基礎醫學院是北京中醫藥大學歷史最長、規模最大的教學科研單位，其前身為北京中醫學院中醫系，創建於1956年。1980年經衞生部批准成立了中醫基礎理論研究所，實行系所合一的管理體制，1985年更名為中醫基礎醫學部。1996年1月經教育部批准正式改名為北京中醫藥大學基礎醫學院。 2000年6月，原北京鍼灸骨傷學院與北京中醫藥大學合併，劃歸教育部管理，同時成立了新的北京中醫藥大學基礎醫學院。
自創辦之日起，許多為新中國中醫藥事業做出開創性貢獻的國醫泰斗在基礎醫學院執掌教席，使這裏成為全國乃至全世界中醫藥學術的權威學府。半個世紀以來，學院培養了一大批功底深厚、才華出眾的醫界精英，如著名的中醫藥學家劉渡舟、任應秋、趙紹琴、王綿之、程士德、王玉川等，他們在中醫學理論研究、臨牀研究等各個領域取得了豐碩的成果。目前，基礎醫學院形成了以國家“973”項目首席科學家、國醫大師、長江學者特聘教授、著名中醫學家等為核心、高層次中青年學者為主體、結構合理的導師隊伍。
基礎醫學院擁有中醫基礎理論、中醫診斷學、方劑學、中西醫結合基礎、中醫臨牀基礎、中醫醫史文獻6個國家級重點學科，擁有中醫基礎理論、傷寒學、中醫診斷學、中西醫結合基礎、內經學、金匱要略、古漢語與醫古文、中西醫結合基礎(藥理學)、中醫循證醫學、中醫體質學、航海中醫藥學11個國家中醫藥管理局重點學科，擁有中醫臨牀基礎和中醫醫史文獻2個北京市重點學科。基礎醫學院擁有博士、碩士學位授予點各12個，2個博士後流動站，3個局級重點實驗室，3個校級重點實驗室，其綜合實力在全國同類學院中名列前茅。
基礎醫學院現設有研究生招生專業：中醫基礎理論、中醫臨牀基礎、中醫醫史文獻、方劑學、中醫診斷學、中醫體質學、中醫臨牀藥學、中醫養生康復學、中醫文化學、中西醫結合基礎、中西醫結合循證醫學和中西醫結合藥理學等12個。學院承擔多項國家科技部“973”計劃、“863”計劃、“十一五”“十二五”支撐計劃、國家傑出青年基金、國家自然基金、國家中醫藥管理局及北京市自然基金等各項科研課題、承擔國家級普通高等教育“十五”、“十一五”、“十二五”規劃教材主編、副主編等多部。
基礎醫學院2012年招收碩士研究生123 名，2013年132名，2014年144名，實現了碩士研究生招生規模的穩步提高;2012年招收博士研究生62名，2013年54名，2014年65 名，博士研究生的培養質量不斷提高。2012年-2015年，博士研究生就業率實現100%，碩士研究生升學及就業率保持在99%左右。
進入21世紀，學院秉承“勤求博採、厚德濟生”的校訓精神和50年來形成的優良學術傳統，在辦學理念、人才梯隊、技術平台等方面與時俱進，與北京中醫藥大學同發展，與中醫事業共輝煌。
基礎醫學院招生諮詢電話：010-64286195.
基礎醫學院研究生招生辦公室：基礎醫學院三樓321室