需要指出的一點是，由於普通法系採取嚴格的當事人主義審判模式，其證明標準的層次更為細緻和嚴格，幾乎對雙方當事人在任何一個問題上的證明，都有法律的明碼標價。而大陸法系國家刑事訴訟採取職權主義模式，特別是案件事實的證明除了由雙方當事人舉證之外，法庭也有權利調查取證，因此其證明標準的體系就比普通法系略顯粗糙，
在很多問題上不得不以法官“議價”的方式來決定當事人是否完成了證明。至於我國這種“超職權主義”的刑事訴訟模式，證明標準更是談不上任何體系，被一個所謂的“事實清楚、證據確實充分”的標準貫穿了整個刑事訴訟過程的始終。可見，證明標準的多層次化——或者説體系化——是與訴訟的當事人主義程度相適應的，當事人主義的程度越高，對證明標準層次化、體系化程度的要求也就越高。
既然證明標準的確立是訴訟中利益權衡的結果，那麼，利益權衡所要考慮的各種因素就決定了證明標準的不同層次。從最一般的意義上來講，在建構證明標準的層次時。以下幾個因素是必須考慮的：
1．不同主體的舉證能力 在舉證的能力上具有明顯優勢的一方，法律要求其達到更高的證明標準是合理的。刑事訴訟中作為國家利益之代表的控方，擁有強大的人力、物力資源，相對於被告人來講，是天然的強勢一方，因此法律對控方設定的證明標準往往要高於辯方。
即使是在上文提到的某些積極抗辯的情況下，由於辯方舉證能力不如控方，因此法律也僅僅是要求其證明達到一個較低的標準，足以形成一個爭點即可，而控方若想駁倒辯方的這一主張則必須滿足更高的證明標準。這樣既可以提高證明的質量，又保持了訴訟格局的大致平衡。
2．利益的重要性從刑事訴訟啟動到最終的定罪量刑，被告人利益遭受的威脅是一個由小到大逐步增強的過程。因此，作為證明責任的`主要承擔者，控方所要達到的證明標準也會經歷一個由低到高的變化。從偵查開始到適用強制措施，再到正式起訴和最終定罪，證明標準不斷遞增。這並非因為對案件事實的認識程度會自動增強，而是因為控方必須滿足法律對他提出的要求。在控方眼裏，刑事訴訟彷彿一場跨欄賽跑，他必須越過一個又一個逐漸升高的欄杆。
另外，訴訟中涉及到的各種具體事問題實，對當事人利益的影響各不相同，因此，法律要求的證明標準也存在相應的差異。某一事實對當事人的利益影響越大，法律要求的證明標準也就越高。
3．價值目標的實現 在訴訟中證明案件事實並非一種純粹的認識活動，它必然會涉及到一系列價值選擇的問題。由於各國法律奉行的價值目標不盡相同，在某些問題上的證明標準也會存在差異。當前，在價值選擇問題上最為敏感的部分莫過於訴訟程序的合法性。判斷合法性在一個國家刑事訴訟中究竟居於怎樣的地位，只需要看一看證明一個訴訟行為合法所需達到的證明標準即可。