改制後的事務所和過去相比，是一個全新的體制。新的體制要求建立新的管理模式和運行機制，才能得以鞏固和發展。但改制以後，有些事務所在運行中，內部管理並沒有根本地轉變，實行家長制的領導，在所內一股或兩三股獨大，忽視發揮註冊會計師或其他執業人員的作用，忽視股東的作用，合夥所忽視其他合夥人的作用，主任會計師個人說了算，這些所內部沒有建立相應的治理結構和必要的規章制度。不解決這個問題，註冊會計師行業就沒有穩定的發展基礎。筆者我對這個問題做了一些思考，在這裏提出來大家一起研究。
一、事務所內部治理科學機制現狀及主要問題
目前由於大多數中小會計師事務所成立的時間都比較短，治理經驗還不豐富，所以在內部治理方面還存在許多問題。這些問題主要體現在：個別出資人在公司權益中的比重過高，並據此獲得最大的收益分配，這可能會挫傷其他出資人的積極性，導致人心渙散，業務骨幹流失；事務所的組織形式不盡合理，因爲執業質量的高低與事務所規模的大小並無直接關係，所以目前不允許中小事務所採用有限責任公司制，而允許大所採用的政策，顯然對中小事務所有失公平；一些中小事務所執業隊伍不穩定，人才流動過於頻繁，一些事務所通常在前一年底大量招募員工，第二年5月份業務高峯期剛過就大量裁員，嚴重影響了事務所的服務質量，也使執業人員的業務培訓和後續教育工作難以有效開展。
二、進一步完善事務所內部治理科學機制的主要對策及建議
目前，事務所內部治理科學機制治理中的諸如此類的問題，不僅影響了事務所職能的充分發揮，而且還影響了事務所生存和發展。因此，進一步完善事務所內部治理科學機制刻不容緩、迫在眉睫。
（一）完善事務所內部的治理結構
1、完善股東制。對會計師事務所而言，沒有股東或稱一般出資人就沒有有限責任事務所。按公司法的規定，誰出資誰就是股東。按財政部規定，取得中國註冊會計師證書並在事務所執業的人才能出資，才能成爲股東。其後又有規定，實行多元化經營的有限責任會計師事務所，凡經批准註冊的註冊會計師、註冊評估師、註冊稅務師、註冊造價師、土地評估師、房地產估價師等相應執業資格的，都可以成爲會計師事務所的出資人。目前執行中存在的問題是，有的有執業資格的人員不願出資，即不願當股東，這對事務所影響不大，但也有的人要求出資，事務所不願給他們出資，因而出現事務所到底是股東多一點好還是少一點好之爭。筆者認爲，股東是多一點好還是少一點好，不要主觀地去設定，應該從實際出發，在公司法允許設置股東的範圍內，只要有資格的執業人員有要求，就應該允許其成爲股東。這樣做的好處是：適應目前人們的思想水平，絕大部分專業人員是事務所的股東，自己感到是主人，就不存在誰給誰打工的問題；專業人員大部分成爲了股東，大家就有搞好這個所的發言權，會增強事務所的凝聚力。
2、完善董事會。董事會是有限責任公司法人治理結構的核心。財政部在有限責任會計師事務所的審批辦法中對發起出資人（即董事會成員）規定了6個條件。筆者認爲這6條對事務所領導班子成員的條件只是一般的要求，還缺乏對領導班子素質和能力的要求。領導班子的素質和能力是辦好事務所的關鍵。對董事會成員的條件要求應該是：本所股東；有從事獨立審計工作或管理經驗；有一定的專業能力和市場開發能力並有良好的執業道德；年齡在國家規定的職齡內；爲人正直、誠實、勇挑重擔、敢於創新、具有較強的責任感和責任心，並有一定的組織、協調能力；有奉獻精神，不以權力謀私，關心員工，熱忱爲本所服務。爲了保證會計師事務所的註冊會計師性質，在董事會成員中還應規定要有5名取得中國註冊會計師資格證書的。新一屆董事會成員的產生，在設定了條件以後，交全體股東醞釀提名，經董事會集中提出候選人，然後提到股東大會選舉產生。在換屆選舉的過程中，原來的董事會成員包括主任會計師在內，一定要保持平和的心態，自己的去留由股東大會去選擇，不能爲了個人能夠繼續掌權而採取拉一部分人或事前封官許願的辦法，這種做法會使事務所走上分裂。經過設定條件，民主選舉，把真正能幹的人選上事務所的領導班子，事務所才能健康發展。