁鎖，違反了刑事訴訟法設立相對不起訴制度的初衷，檢察機關只能從嚴把握相對不起訴，不起訴的價值體現受到了極大地約束。因此，簡化相對不起訴適用程序，下放不起訴的決定權，這樣既能保證不起訴案件質量，又能進步不起訴的工作效率，充分發揮不起訴制度的作用。
（3）適用範圍狹窄對相對不起訴的制約。刑事訴訟法第一百四十二條第二款規定：“對於犯罪情節稍微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民***可以作出不起訴決定。”從立法意圖上看，“犯罪情節稍微”顯然是出於限制相對不起訴適用範圍的目的而被寫進該條款的。將“犯罪情節稍微”作爲“不需要判處刑罰”和“免除刑罰”的共同條件，使檢察機關在審查起訴中適用相對不起訴的的效能也必將大打折扣。適當放寬相對不起訴的適用條件。適當突破相對不起訴“犯罪情節稍微”的條件限制。對於犯罪情節較輕(可以考慮爲“可能判處三年以下有期徒刑的`案件”)且犯罪嫌疑人具有可以免除刑罰的情節的案件，應答應檢察機關在綜合權衡的基礎上作出不起訴決定。如犯罪嫌疑人因防衛過當或緊急避險超過必要限度井造成不應有危害而犯罪的；爲犯罪預備工具、創造條件的；在犯罪過程中自動終止或自動有效地防止犯罪結果發生的；在共同犯罪中，起次要的或者輔助作用的；被脅迫、誘騙參加犯罪活動的；犯罪賺疑人自首或者在自首後有立功表現的……人民***在審查起訴時可以根據案件具體情況決定適用相對不起訴。