一、目前銀行內控建設中存在的問題
1.真正意義上的商業銀行運行體制尚未完全建立，包括內控建設在內的體制改革並未到位，約束機制不健全，傳統的經營意識和行爲方式還有較大的慣性，在同業競爭日趨激烈的情況下，冒險違規經營而視風險控制爲羈絆的想法和做法依然存在。
2.內控系統的建立和執行都需要成本，所以在宏觀考慮體系建設和具體內控制度的設計上必然要考慮其適當的度，要兼顧工作效率和經濟效益，當內控建設還沒有完全達到這個要求時，容易被以強調業務發展爲名，使一些內控制度落實不到位。
3.部分從業人員特別是基層行的從業人員，素質不能適應新形勢發展的需要，知識結構陳舊，對內部控制認識不清晰，意識淡薄，在推動內控建設的過程中缺乏主動性和積極性。
但是也應該看到，通過各類風險的暴露和一系列金融案件的發生，商業銀行的各級管理層對加強內部控制已形成了一定的共識，加強了這方面的研究，並形成了相關理論基礎，法規制度體系建設和內部控制的基本框架已初步形成。同時國外商業銀行經過長期積累而形成的現代管理理論與方法以及內控建設方面取得的成果成爲我們可供借鑑的經驗和教訓。特別是近年來，各級金融機構在防範金融風險、提高管理水平的實踐中也已積累了一定的寶貴經驗，這些因素爲我國商業銀行內部控制的建設提供了有利的現實條件。
二、完善銀行內控管理的措施
1.樹立防患於未然的意識。內部控制要由事後補救向事前防範轉變，突出風險預警和快速反應機制。要在各級人員當中牢固樹立起防患於未然的`內部控制意識，抓內控、防風險、保安全不僅在領導而且要在全體職工中經常灌輸。當發現端倪時就要敲警鐘，使所有人員始終繃緊風險這根弦，同時要把內部控制的建設作爲衡量各級領導幹部工作業績的重要指標，加強對基層的檢查和考覈，防止出現上、下級對內控重視程度不對稱，下級執行上級指示時發生敷衍了事、走形式的現象。
2.重視制度設計和體系建設。內部控制系統主要包括設計、執行、評價、改進四個環節，制度設計作爲這個循環系統中的起點和基礎，有着重要的作用，要使內部控制落實在各項業務制度之中，實現從“人治”向“法治”的轉變，商業銀行應對內控制度進行充分研究，建立起全面的內控制度體系。通常情況下，一個完整的商業銀行內控制度的框架至少應該涵蓋以下系統，如授權管理系統、人事監察系統、安全保衛系統、財會覈算系統、授信管理系統、資金計劃系統、清算風險系統、中間業務系統、櫃員操作服務系統、計算機風險系統等，同時在對內控制度的制定、評價、修改都要在程序上予以明確，要規範程序，明確權限，以增強制度的嚴肅性與統一性。基層行在建立自己的內控制度體系時，應充分考慮統一性和可操作性的問題，既要與上級行的制度建設協調一致又要結合自己的特點制定出具體的業務工作流程和崗位職責、實現崗位、工序間的制約。較好的辦法是在對上級制定的制度進行歸納和整理的基礎上，結合自身經營管理特點進行補充和完善，從而形成符合自身需要的、操作性強的內控制度體系。
3.完善法人治理結構，推進組織制度創新，增強組織控制力度。商業銀行應建立起產權清晰、管理科學的現代企業制度，建立決策層、管理層、經營層、監督層、保障層的組織機構。通過良好治理機制的建立，從運行體制上保障內部控制的健康實施。組織機構設置上應減少管理層次，縮短管理半徑，完善一級法人制度，強化一級分行的調控職能，明確二級分行的經營主導地位。要制定科學民主的決策程序，健全法人授權體系，各級經營機構應在各自職責和權限範圍內行使職權、辦理業務。建立內部控制的檢查評價機制和處罰機制，強化稽覈部門在組織體系中的地位和作用。在基層行應該按照扁平化管理的要求，通過民主決策、合理設置內部機構、調整內部機構的職責範圍等手段，以達到充分發揮各部門的配合協調和互相制約作用。
4.健全和完善內部稽覈監督體系。稽覈監督部門在組織體系上應當具有獨立性，在處理與被稽覈監督對象的關係上具有超脫性，在稽覈查處工作上具有權威性，能夠有通暢的渠道讓其真實反映發現的問題，起到監督制衡作用。同時應根據實際情況，擴大內部稽覈監察工作的範圍、內容和權限，緊緊圍繞怎樣提高金融資產質量，防範金融風險等問題開展績效稽覈，稽覈監察的內容要由單一的合規性稽覈監督，擴大爲風險稽覈、效益稽覈、人事稽覈、制度稽覈。
5.加大技術手段在內部控制中的應用。技術手段是一種量化的、科學的模型和公式，它能有效地避免由於人爲因素而造成對風險識別和判斷上的失誤。充分和正確地運用技術手段，對諸如財會風險、授信風險、資金風險等業務性風險的預警和快速反應能夠起到很好的作用，對人事監察、安全保衛等管理性風險的識別判斷也有一定的輔助作用。國際先進的銀行，創造了很多先進的風險預警技術手段，我們應博取衆家之長，創造符合我國特點的模式並加以運用，使之成爲我國銀行的內部控制建設中標準明確的剛性手段，儘量減少人爲控制引發的不確定性。
6.理性地處理好內部控制和發展的關係。業務沒有發展，盲目的控制風險，那纔是最大的風險，內部控制的最終目標是使風險轉變爲效益。內控和發展是對立的統一，一個有效的內部控制系統必將有利於業務發展和管理水平的提高。當然要處理好這兩者的關係，還需要我們觀念的轉變、理論的創新、制度的創新、管理的創新以及人員素質的提高，這對我國金融事業的發展和建設中國和諧社會將起到舉足輕重的作用。