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簽訂就業協議書要遵循以下程序：
第一步，由乙方，即由畢業生填寫的自己的相關消息。要如實填寫，要與畢業生資格審查時認定的信息資料相一致。其中專業名稱必須與學校設置的專業名稱完全一致，不能簡寫。填寫後交給甲方。
第二步，由甲方，即由用人單位填寫相關信息和簽署約定條款。用人單位信息中的單位名稱要與用人單位有效印鑑上的名稱一致;檔案轉寄地址，要寫清楚用人單位的人事保管單位的全稱和地址，無人事檔案保管權的單位應填寫其委託保管檔案的地址;入戶地址，即戶口遷移地址，要明確填寫;雙方約定的條款細則要寫清晰具體：“用人單位或人事部門簽章”，不得缺項。
第三步，用人單位上級主管部門或用人單位所屬地人力資源部門簽章。此項簽章主要是爲檔案寄存和戶口遷移之用。公有制單位通常有上級主管部門，但這裏所指的“上級主管部門”是指享有進人指標和戶口指標的省一級單位或政府所在地的中央直屬單位，是以下單位的主管部門通常沒有進人戶口指標。非公有制單位的上級主管部門通常是指管理其單位員工人事關係的政府所屬人力資源服務機構。因此，只要牽涉到畢業生戶口檔案關係轉移的，都要到人力資源管理部門或其授權委託的部門簽章，並辦理接收函。
第四步，見證方簽署意見，即系和學校簽署意見。畢業生與用人單位在“四方協議”上簽字蓋章。協議已經成立，系和學校簽證是爲了保障畢業生的權益和監督協議雙方守約，也是爲了辦理畢業生報到證和落實畢業生戶口檔案事項。畢業生必須將簽好的就業協議書送回系裏簽署意見，後送校大學生就業指導中心審覈並蓋章。目前，如果不牽涉戶口轉移而內容有合法的，由系裏簽署意見就可以。在畢業生就業形勢嚴峻和畢業生實習分散又有《勞動合同法》制約的特殊情況下，爲了方便畢業生，有時系和學校先在四方協議上籤了章。
第五步，“四方協議”由系和學校蓋章登記後，學校留取一份，畢業生要將一份送交系裏，一份送人事單位，一份由畢業生自己留存。如果畢業生在外地實習，可將簽好的就業協議書的第三聯郵寄給系裏。
附：
三方就業協議書
畢業生：______
用人單位：_________
學校名稱：____________
按《普通高等學校畢業生就業工作暫行規定》的要求，爲維護國家就業計劃的嚴肅性，明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務，經協商，畢業生、用人單位、學校三方簽訂如下協議：
一、畢業生應按國家有關規定就業，向用人單位如實介紹自己的情況，瞭解單位的.使用意圖，表明自己的就業意見，在規定的時間內到用人單位報到，若遇到特殊情況不能按時報到，需徵得用人單位的同意。
二、用人單位要如實介紹本單位的情況，明確對畢業生的要求及使用意圖，做好各項接收工作。凡取得畢業生資格的畢業生，用人單位不得以學習成績爲由提出違約;未取得畢業資格的結業生，本協議無效。
三、學校要如實向用人單位介紹畢業生的情況，做好推薦工作，用人單位同意錄用後，經學校審覈列人建議就業計劃，報教育廳批准，學校負責辦理派遣手續。
四、學校應在學生畢業前安排體檢，不合格者不派遣。如果用人單位對畢業生身體條件有特殊要求，原則上在簽訂協議前進行單獨體檢，否則，以學校體檢爲準。
五、畢業生、用人單位、學校三方如有其他約定，應在備註欄註明，並視爲本協議的一部分。
六、本協議經畢業生和用人單位簽字或蓋章後生效。經學校鑑證登記後作爲簽發報到證的依據。
七、本協議一式三份，畢業生、用人單位、學校各執一份，複印無效。
甲方(用人單位蓋章)：
年月日
簽訂地點
乙方(院方蓋章)：
年月日
簽訂地點
丙方(學生簽字)：
年月日
簽訂地點