一、資產減值準備的審計
八項資產減值準備審計的難點之一，是計提的恰當性，特別是鮮有市場參考價值的固定資產減值準備、在建工程減值準備和無形資產減值準備。計提資產減值準備是爲了擠幹“水分”，避免公司一方面存在大量的不良資產甚至潛虧，另一方面報表上又體現可觀的利潤。但除了壞賬準備計提外，其餘七項資產減值準備計提並無明確標準，大部分看起來似乎比較“靈活”，所以審計既要關注計提的充分性，又要關注是否存在計提祕密準備，通過資產減值準備來調節利潤的現象。審計時比較理想的方法是進行資產評估，其結果作爲判斷資產質量的重要依據；其次是分析公司計提的方法、程序，取得公司相關的資產管理部門出具的資產質量狀況的說明，對短期投資、長期股權投資等可向被投資單位函證。同時，對於有形資產，審計人員應親臨資產存放現場觀察、判斷其價值。如固定資產減值準備審計時應到生產車間現場觀察設備的使用情況，如果存在封存、停用1年以上、經常出廢品等情況，就可以考慮全額計提減值準備。
難點之二，是原計提的減值準備轉回處理的合理性。原《股份有限公司會計制度》規定的老四項資產減值準備已步入第三個年頭了，如果轉回計入當期損益無可厚非；但根據《企業會計制度》規定的第四項資產減值準備，如果轉回計入當期損益就不應該了。但目前已經有上市公司利用今年新增的四項資產減值準備來增加本年度的利潤，有的公司在中期計提了固定資產減值準備，隨着該批固定資產在下半年的處置，原計提並進行追溯調整的固定資產減值準備相應作了轉回，計入了當年損益，結果是利用追溯調整將以前年度的利潤轉入了今年反映。雖然根據制度規定，公司的這種處理並無錯誤，但就合理性而言，筆者認爲審計時應站在年度終了看問題，採用“老準備轉回可以計入當期損益，新準備轉回更正原追溯調整金額”的方法。對首次採用追溯調整法計提的資產減值準備，若在當年相應的資產處置時應更正原追溯調整金額，以防止公司通過追溯調整調節利潤。
二、委託理財事項的審計
上市公司委託理財，一般會與受託方簽訂委託理財協議，規定委託理財的時間、金額、收益的分成或虧損的承擔方法。註冊會計師審計的難點首先是委託理財的合法性，特別是非券商的其它投資公司，上市公司將委託資金交給對方後更難知道實際運用情況。有的券商違規操作，往往將委託理財的公司也牽連進去。所以審計時應重點關注協議中是否明確規定了委託資金在受託方特別是券商實際使用的賬戶賬號。如果規定了賬號，一般券商不會利用上市公司的委託理財資金進行協議規定以外的操作；如果未規定賬號，券商就有了靈活性，很有可能進行協議規定以外的操作。在明確協議有關內容的規定後，應取得受託方資金使用的全部對賬單，同時向受託方函證，主要請對方證明是否按協議規定使用資金，這對於非券商的其它投資公司是非常重要的外部證據。其次，由於受市場行情等多種因素的影響，上市公司的委託理財資金並不一定全部能如期迴歸，判斷其可收回性成了註冊會計師審計的另一個難點。此時利用常規的審計方法，諸如函證等並不能起到好的效果，因爲有的受託方每次函證都如期回函確認，但就是無力歸還，所以專業判斷就顯得相當重要。判斷前應先查閱董事會決議等有關資料，查清楚該項委託理財是否經過適當的授權批准，對方有無財產抵押。一般而言，如果未經授權批准，僅是某些甚至某個人的決定，對方又無財產抵押的話，其可收回性就會大打折扣。
三、特殊存貨的存在性和價值審計
有的'上市公司存貨由於性質特殊，在確定其存在性和價值時相當困難，無法通過監盤、觀察等常規的審計方法來實現審計目標。比如“藍田股份”的水下養殖業，註冊會計師無法到湖裏面去實地藍盤；醫藥企業的產品由於其技術含量比較高，有些開發的新產品剛面市時毛利高得令人無法想象。註冊會計師在不具備這種專業知識的前提下，難以判斷其價值。
對於無法實地監盤的存貨，要確定其存在性有兩種方法，一是進行分析性複覈。如有的公司存貨主要是存放於水下的木材，可以分析河面的面積、水的深度，從而計算出存放木材的河段的容積，最後考慮賬面木材的體積是否和河段的容積及其存放量相匹配。在進行靜態分析的同時，我們還可以對公司期後的生產情況進行動態分析，以期後的一定生產量證實資產負債表日存貨的存在性，方法是取得車間甚至班組的生產記錄，追查到倉庫的入庫記錄和銷售的出庫記錄。另一種方法是審計時先對無法實地監盤的存貨予以保留，待證實原賬面記錄無誤後再消除該保留意見。如新太科技（原遠洋漁業）原來的主業是遠洋捕撈，因爲報告期末船隻在外海作業，註冊會計師無法實施監盤，被連續五年出具保留意見。但公司報告期末組織所有船隻自己進行盤點，並經相關管理部門審覈，待次年船隻回港期間組織全面檢查，並委託註冊會計師共同複驗上年末船存存貨盤點的正確性，註冊會計師複驗無誤後消除原保留意見，該處理方法得到證監會的認可。
對存貨價值的判斷，常規的方法是取得資產負債表日前後的銷售價格，從而對結餘的存貨價值作出判斷。但對停留在生產過程中的在產品，特別是某些科技含量較高的半成品，由於不直接對外銷售，即使知道了數量也難以判斷其價值。方法之一是進行期後測試，從期後生產的產品價值來證明資產負債表日在產品的價值；方法之二是對在產品餘額分類作分析性複覈，看是否有異常波動。
四、合併範圍內關聯方往來計提壞賬準備的審計
根據《企業會計制度》規定，我認爲，關聯方往來不能不提也不能全額計提壞賬準備，應該區別對待。正常經營形成的往來應該計提；而對募集資金投入形成的應收項日子公司的往來可以不計提。理由之一，後者實際性質不是往來款，正常情況是有往無來的，因爲募集資金投入最終形成的是資產；理由之二，隨着募集資金的不斷投入，往來金額越來越大，賬齡也會越宋越長，如果計提壞賬準備，特別是按賬齡分析法計提，會嚴重歪曲公司真實的財務狀況。因此，我們可以在審計報告中以解釋性說明段的形式說明其合理性。
五、高毛利業務收入的真實性審計
財務虛假的上市公司往往離不開收入造假，有的公司部分業務交易次數很少，甚至是全年只有一次交易，或者交易對象很少，高度集中於某些客戶。如果該項業務毛利特別高，儘管有現金流、公司也計繳了相關稅金，我認爲只要公司不將毛利高的原因解釋清楚就有必要在審計報告中反映。審計時要取得公司銷售合同、產品出庫記錄、銷售記錄；條件允許的還應取得購買單位的入庫記錄、銷售記錄或銷售合同。儘管公司的處理具有完備的手續，但如果業務本身並沒有多少科技含量，公司又是生產性企業的話，我認爲，超過30%的毛利就應該合理懷疑收入來源的合法性。處理的方法，因爲公司不願意在審計報告中披露此類問題，而註冊會計師堅持在審計報告中反映，協商的結果往往是公司同意調整賬務。
六、關聯方的審計
關聯方的審計難點在於關聯方的認定和關聯交易非關聯化。關聯方的認定必須進行公司組織結構（外部結構）調研，目的在於確定公司的“終極股東”。審計時最可靠的手段是向公司的主管工商部門進行了解，除了解營業執照的年檢情況外，還應包括公司的驗資報告、股權轉讓的備案登記資料等，同時還應查覈股東、特別是控股股東的工商登記資料，從而可以把企業完整的組織結構圖給畫出來了，瞭解企業的實際控制權在誰手裏。做這些工作也可以藉助律師的工作。確定關聯交易是否進行了非關聯化，關鍵是查清交易中的“關鍵控制人”。有時候“關鍵控制人”並不一定是“終極股東”，而是那些名義上沒有控制，但實際有控制權的法人和自然人，如國有股股東的上級行政主管部門和炒作上市公司的“莊家”。比方說，某上市公司與一家公司進行交易，表面上兩家無關聯關係，但實際上兩家屬同一行政主管部門領導，在主管部門的行政干預下，上市公司纔不得不與那家公司進行了交易，其公允性則令人懷疑。審計中若發現交易的獲利水平明顯與市場情況不符，則一定要請公司配合查清對方的主管部門。再比如，兩家上市公司進行交易，表面上也發現不了他們有關聯關係，但實際上，兩家公司的股票都受同一“莊家”控制，“莊家”同時操縱着這兩家公司，進行此項交易的目的只是爲了方便“莊家”的炒作。杜絕非公允關聯交易，應與打擊莊家操縱並舉。