內部審計是審計監督體系的重要組成部分，它是隨着企業規模擴大，內部管理科學化而形成和發展起來的。在現代企業制度下，我們應重新認識內部審計的職能，建立與其職能相適應的內部審計機構，從而建立起符合現代企業制度要求的內部審計制度。
一、內部審計的職能
內部審計是企業內部控制的一個重要組成部分，其目的應是加強企業內部管理，協助管理者有效地履行其受託責任，監督企業內部各部門受託責任的履行情況。
目前我國的內部審計一般集中在財務領域，工作對象主要爲會計憑證、賬簿、報表及相關的資料，關注的是這些財務數據的真實性和合法性，而沒有充分關注企業的內部管理活動。這樣，內部審計主要職能就是查錯防弊，對企業總體的內部控制制度難以做出系統的評價，無法發現企業潛在的風險，從而無法對管理當局提出有益的管理建議。
隨着現代企業制度的建立，外部制約機制的加強，企業內部管理水平提高和會計工作手段的改進，賬目中的錯誤和舞弊將會逐漸減少，內部審計不應再侷限於“查錯防弊”，保證會計報表質量，而是對包括財務活動在內的所有管理活動進行監督，對企業管理活動做出分析、評價並提出管理建議，從而有利於企業建立起更加安全有效的內部控制制度。另外內部審計可以對企業的採購計劃、生產計劃、投資計劃的可行性進行事前審覈，對其執行進行事中控制，以便可以及時發現每個環節中存在的問題，降低風險。
二、內部審計機構的設置
科學、有效的內部審計組織機構是內部審計發揮作用的保障，在設置內部審計機構時，應體現出審計的兩個基本特徵：
1、獨立性，即內部審計機構應獨立行使審計職權，不受股東、總經理、其他職能部門和個人的干預，以體現審計的客觀性和公正性。
2、權威性，這是內部審計能有效發揮作用的又一關鍵因素，體現在內部審計機構的組織地位和設置層次上。內部審計機構的組織地位越高，權威性就越大，內審的作用發揮的就越充分。
目前世界各國內部審計部門的設置大體有三種類型：受本單位總會計師或主管財務的副總裁的領導；受本單位總裁或總經理領導；受本單位董事會領導。我國目前的內部審計部門一般由本部門、本單位的主要負責人領導。
從審計的獨立性和權威性來講，受本單位董事會領導應是最佳模式。西方國家一般在董事會內設審計委員會（必設的專業委員會之一），一方面對公司的管理層履行監督職能，另一方面對董事會有一定的牽制作用，而企業的`內部審計機構隸屬屬於審計委員會，獨立於管理當局，總經理及公司的全部經營管理活動都需要接受審計，內部審計直接向審計委員會報告工作。這種模式使內部審計具有較強的獨立性和權威性，更易發揮審計在管理控制中的作用。
中國證監會公佈的《上市公司治理準則》中提出要在上市公司的董事會中設立審計委員會，但按我國現行的《公司法》規定，上市公司必須設立股東會、董事會與監事會。監事會是專門的監督機構，受股東大會的委託，代表股東利益，對董事和經理行使監督職能，以形成對董事會和經理層的制衡，這樣就出現審計委員會和監事會兩個監督機構並存的局面。筆者認爲，在現行的監事會制度下，應將審計委員會設置在監事會下，專門行使審計監督職能，負責上市公司有關財務信息披露和內外部審計及內部控制制度的規範和監督。而在經營管理系統內設置內部審計機構，獨立於其他職能部門。內部審計機構受審計委員會和總經理雙重領導，向其負責並報告工作。這種內審組織機構模式，有利於現代企業制度下內審職能的發揮。
由於內部審計機構向審計委員會負責並報告工作，使其具有較高的獨立性和權威性，可以充分發揮其監督職能，根據需要對公司的所有生產經營活動進行審計，能夠隨時監督企業的經營管理活動，從而有利於保證財務信息質量和健全內部控制制度。從內部審計發展趨勢看，其功能應擴展到評價、鑑證和建設性功能，由於內部審計機構要向總經理負責並報告工作，而總經理是企業的管理者，有利於發揮其管理職能，更好地爲改善經營管理，提高經濟效益服務。
三、內部審計機構的人員
爲保證內部審計機構可以切實發揮其監督職能和管理職能，內部審計人員必須保持獨立性和具備相應的專業勝任能力。
首先必須建立獨立性的審計委員會，審計委員會要有外部人員參加（作爲獨立監事），且至少有一名獨立監事是會計專業人士，這樣才能爲會計報表的質量提供合理的保證。另外內部審計人員的構成，不僅要有精通會計、審計知識的專業人員，而且還要有通曉法律、管理和市場營銷等知識的專業人才，選擇有豐富經驗和較高業務水平的人員加入內部審計機構，使內審機構發揮更大的作用。
除此之外，可以考慮聘用CPA擔任內部審計人員。CPA經過專業考試，受過正規的訓練，具有較強的觀察能力和分析、判斷能力，他們可以接受企業的委託，爲其提供一種專業服務。由於CPA具有超然獨立性和客觀性，他們可以利用其豐富的專業知識和實踐經驗審查財務會計事項，分析企業整個經營過程，充分了解企業經營管理的情況，向公司提供改進管理的建議，使其建立起有效的內部控制制度，而且還可以幫助企業防範經營風險和財務風險。
四、建立合理的管理體制
爲推動我國內部審計的發展，應建立起法律約束和行業自律相結合的管理體制。
一方面應儘快制定有關內部審計的相關法律，在此基礎上制定內部審計準則及規章制度，建立內部審計師資格考試製度。這樣從法律上對內部審計人員的資格條件及執業行爲做出要求，有利於內部審計人員素質的提高，同時也使內部審計工作質量具有權威性的評價標準。只有相關的法律制度健全了，內部審計才能順利發展。
另一方面，應建立全國性的內部審計師協會，對內部審計機構和內部審計人員進行行業自律管理，進行考覈和培訓，指導和監督內部審計工作的展開，從而建立起與現代企業制度相適應的內部審計制度。