審計作爲一門社會科學，隨着市場經濟的發展，發生了重大變化。雖然到今天，已經形成了一套比較完整的科學體系，但是在審計工作中也出現了不少與形勢不相適應的問題，亟待改進。
一、我國企業內部審計中存在的主要問題
（一）有些企業領導對內部審計工作重視不夠
現在，有些企業只是因爲制度要求而設立了內部審計部門，他們並沒有真正地履行審計的職能，隨意抽調內審人員從事與內審無關的工作。甚至對內審機構和內審人員也下達非審計工作任務(如生產、銷售企業下達銷售任務，金融企業下達存款、保費收入任務等)。
(二)企業內部審計獨立性不足
內部審計機構是單位內部設置機構，在本單位負責人的領導下開展工作，爲本單位實現經營目標服務。因此，內部審計的獨立性不如外部審計，在審計過程中，不可避免地受本單位的利益限制。就內部審計的實質而言，充其量，內部審計只是企業的管理手段之一，只是服務於企業管理當局的管理工具，是管理當局主觀意志的體現。鑑於此，企業的內部審計很難站在客觀、公允的立場上對企業的財務狀況做出客觀、公正、合理、合法的評價。特別是當面對領導參與或法人違紀時，內部審計往往無能爲力。在這種情況下，作爲企業的`內審部門，如若服從於領導意志，往往就不能對企業的財務進行有效監控，不能做出真實、客觀的評價，聽之任之，從而出具虛假審計報告，這就會埋下巨大的隱患。
(三)內部審計方法模式的滯後
我國審計仍然以賬項基礎審計方法爲主，主要審計目的是“查錯防弊”，內部審計人員風險觀念淡薄，審計風險控制因素考慮較少，更談不上用最新的以風險導向爲核心的審計方法來防範和化解風險。
(四)有些企業沒有建立內部審計激勵機制
如果企業不注重內部審計激勵制度的話會挫傷審計人員的工作熱情和積極性．也難留住和錄用高質量有能力的審計人員，並且也會降低內部審計工作質量。
(五)企業內部審計與國家審計機關和民間審計組織聯繫、協調不夠
有些企業領導、內部審計機構負責人和內審人員，不願意、不主動與國家審計機關和民間審計組織聯繫。不重視與其他企業內審人員的交流，造成對外部信息閉塞，不能及時瞭解內部審計法規變化情況，不能及時掌握內部審計的新技術、新方法，使內部審計工作始終處於較低水平而難以提高。
(六)內部審計人員素質不高
隨着市場經濟的建立和發展，企業的投資呈現多元化，如企業的併購、分設、債務重組、非貨幣性交易等。爲了更好地服務企業和規範企業的經濟行爲，內部審計人員必然參與到企業的這些經濟行爲中。這就要求審計人員的知識多元化，不僅要能懂財務和審計知識，而且還要精通企業的各項相關業務。內部審計人員的素質成爲開展高層次審計監督的關鍵所在。而我國內部審計人員的絕大多數是從會計崗位轉過來的，知識面較單一，缺乏與經營、管理、生產等相關的知識和經驗，使得內審從憑證和賬面找問題，難以從實際工作的深層次上發現問題。
二、完善內部審計的建議
（一）加強宣傳教育，進一步提高對內部審計工作重要性的認識
國家審計機關要通過召開座談會、舉辦講座、進行審計工作培訓等形式對企業領導、內部審計部門負責人進行宣傳教育，提高他們對內部審計工作重要性的認識。企業領導、內部審計部門負責人也要努力學習審計知識和審計新方法，積極主動地抓好內部審計工作，充分發揮內部審計部門的職能作用。