水利工程施工項目管理過程中，成本控制問題十分的突出，具體表現在：由於建築業市場競爭日益激烈，致使其在工程項目招投標環節的投標報價風險進一步上升，難以對投標過程中的費用進行有效的控制；另外，在企業內部管理制度中，項目成本管理與控制往往流於形式，約束力度與執行力度不夠。
加強水利工程施工管理控制措施：
1．施工安全管理和控制
第一步要做的是構建一套健全的水利工程施工安全監督以及管理體制，以保證工程施工具有較高的質量與安全度；始終將項目經理作爲重心，貫徹落實安全生產崗位責任制，劃分安全管理職責以及權力，制定高效的制度，加強施工安全約束與管理工作。第二步要做的是培訓全員安全教育知識；當前，大部分水利工程施工人員以及管理人員沒有形成良好的安全意識，忽視了施工的標準規範，並且，施工人員具有較大的流動性，必須將安全生產教育培訓工作貫徹到項目的全過程之中，重點對新進員工以及安全管理核心部位的培訓。最後，加強施工現場安全巡查力度，把綜合性與專項這兩方面的安全檢查工作結合起來，以避免安全管理隱患的發生。
2．加強預算精確性，開源節流
全面預算管理是產權制度變革過程中的必然趨勢，是提高網絡信息質量水平的關鍵措施，是科學管理的重要工具之一。全面預算管理中的預算編制、執行、評估以及內部審計等共同組成了運營管理控制系統。具體表現爲以下兩點：一是外部環境；當前，大部分水電建設業都在進行着簡短、扁平以及快速發展模式，對於建設速度快、低成本的輸出以及收緊貨幣政策的`預期不夠重視，致使資金短缺、收益低、運行困難現象的發生；二是內部環境；機械設備與原材料成本進一步提高，員工薪酬成本提升，且項目經理缺乏必要的意識，從而使得自我管理和控制力度不夠。要想將上述局面有效的解決，施工企業就必須在戰略上把握好全局，在細分市場時做準確的制導，以獲取絕對的優勢；在產品成本降低方面要做好節約事項，如，節約水、電、時間等；節約型項目部門應防止物資採購、工程竣工結算以及設備材料使用管理混亂、諸多的非生產性經費開支，比如，招待費、差旅費等不必要的浪費。資金的運作過程中，要有一套健全的承包機制，對資金結構加以調整，盤活閒置、沉澱的資金，強化財務控制力度。資金管理應始終按照“以收限支，以支促收，先收後支，合理有效”的原則辦事；而在物流方面，應加強管理與控制實際物流成本、實物流通費用、物流管理費用、信息流通費用；施工實際生產過程中，應採用先進的技術、材料以及工藝，進一步降低實際生產消耗量，提高利潤。
3．加強施工合同管理
水利工程施工過程中不可忽視的就是加強合同管理，特別要對以下幾方面的事項加以高度的重視：首先，對合同進行預管理，也就是說，合同簽訂之前，要對工程項目招標文件進行嚴格的審查，並對項目進行計劃立項與編制；其次，必須按照合同中的規範與程序辦事；所有合同簽訂之前，凡是涉及到的內容必須通過有關部門檢查會審之後，合同雙方根據平等協商的基本原則，確保施工合同合理性及合法性。另外，水利工程施工過程中，應嚴格按照合同內容，規範設計變更的審批程序，有效的管理與控制施工質量、進度、造價等。再有，應對水利工程施工後期合同清算工作加以必要的重視，確保其的完善性。
4．加強制度建設力度，嚴求佳績
構建各種完善的規章制度是水電施工單位管理控制過程中的基本保障；構建高效的內部運行機制，強化內部質量控制制度，有效控制風險因素的發生；當前，企業管理的根本性要求就是標準化，其不僅能夠保證企業順利的運行，同時，還使得企業生產經營活動與各項管理工作朝着高效化、規範化的方向發展，是提高施工管理控制水平的關鍵。這就要求企業管理要始終將廣大的領導者作爲重要支撐，以此增強自身與集體能力如組織方法、知識與技能，以點帶面，以構成一個輻射形狀的控制網絡，嚴抓核心環節，績效考覈。根據規章制度辦事，對工程全過程加以有效的控制。
綜上所述，水利工程施工管理工作不是一蹴而就的，特別在當前競爭越來越激烈的市場中，水利施工業要想站穩地位，就必須進一步強化施工管理，提高施工質量與管理水平，增強自身盈利能力，只有這樣，企業才能夠在建築市場中持續良好的生存與發展下去。