通過全部筆試和實踐環節考試後，考生就該申請撰寫本科畢業論文了。一般情況下，考生要經歷如下五步，才能完成畢業論文，申請畢業：
1、資格審定;
2、交費並確定指導教師;
3、聽論文講座;
4、考生撰寫論文提綱並接受指導教師指導;
5、論文答辯。
一、資格審定
凡按專業考試計劃參加考試並取得本科規定的全部課程(含筆試及課程實踐考覈)合格成績的考生，可在規定的時間(上半年6月下旬、下半年12月下旬)，攜帶准考證、專接本證明、專科畢業證書原件(本科畢業生需攜帶本科畢業證書原件)、各科考試成績單及免考證明、個人的論文選題方向等有關材料到指定地點進行資格審定。
二、交費並確定指導教師
考生在通過資格審定後要在規定時間(通常一週左右)到主考院校辦理交費手續。主考院校將依據考生事先申報的選題方向，爲考生確定指導教師。在與指導教師聯繫前，考生應結合選題儘可能多地蒐集有關資料，通過歸納、消化初步形成論文寫作的思路，以便於師生間的`溝通、交流，使指導教師能有的放矢地加以指導。
三、論文講座
什麼叫論文?怎樣選題?怎樣收集材料、提煉觀點?怎樣結構文章?這些都是考生在論文寫作前普遍感到困惑並將影響論文寫作質量的關鍵問題。論文講座的目的就是幫助考生理清思路，解除困惑，並最終順利完成論文。因此，這也是考生必須認真對待的重要環節。論文講座的時間通常安排在交費前後，由高校相同或相關專業的教師主講。
四、考生撰寫論文提綱並接受教師的指導
在與指導教師第一次見面後，考生將根據指導教師的要求，對已有的寫作思路進行豐富或修正，並形成論文寫作提綱。對於寫作者來說，提綱質量的高低，直接關係到論文寫作的成效。毫不誇張地說，寫好了論文提綱，也就等於完成了論文寫作任務的一半。這裏需要提醒考生的是，論文的正式寫作應在提綱得到指導教師的認可後方可展開;論文從提綱到成稿，一般要經歷多次反覆。考生應虛心接受導師的指導，認真地對自己的論文進行修改和完善。
五、論文答辯
論文在正式定稿後，考生將進入論文寫作的最後一個環節一一答辯。答辯前，考生應將定稿後的論文按要求打印若干份交給有關教師，以備答辯之需。 論文答辯通常在5月底或11月底前進行(具體安排由各主考院校確定)。論文答辯的程序基本由三項組成：考生簡要地闡述論文的寫作動機、內容梗概和基本觀點;答辯小組成員就考生論文內容進行提問;如果答辯小組認爲必要，還會對涉及論文的專業範圍內的其他問題加以提問。這些提問都需要考生認真加以回答，並會影響到考生的論文成績。
特別需要提醒考生的是，各專業的論文寫作週期與考覈方式並不完全一致。大多數專業從資格審定到論文答辯結束，前後5個月左右。但也有例外，如計算機及應用、建築工程等專業，其畢業設計週期爲一年。此外，與多數專業的畢業考覈方式不同，英語專業採用的不是論文寫作答辯的方式，而是分英語國家文學、英美社會文化、翻譯三個方面採用現場筆試的方式進行考覈。