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公司登記註冊程序包括兩種具體程序：
一是公司進行的申請登記註冊程序，
二是公司登記機關對公司進行的核準登記註冊程序。
法律、行政法規對設立公司規定必須報經審批的，在公司登記前應依法辦理審批手續；公司的經營範圍中屬於法律、行政法規限制的，應當依法經過批准。因此，公司登記註冊程序有時包括第三種程序，即設立審批程序或審批程序。
(一)公司申請登記程序
公司申請登記程序是指公司向登記機關申請登記的程序。根據《公司登記管理條例》規定，公司申請登記分爲設立登記、變更登記和註銷登記三種，登記程序也相應地分爲三種：
1、申請設立登記程序
設立公司應當申請名稱預先覈准。
(1)有限責任公司設立登記。設立有限責任公司，應當由全體股東指定的代表或者共同委託的代理人向公司登記機關申請設立登記。設立國有獨資公司，應當由國家授權投資的機構或者國家授權的部門作爲申請人，申請設立登記。法律、行政法規規定設立有限責任公司必須報經審批的'，應當自批准之日起90日內向公司登記機關申請設立登記；逾期申請設立登記的，申請人應當報審批機關確認原批准文件的效力或者另行報批。
申請設立有限責任公司，應當向公司登記機關提交有關文件和證件。
(2)股份有限公司設立登記。設立股份有限公司，董事會應當於創立大會結束後30日風向公司登記機關申請設立登記。
申請設立股份有限公司，應當向公司登記機關提交有關文件和證件。
(3)分公司設立登記。公司設立分公司的，應當自決定作出之日起30日內向公司登記機關申請登記；法律、行政法規規定必須報經有關部門審批的，應當自批准之日起30日內向企業登記機關申請登記。分公司的經營範圍不得超出公司的經營範圍。設立分公司，應當向公司登記機關提交有關文件和證件：①公司法定代表人簽署的設立分公司的登記申請書；②公司章程以及由公司登記機關加蓋印章的《企業法人營業執照》複印件；③營業場所使用證明；④公司登記機關要求提交的其他文件。如經營範圍中有法律、行政法規規定必須報經審批的項目，應提交國家有關部門的批准文件。
2、申請變更登記程序
公司變更登記是指公司改變名稱、住所、法定代表人、經營範圍、企業類型、註冊資本、營業期限、有限責任公司股東或者股份有限公司發起人的登記。公司變更登記事項應當向原公司機關申請變更登記。未經覈准變更登記，公司不得擅自變更登記事項，否則應當承擔相應的法律責任。
3、申請註銷登記程序
按照《公司登記管理條例》第三十六條的規定，公司註銷登記的申請由公司的清算組織進行，公司清算組織應當自公司清算結束之日起30日內向原公司登記機關申請註銷登記，並提交有關文件和證件。
(二)公司登記機關覈准登記程序
公司登記機關覈准登記程序是指公司登記申請人向公司登記機關提交登記申請，公司登記機關受理申請、審覈公司登記文件、直至覈准或者駁回申請，核發、換髮或者收繳營業執照的工作過程。
公司登記覈准程序有法定程序和工作程序，公司登記覈准程序的主要內容是法定的，不可隨意更改。公司登記機關可根據實際工作情況，規定內部工作程序，內部工作程序應體現提高工作效率、責權明確的原則，並應符合法定程序的要求。
1、公司覈准登記法定程序
公司登記機關收到申請人提交的全部法定文件後，發給申請人《公司登記受理通知書》。該通知書是在公司登記機關收到申請人提交的符合《公司登記管理條例》規定的文件的情況下發給的。按照《公司登記管理條例》的規定，公司登記因登記情況的不同，提交的文件也不同，即按照公司設立登記、變更登記、註銷登記、分 公司登記的不同要求提交有關文件。
公司登記機關自發出《公司登記受理通知書》之日起三十日內作出覈准登記或者不予登記的決定。否則，申請人可以依據行政訴訟法的有關規定向人民法院起訴。 公司登記覈准登記的，應當自核準登記之日起十五日內通知申請人，發給、換髮或者收繳《企業法人營業執照》或《營業執照》，並辦理法定代表人或其授權人簽字備案手續。
公司登記機關不予登記的，應當自作出決定之日起十五日內通知申請人，發給《公司登記駁回通知書》。
公司登記機關發給、換髮或者收繳營業執照，或者發給《公司登記駁回通知書》，標誌着法定登記程序的結束。
2、公司覈准登記工作程序
公司覈准登記的工作程序是指由各級公司登記機關根據上級機關的規定和工作實際制定的具體工作規程。一般應包含三個步驟。
受理、審查：公司登記機關受理公司登記申請後，由審覈人員對申請人提交的登記文件進行審覈，並提出具體審覈意見。
覈准：公司登記機關的法定代表人或者授權的人員，根據審覈意見，決定覈准公司登記或駁回登記申請。
發照：公司登記機關根據覈准結果，核發營業執照或發出不予覈准的通知書，並將有關公司登記材料整理歸檔。