一、理論體系和臨牀實踐
蒙醫藥是一門科學，也是多年來通過科學論證和臨牀實踐相結合而組成的，首先在理論上有其獨特性，蒙醫的主體理論、赫依、希日、巴達幹即概論了陰陽五行學說，也有氣熱寒之說。通過這一理論去辯證論證，用有多年的臨牀實踐和經驗。蒙醫蒙藥確實有很好的臨牀效果。幾千年來，蒙醫學是蒙古族人民在歷史創造的醫學學科，是博大精深、豐富多彩的中國傳統醫學的組成部分，中國有56個民族，各個民族在歷史上都有自己的醫學創造和醫學貢獻。以漢文化爲背景的中醫學，一直是中國古代社會的主流醫學，至今仍然是中國傳統醫學的當然代表。而以蒙醫學同樣爲各民族的繁衍發展做出了重大貢獻並正在面向全國，走向世界。蒙古族諺語說：“病始於消化不良，藥始於開水。”這句話看起來非常簡單，卻道出了一切傳統醫學創造發展的真理，成爲學習理解一切傳統醫學的鑰匙。醫學是人類與生俱來，至死方休的生命探索。它從呻吟中誕生，從痛苦中創造，從實踐中積累，從繼承中發展。經歷了漫長的歲月，檢閱了無數的生命現象，動員了當時最先進的哲學思維和科技手段。一步步地摸索人體生老病死的規律。傳統蒙醫學是蒙古族人民長期生活在北方，寒冷、潮溼、風雪的自然環境，狩獵、放牧、逐水草而居的馬背生活，面對寒症、骨傷、胃腸疾患等常見病、多發病，利用飲食、艾灸、草藥等便廉的防治方法。這一切都是蒙醫學形成的土壤和基礎。
公元13世紀蒙古民族崛起於世界的'東方，成吉思汗在統一了蒙古地區之後，東討西征，建立了橫跨亞歐的大帝國。爲東西方文化的交流和融合創造了十分有利的條件，從遼、金、南、宋到西亞、阿拉伯半島、中醫學、契丹醫學、回回醫學和古印度醫學、阿拉伯醫學、古希臘醫學、自然地交會在一起。
積極引進、兼收幷蓄爲蒙醫藥注入新的活力，從此蒙醫藥在人民長期實踐取得豐富經驗的基礎上，全面吸收其它醫學以陰陽五行學中心的“三根、七素”理論，又經老一輩蒙醫學家聯繫實際發展創新形成了相對完整的蒙醫學體系。著名蒙醫學家伊希巴拉珠爾的名著《四部醫曲》、《甘露之泉》等系列著作，系統的生理、病理、診斷、治療原則和方法，驗方等從理論上做了精闢的論述。特別是對寒症的理論和對“六基症”的全面論證，補前人之不足，發前人所不發，對蒙醫學理論體系的奠定了重要的作用。由此可見，蒙醫學體系具有一定特點，是從人與自然和諧統一和人體內環境的穩態平衡爲生理、病理基礎。而以人的常見病、多發病爲防治對象的別具一格的臨牀醫學。這是世界文化交流史上兼收幷蓄、繼承創新的範例。今天蒙醫蒙藥在黨的民族政策指引下，蒙醫、西醫、中醫等少數民族醫取長補短，共同發展開始進入現代化生產和國家醫療保險目錄，爲人民健康做出了新的貢獻。
二、特殊優勢
正像任何一門科學一樣，蒙醫學的生命在於創新，首先不能忘記來於甘露之泉，能保持新鮮的生命力。在全面繼承的基礎上，堅持發揚自己的特色和優勢，爲了更好地爲人民健康服務，也充分發揮蒙醫藥在臨牀治療疑難病症中具有的獨特之處。
首先對病毒感染性疾病，即呼吸道感染、腸道感染、甲乙型肝炎、心腦血管（薩病）病有它特有的優勢，藥無副作用，可利用蒙醫蒙藥，簡、便、廉，顯效快的優勢，全面靈活的治療各個臟器，能辯證地對人體生命過程進行綜合的動態觀察、治療，其蒙醫的傳統療術對於一些疾病有顯著的奇效，蒙醫的蒙古鍼灸、甘露藥浴、浸泡、酸奶療法具有降脂降血壓，震療以震動刺激治療腦、肝、腎、子宮等臟器治療放血、治療熱性疾患，具有“引病外除”的功效，並且通過多年的總結，用現代結合療效神奇並用蒙藥內服外功，可以得益樣的療效。
除了上述蒙醫傳統療的治療作用，還有調理改善組織營養，增加機體修復，代償，適應能力增強和自身生理調節機制等作用。
世界上一切高水平的傳統醫學都有一個顯著的特點，就是對人體生命的整體觀察和積極調整。同時注意天然藥物的應用和心靈手巧的技藝，這是傳統醫學的精華所在。我們要在這基礎上發揚廣大。