現今我國的事業單位財務會計內部控制中都存在着或多或少的問題，這些問題不得到有效解決，便會影響財務工作的進程。所以，必須針對事業單位財務會計內部控制制定科學的提高方案。
一、事業單位內部控制概述
在事業單位內部建立科學、系統的管理體系以保證事業單位的正常運行稱爲內部控制。在事業單位進行財務會計內部控制是實行內部控制的重中之重。通過科學的財務會計內部控制，不但能提高事業單位抵禦風險的能力，還能實現自動監督的目標。事業單位實行財務會計內部控制的目的是促進企業的合法經營、財務管理的安全性和信息的準確性，這些工作水平提高了，才能促進企業經濟效益最大化的實現。事業單位財務會計內部控制的主要依據是專業風險評估的結果，這樣可以對企業發展的未知風險進行合理的控制，這些風險主要有企業風險、行業分離風險控制、財務預算控制、成本控制，做好上述風險控制，才能真正做好事業單位內部控制，促進經濟效益的提高。
二、事業單位財務會計內部控制存在的問題
（一）事業單位內部控制制度不完善
對內部控制沒有引起足夠重視要想保證財務控制工作的準確性，就必須建立科學完善的內部控制制度，使各項會計工作進行時，能有明確的依據。所以，必須認識到內部控制制度的重要性，只有這項工作做好了才能促使財務會計控制工作的順利開展。此外，很多企業並沒有真正認識到財務會計內部控制工作的重要性，這就使得在解決問題時領導不能制定科學合理的方針政策，影響內部控制工作的順利開展，所以，事業單位的政策制定者必須不斷加強內部控制意識，這樣才能促進健全的財務會計內部控制制度形成。此外，在確定企業內部的法人結構及任務分配時，必須嚴格按照會計法的有關規定來進行，這樣才能使崗位責任明確，使事業單位能達到預期的不相容崗位分離的目標。一定要保證事業單位所建立的內部財務會計制度的科學合理性、嚴格性，這樣才能使事先制定的崗位責任制落實到位，使財務會計工作時能有法可依。
（二）事業單位會計基礎工作有待提高
有些財務會計的工作流程設置的過於簡單，這是某些企業爲降低會計工作量而進行了簡化，但這會造成會計覈算的準確度低；特別是有些企業爲實現自身利益的最大化，竟然在會計工作中實行帳外帳的方式，即所謂的“小金庫”，這種工作方式不僅使賬目可信度低，還會降低工作效率。在這種情況下，就更需要進行會計內部控制，避免不合理的'控制影響工作進度。
（三）國有資產產權歸屬不清
有些對外經營的事業單位在謀取企業利益時，常常會把許多非經營性資產無條件轉移爲經營性資產。這種財產歸屬不分明情況的出現，主要是因爲企業監督管理的匱乏，這會使許多國有資產長時間的被佔用，甚至還會使資金損毀、流失。此外，這些非經營性資產長時間的歸於單位資產，會使單位總資產虛高，使信息可信度低。
三、解決事業單位財務會計內部控制問題的對策
（一）事業單位應建立完善的財務會計內部控制制度
健全的事業單位內部控制制度，能使財務會計人員工作時有據可依，大大提高工作效率。同時，在制定控制制度時一定要本着以人爲本的原則，這樣才能使內部審計制度真正發揮作用，真正提高會計人員的工作責任感，還能夠在單位建立專門的內部審計部門。財務部門與會計部門雙管齊下，才能使事業單位財務會計內部控制的工作質量不斷提高，促進事業單位內部控制向科學、規範的方向發展。
（二）提高事業單位內部控制意識，財務會計基礎工作應規範化和科學化
在事業單位的內部控制工作中，單位領導起着重要的作用，他們是單位的的決策制定者和行爲引導者。所以事業單位領導必須不斷加強內控意識，特別是財務部門和管理部門的領導，更應該將加強內控作爲工作的重點。領導的作用在於帶動工作人員積極參與到內部控制中，從而將控制制度落實到實際工作中。我國現今的財務會計工作現狀要求財務部門不斷規範財務基礎工作，並將會計人員崗位責任制、財務會計分析制度等主要內容包括在會計內部管理制度中，還要促進財務會計工作的共享化、透明化。這樣才能保證財務會計工作的準確性、可信性，同時單位內部還要不斷進行交流，以使內部控制制度滲透到每個員工內心，這樣才能在實際工作中落實到位，切實提高財務會計的工作質量。此外，事業單位也不能忽略會計電算化信息控制工作，相關技術操作人員必須不斷加強信息管理軟件控制工作，科學的安排每個電算化操作人員的工作任務，並在操作中進行嚴密的信息操作與控制，還要在信息操作、業務查詢、數據輸入輸出、文件保存工作中，都嚴格遵循相互分離的原則，這樣才能真正提高信息控制質量。
（三）做好事業單位財務會計內部控制的合理監督
會計部門的工作人員必須對國家財經法律類的規章制度、以及工作單位的資金預算、財務支出、業務計劃有系統、詳細的瞭解，這樣便於進行準確、可信度高的會計覈算工作，還能對財務會計工作的進程進行實時的把握。在財務會計中要嚴格注意下面幾點：支出憑證可信度低的、違法的一律置之不理；而對於虛報、違法嚴重的原始憑證，不僅不辦理，還要將其扣留，以便向單位領導反映情況，並在徹查時有實際依據，直接跟蹤到某個工作人員。有些憑證的記載不夠準確、詳盡，這就需要及時駁回憑證，並要求相關責任人對其進行完善；對於僞造賬目、變更賬簿、帳外設帳、惡意損毀帳薄等惡劣行徑，必須及時阻止並給予相應懲罰；所有的賬款支出必須準確記錄在案，並且檢測人員要不定時的對這些財目記錄進行覈對。萬一覈對的結果與實際不符，則需要依照國家規定及時採取相關措施。當某些財務會計工作已經超出會計人員的責任範疇，則需要及時的向相關負責人報告，以便及時查明事故原因，並作出應對措施。
四、總結
只有建立健全一系列事業單位內部控制制度，才能使管理取得優化。在進行事業單位內部控制時，要將財務會計工作放在重中之重。只有做好了財務會計的內部控制工作，才能使單位財務工作運行更加合理，才能真正促進事業單位經濟效益最大化的實現。