在新的歷史時期下，外部變化的經濟環境和國內複雜的經濟形勢，給事業單位的財務會計管理工作帶來了很多挑戰，而財務會計內部控制對財會管理的重要作用因此凸顯，也逐漸被事業單位認識。但是目前事業單位財務會計內部控制還未完全實現，在實施過程中不斷暴露出很多問題，函待我們解決。
一、事業單位財務會計內部控制工作的必要性
隨着我國市場經濟的快速發展，事業單位的財務管理的工作壓力逐漸加大，並且在實際工作中出現了越來越多的問題，比如在項目招標、資金使用、項目投資方面暴露出很多問題，而財務會計內部控制可以對這些問題進行控制管理，減少企業的損失。實現對單位保護和控制、監督的作用是事業單位財務會計內部控制存在的重要意義。實現事業單位財務內部控制，才能對財務進行單位自我管理，才能完成財務會計管理的現代化，從而達到事業單位經濟效益最大化，由此可知，事業單位實施財務會計內部控制對自身發展具有的重要意義。
二、事業單位財務會計內部控制存在的問題
1.財務會計的內部控制不受重視
很多事業單位的管理層雖然已經具有建立財務會計內部控制的意識，但是對工作的實施不夠重視。由於事業單位的'領導者沒有完全認識到財務會計內部控制的重要性，財務會計內部控制工作發展的阻力較大。因此，必須轉變領導者重經營、重發展的觀念現象，重視財務會計內部控制制度的建立。
2.崗位設置不合理
目前，我國很多事業單位的財務崗位的設置不合理，崗位分工不明確，甚至存在“兼崗”的問題，這嚴重違反了我國《會計法》有關財務崗位的規定。因爲我國事業單位機構比較精簡，工作人員都是由上級人事部門統一考試，同一錄取，統一分配，所以大部分事業單位的財務崗位的人員都相對不足。這給崗位設置帶來了很大的困難，工作人員身兼數職也成了普遍現象，導致崗位責任無法明確。
3.事業單位財務會計的管理制度不完善
雖然事業單位的財務會計管理的工作水平在不斷提高，但是其制度建設還是很緩慢，部分制度不健全，導致會計覈算的不規範，財務會計內部控制工作的開展也受到限制。財務制度的不完善主要表現在兩方面，一是財務管理制度不完善，二是審計監督的制度不完善。由於財務制度的不完善，很多財務會計工作的管理存在漏洞，這對財務會計內部控制的實施造成了障礙。
4.財務會計內部控制的約束力不強
事業單位財務會計內部控制遵照各項制度和規範，發揮其制約、監督、治理財務會計工作的作用，但這些內控制度，有時會受到單位領導及各種原因的干預，從而無法發揮其作用。這說明財務會計內部控制方法、方式還不夠靈活，不適應本單位，從而使事業單位內控制度的作用大打折扣，失去了應有的約束力。
三、實現事業單位的財務會計內部控制的措施
1.強化事業單位財務會計內部控制的意識
事業單位的管理層必須首先增強的財務會計內部控制的意識、轉變觀念，給內部控制的形成和發展提供良好的環境，才能領導財會人員實現內部控制。事業單位的領導人員要對財務會計工作高度負責，要求財會人員明確自己的責任，提供的所有會計信息必須準確有效
同時，還要及時梳理本單位的財務信息，保證財務信息的可控性。對有關財務會計內部控制的相關制度要嚴格執行，可以利用專題培訓或者宣傳教育等方法，提高財會人員對內部控制的理解和認識。
強化事業單位財務會計內部控制的意識，必須嚴格執行財會內部控制的相關制度法規，只有遵守了法律法規，才能約束財務會計工作人員的行爲並建立起內部控制的意識。這樣實施從思想到行動的一系列措施，才能保證財務會計工作人員遵守財務會計內部控制制。
2.調整事業單位財務會計內部控制管理體系
沒有完整的管理體系，事業單位財務會計內部控制無法進行，領導及財會工作人員無法明確自己的責任。因此，事業單位領導要不斷調整財務會計內部控制管理體系，發現問題及時修正，可以採取民主集中制原則解決財務管理的問題。同時，要加強財務業務記錄的管理，這是進行事業單位財務會計內部控制的基礎，也是財務會計內部控制的信息順暢的保證。可根據對事業單位財務信息的立體化管理，形成立體的會計信息管理體系，保證內部控制可以順利進行。調整事業單位財務會計內部控制管理體系，還要求提高內部會計信息的真實性，不斷完善財產安全控制體系，審計、監督體系，加強各部門之間的合作。
3.規範事業單位財務會計崗位設置
各事業單位要弄清根據自身的實際情況，瞭解每個財務崗位對人員的要求，合理的安排工作崗位。科學合理的設置財務會計崗位，有利於內部控制的展開，堅決杜絕與崗位專業不符人員，不允許“身兼數職”現象的發生。同時要加強對崗位的監督，明確崗位職責，形成完善的崗位機制。
4.完善事業單位的審計制度
當前，很多事業單位的審計工作只是流於形式，併爲落實到財務工作實際，對財務會計內部控制的監督作用沒有完全發揮大部分事業單位的審計制度不夠完善，必須要讓審計部門獨立出來，並設置專業的審計人員，嚴格遵守相關制度，使審計部門充分發揮監督作用，爲事業單位的財務會計內部控制的實施提供有效的制度保證。
四、結束語
事業單位財務會計內部控制被越來越多單位認同，內部控制對事業單位的有力影響日趨明顯，但事業單位財務會計內部控制工作涉及到本單位生產、管理、經營的各部門，需要各部門的通力配合，因此不僅是財務會計部門的工作變化，而是所有部門的一系列變革，所以事業單位要對財務會計內部控制作長遠規劃.