由於歷史的原因，我國的私人信用環境還不盡如人意，商業銀行的隱性擔保維繫着社會公衆日常的金融交易。同時，我國商業銀行事實上由國家財政提供隱性擔保，多次的不良資產剝離和注資正是這種隱性擔保關係的具體體現。因此，我國商業銀行的信用在一定意義上等同於國家信用。在這種特殊的信用環境裏，社會公衆認爲，在銀行櫃檯上銷售的所有金融產品，包括基金產品，特別是銀行參股控股的基金管理公司發行的基金產品，不言而喻地得到銀行乃至國家保證安全的承諾。當商業銀行基層員工被攤派推銷基金產品時，他們也很樂意突出銀行和基金之間的資本紐帶關係和隱性擔保關係，片面強調高收益，而相對忽視風險教育，從而助長客戶安全無憂的情緒。當基金出現風險時，輕則損害銀行客戶關係，重則迫使商業銀行承擔客戶的損失。這種情況在一些商業銀行銷售基金產品和信託產品時，已經得到印證。商業銀行設立基金管理公司，在某種程度上已經將基金管理公司的社會信譽和商業銀行緊密聯結在一起，因此，出於銀行整體信譽的考慮，商業銀行在扶持基金管理公司發展時，勢必有意無意地強化這種隱性擔保機制，因而使基金風險有機會跨市場地傳遞給自身。
2、流動性風險
對於基金管理公司而言，投資者認購的開放式基金的資本既不完全屬於權益資本，也不完全屬於債務資本，而是兼有兩者的特點，是一種混合型資本，因而存在流動性風險，甚至嚴重的擠贖風險。從理論上看，開放式基金的流動性取決於基金資產的流動性，基金資產的流動性往往受制於證券市場的流動性。在我國，由於證券市場藍籌股和績優股比較稀缺，同時股權割裂又造成三分之二的股票不能上市流通，使得基金投資可選擇性較差，基金持股高度雷同，因而出現許多基金重倉股。當整個市場出現系統性市場風險時，開放式基金就存在流動性支付的壓力，甚至遭遇非常嚴重的擠贖問題。當基金出現流動性問題時，首先需要商業銀行的融資支持，因而將流動性支付的壓力迅速傳遞給商業銀行。如果出現嚴重的擠贖風險，從資本紐帶角度看，救助基金的責任肯定會落在控股該家基金公司的商業銀行身上。
但是，流動性風險傳播的途徑還不僅僅只有這一條融資渠道。在基金託管和基金銷售不完全匹配的情況下，當證券市場出現大牛市或某些基金業績表現優異時，投資者的資產配置傾向於某些基金資產，基金銷售銀行的客戶存款將會單向流向基金託管銀行；當證券市場出現大熊市或某些基金業績表現低劣時，投資者撤出某些基金，將導致客戶存款反向流動，從而在客觀上給基金銷售銀行和基金託管銀行都會帶來流動性問題。
3、利率攀比風險
隨着利率市場化的推進，特別是存款利率上限的放開，基金收益率的波動將會引致資產組合的比價輪動效應，導致存款負債產品出現利率攀比風險。當基金收益率持續、顯著地高出存款利率一定空間時，社會公衆將會調整資產組合，促使存款持續地向基金轉化，而流動性壓力將會迫使商業銀行不斷地提高存款利率，以控制存款持續滑坡而產生的流動性缺口，最終的結果造成存貸利差不斷縮減，淨利息收入受到較大的負面影響。
從嚴格意義上講，上述三種風險並不是因爲商業銀行設立基金管理公司才導致出現的跨市場風險，而是隻要基金產品存在，具備足夠的規模，並與商業銀行發生密切的業務聯繫（比如融資、基金銷售等），就可能出現上述三種跨市場風險。但是，商業銀行設立基金管理公司，在相當程度上強化了隱性擔保機制，增加了跨市場風險傳遞的可能性。 二、控制跨市場風險的主要對策 從世界各國（地區）銀行綜合化經營的實踐看，即使商業銀行不直接設立基金管理公司或不直接發行基金產品，跨市場風險也無法完全避免。因此，對跨市場風險，不能簡單地堵截，而重在疏導、預防和控制。