爲保證南京大學軟件學院軟件工程領域在職工程碩士專業學位研究生在入學、培養和學位授予等環節的規範化，確保培養質量，依據全國工程碩士專業學位教育指導委員會制訂的《關於制訂在職攻讀工程碩士專業學位研究生培養方案的指導意見》和教育部發布的《軟件工程領域工程碩士培養方案(修改稿)》，特制定本方案。
本方案作爲南京大學對軟件工程領域在職工程碩士學位教育的指導性文件，規定其培養目標、方向和要求，以及培養對象、方式及學習年限，並就課程設置和學位論文要求等給出指導性意見。
一、培養目標、方向和要求
軟件工程領域在職工程碩士的培養目標是面向國民經濟信息化建設和發展的需要、面向企事業單位對軟件工程技術人才的需求，培養高層次實用型、複合型軟件工程技術和軟件工程管理人才。
1、培養目標
作爲一名合格的軟件工程領域工程碩士獲得者，應當符合國民經濟信息化建設和發展需要，以及國家和企業對軟件工程技術人才需求，能夠成爲企業所需要的高層次的軟件工程技術和管理人才，其基本能力應當達到(具有國際水準的)高級程序員、系統分析和設計師、或項目管理人員的水平。
2、培養方向
軟件工程領域工程碩士應當有較寬的培養方向，包括軟件工程、系統工程、領域工程、數字化技術、嵌入式軟件及應用、網絡工程技術、信息安全技術，以及軟件項目管理、系統分析與軟件設計、軟件測試、軟件質量保證、系統管理與支持等方向。軟件學院還可以根據政府機關、企業和市場的需求，培養軟件工程相關領域或交叉領域的高級人才。
根據軟件產業人才需求的特徵，結合南京大學的辦學特色和地域特點，南京大學軟件學院在辦學過程中，將緊密結合市場需求，動態確定並隨時調整培養方向，詳見當年招生簡章。
3、培養要求
(1)軟件工程領域工程碩士專業學位獲得者應較全面地掌握馬克思主義、毛澤東思想和鄧小平理論;擁護黨的基本路線和方針、政策;熱愛祖國，遵紀守法，品行端正，身心健康，具有良好的職業道德和創業精神，積極爲我國經濟建設和社會發展服務。
(2)軟件工程領域工程碩士專業學位獲得者應具備科學的世界觀，掌握科學方法與工程方法;掌握紮實的軟件基礎理論知識和較寬廣的軟件工程專業知識，具有技術創新能力;受到良好的軟件工程訓練，具有較強的工程實踐能力和團隊協作能力;熟悉軟件應用和工具，具備運用先進的工程化方法、技術和工具從事某一應用領域軟件分析、設計、開發、維護等工作的能力。
(3)軟件工程領域工程碩士專業學位獲得者應達到基本的數學和語言要求;熟練掌握英語，具備良好的閱讀和撰寫外語資料的能力和進行國際化交流的能力;擁有較好的溝通技巧和團隊工作能力，通曉和遵守相關法律和職業道德。
此外，人才還應具備以下的一般特徵：
對軟件系統、計算機系統、信息系統乃至與計算機軟件相關的社會系統具有系統級的認識能力;
具備紮實的理論基礎，能夠全面通曉計算機軟件和軟件工程的基礎知識，較深入理解一個以上的計算機軟件應用領域;
動手能力強，且具有較強的系統分析和軟件設計的能力，能夠熟練使用兩種以上主流的操作系統、數據庫管理系統和程序設計語言，做到理論與實踐相結合;
能夠合理認知軟件科學與技術中的重複概念;
在軟件工業界有過實際項目的工作經驗;
具備自學習的能力以適應軟件技術的快速變化，能夠通過自學的方式在較短時間內掌握系統軟件的使用;
能夠綜合使用各類方法、技術和工具，運用工程方法解決複雜性軟件問題;
具備語言、交流、寫作等基本的軟件從業能力，認同現行的法律、道德和倫理。
二、培養對象與入學要求
招生對象主要爲具有學士學位的在職工作人員，所學專業不限。申請報考者，需要較系統地掌握計算機專業基礎知識、特別是計算機軟件和信息技術領域的專業基礎知識，具有一定的軟件開發或軟件項目管理等方面的經驗和能力。
1、培養對象
2、入學考試
報考人員須參加攻讀軟件工程領域工程碩士專業學位的入學考試。
參加10月份的全國工程碩士聯考被錄取者，畢業後可以授予軟件工程領域工程碩士學位證書。考試科目爲英語/數學/語文/邏輯、專業基礎和專業綜合考試。
依據“教高[2001]6號”文件的精神，軟件學院還可以與有關行業合作，通過自主考試錄取軟件工程領域工程碩士，考試科目同上。
三、培養方式及學習年限
1、培養方式
本領域(專業)採用系統的課程學習和專設的工程實踐相結合的培養方式。課程學習實行學分制;軟件工程實踐要求學生直接參與軟件工程項目實踐，完成必要的技術方案設計、軟件開發、項目管理等工作，並在所取得的工程實踐成果基礎上完成學位論文的撰寫。學位論文可以是研究論文或技術報告，以及相關的工作成果。學位論文須通過評審。
學校聘請具有豐富實踐和教學指導經驗的企業資深技術或管理人員參與課程教學，並對學生的軟件工程實踐進行聯合指導。
學院提倡和特別加強雙語教學，包括直接採用英文原版教材，聘請國內外高水平教師和軟件專家講課或講學等。
2、學習年限
採用彈性學制，學習年限一般爲2到4年，其中從事軟件工程實踐的時間不少於1學年。
在職申請碩士學位研究生可以採取邊工作邊學習的方式，各門課程的教學要求與全日制研究生要求相同。
3、學期制度
在職申請碩士學位研究生(混合班)根據教學計劃開設12門以上課程，學生同樣可以選修全日制學生的專業課程。
四、課程設置及學分要求
1、課程設置原則
軟件工程領域工程碩士課程體系應當遵循五個基本原則，即先進性、靈活性、複合性、工程性和創新性。