如何確定合適的加盟費用，對總部來說是一個非常關鍵的問題，它直接影響到特許事業的順利發展。因爲投資者在費用方面通常相當敏感，費用定得太高，投資者不能獲得預計的利潤，自然不會對該項業務感興趣，即使加盟進去，不久也會退出；若費用定得太低，總部收益受損，甚至無法彌補所提供服務的費用開支，將會得不償失。無論如何，總部都應該儘早拿出一套合理的收費方案，確定加盟費用水平及收費方式，以便制定出合理的預算，彌補其管理費用，並取得足夠的盈利。
加盟者向總部交納的加盟費用一般包括以下幾類：
1．加盟金。
也稱爲首期特許費，是加盟者在加盟時向總部一次性交納的費用，它包括加盟者有權使用總部開發出來的商標、特殊技術等費用，體現了加盟者加人特許系統所得到的各種好處的價值。這筆費用各個總部都不相同，如日本“7D11”公司加盟金爲300萬日元，“Seicomart”公司250萬日元；“吉野家”公司150萬日元；“家庭市場”公司只有50萬日元。
2．保證金。
作爲今後交納各項費用及債務的擔保，同時也帶有總部向加盟店所提供商品的.預付金性質，數量各公司不等，如 “Seicomart”公司、“家庭市場”公司爲250萬日元；“吉野家” 公司75萬日元。合同中止時是否退還，情況也各不相同，依據雙方的合約而定。
3．權利金。
是總部對加盟店進行經營指導而收取的費用，由加盟店按期交納。權利金的計算方法依行業不同而不同，如便利店一般爲毛利的30％D50％，快餐店一般爲銷售額的5％D10％，出租業按租金收入的6％D8％；小酒館按店鋪面積收取，還有定額包費等。
4．違約金。
如違背合同中規定的義務及禁止事項，按合同規定向受損害的一方交納違約金作爲賠償。
5．其他費用。
如店鋪設計及施工費、培訓費、廣告宣傳費、設備租賃費、財務業務費、意外保險費等。
上述費用可以分爲加盟店開業前交納的前期加盟費用及開業後運作時交納的後續加盟費用兩大類。前期加盟費用包括了總部招募、評估、培訓、尋找地址等全部費用，在有些情況下，它還包括了特許體系不斷成熟和商譽提高而增加的特許權費用。如何確定前期加盟費用水平，有人認爲應儘可能降低前期費用以便加盟者的開辦費用能降至最低；另一些人認爲應定得高些，因爲前期費用是總部獲得收益的重要來源，這樣總部可以立即獲得大量現金收入和利潤，並解決了業務經營所面臨的問題。其實，特許經營與其他業務一樣，都需要經過一定時期發展才能開始盈利，這一時期大約爲3－ 5年，總部必須籌備足夠的資金以維持盈利前的經營，所以，想在短期內通過加盟金解決總部資金上的困難是不現實的。一般情況下，前期加盟費用佔加盟者全部投資的5％D10％。
後續加盟費用是加盟者開業後每隔一定時期都必須支付的，有的按月支付，有的按年支付，它包括總部對加盟店的管理服務費用和廣告費用等，一般按收人的百分比提成，也有的確定一個固定費用。分析後續加盟費用是否合理，主要的參考依據是加盟店的盈利能力，一家加盟店在一年內能賺取多少利潤是最重要的影響因素。計算公式如下：
投資總額x 30％＝每年投資回報金額＝每年預期利潤+加盟費
即：加盟費＝投資總額x30％D每年預期利潤
據上面公式，可以在不同的投資總額上，在預測不同利潤水平上計算出合理的加盟費，同樣，我們也可以在確定加盟費的基礎上計算投資者期望得到的利潤水平。
上面在分析加盟費是否合理時，只是考慮了加盟者所能獲得的利潤因素。事實上，加盟費用的高低受很多因素的影響，除了盈利因素外，還有以下幾個方面：
1．加盟總部的發展階段。
當總部的特許經營業務還處在剛剛起步的摸索階段，其特許經營概念還沒有經受市場充分、徹底的檢驗，經營風險較大時，爲了吸引更多的投資者，擴大影響，總部往往不惜以低價兜售特許權。
2．加盟總部提供的援助。
加盟總部對加盟店提供援助的多少，是決定加盟費用高低的一個重要因素，因爲提供的援助越多，其管理費用支出也越多，用於彌補管理費用而收取的加盟費也相應增加。
3．加盟總部的管理水平。
儘管加盟費用的高低與總部的管理水平有很大關係，但外人要一眼就能準確評估公司的管理水平是很難的。各行各業的特徵以及各家各派的學說，再加上各種各樣的表現，使外人只注重形式而看不清本質。總部在開展特許業務時，不僅要使自己的管理品質真正上檔次，而且要注意對管理品質的外包裝，精益求精，甚至小到一個用以推廣的小冊子小名片，也要印製精良，絕不能粗製濫造，損害公司形象。
4．加盟總部開展的推廣活動。
加盟總部開展的各項宣傳推廣活動，其費用往往由加盟者承擔，並計人加盟費中，因而加盟費與總部開展的推廣活動頻率成正比，但它不一定與推廣效果成正比。總部不能想做多少廣告就收多少宣傳費，一定要有計劃地推廣，並注重推廣效果。