瀋陽藥科大學工商管理學院始建於1981年8月20日，其前身為瀋陽藥科大學制藥系醫藥企業管理教研室。從事的主要教學工作是醫藥企業管理幹部專修班教育和短期培訓工作。從20世紀80年代初開始先後招收三期幹部專修班，學制二年。同時承擔學校藥學類專業有關管理方面的教學任務。1987年成立企業管理系，同年開始招收企業管理專業全日制本科生，年招生人數30人，同時，繼續承擔學校藥學類專業學生的管理類課程的教學任務。1995年10月6日正式組建工商管理學院，是學校成立最早的二級分院。學院的建立標誌着工商管理學院的發展進入了一個新的階段。
經過多年的建設發展，學院的辦學規模不斷擴大，辦學層次和質量不斷提高。本科生教育由建系初期的一個專業發展到四個專業，即工商管理、市場營銷、國際經濟與貿易和藥事管理專業。學院所設的四個本科專業均為我國醫藥經濟和醫藥管理所急需的熱門專業，是集藥學、經濟學與管理學為一體的具有鮮明特色的應用型專業。
學院從1994年開始招收藥事管理碩士研究生（掛靠藥劑學科）。2001年正式設立全國第一個企業管理碩士點，同年開始招收企業管理碩士研究生。2004年又增設了藥事管理碩士點，並於2005年開始招生。於2000年設立了當時全國唯一一個藥學一級學科下的藥事管理方向博士點並開始招生，我院培養出了國內第一個藥事管理學方向的博士研究生。2004年經國務院學位辦批准，藥事管理學科成為自主備案的二級學科。
目前，學院已經形成了完整的藥事管理學本、碩、博層次的教育體系。許多醫藥企事業單位的管理人員來我院攻讀碩士、博士學位。藥事管理學研究生課程進修班也在蓬勃發展，我院先後在北京、哈爾濱、大連、西安、深圳、蚌埠等地開辦多個藥事管理學研究生課程進修班，已有近百位學員獲得了藥事管理學碩士學位，近40人獲得了藥事管理博士學位。學院現有在校生1100餘人，其中，在讀博士研究生30餘人、碩士研究生近100人、本科生近1000人。
多年來，學院非常重視對現有師資的培養和提高，有20%的教師被選送到國內外名牌大學進修學習。教師從事教學和科研的能力和水平普遍提升。目前，學院現有教職員工35人。其中，有博士學位的14人，在讀博士6人，有碩士學位的11人，碩士以上學位教師佔教師總數的97%。現有教授4人，兼職教授6人，副教授13人。博士生研究生導師10人，碩士生研究生導師19人。
學院現設有工商管理、市場營銷、國際經濟與貿易和管理信息四個教研室。2008年，投資100餘萬元建設了國內第一個中央與地方共建高校優勢特色學科實驗室--藥事管理綜合模擬實驗室。該實驗室的建設為藥事管理學科教學方式的轉變和教學質量的提高發揮了重要作用。
今天的學院學科積澱更加厚重，教學科研能力不斷增強。近三年來，學院教師刻苦努力、潛心鑽研，先後承擔國家及省、市級研究課題40餘項，在各類學術期刊或學術會議上發表論文300餘篇，出版專著和教材近50餘部。“藥事管理與法規”和“醫藥電子商務”已經發展成為省級精品課，醫藥工商管理本科專業成為省級示範性專業，醫藥市場營銷本科專業成為省級特色專業，學院的學科建設水平不斷上新的台階。
近30年來，學院為社會輸送了大批有一定理論水平和實踐能力的人才。已從工商管理學院畢業的本科學生2000多名，碩士研究生200多名，博士研究生近40名。他們在醫藥各個領域都發揮着重要作用。
經過幾代人近三十年的艱苦創業和勤奮耕耘，學院的綜合實力不斷增強。目前學院正根據學校的總體發展規劃，以學科建設為主線，以教學改革為核心，以人才培養為根本任務，改革創新，紮實工作，為把學院建設成為具有鮮明特色和競爭實力的、居國內同類學科前列的開放型、教學科研型學院而奮鬥。
