一、培養目標
二、研究方向
1、化學工程與管理 2、分析技術與質量管理 3、材料化學與工程 4、製藥技術與管理 5、精細化工技術
三、培養方式和學習年限
採取“進校不離崗”的在職學習方式，利用雙休日和集中學習相結合方法學習。並由學院與研究生所在單位各委派指導教師負責培養和指導。論文的選題應直接來源於生產實際或具有明顯的生產背景與應用價值。 學習年限從入學到獲得學位一般為2年半左右。
四、學位論文
學生在規定年限之內修滿規定學分，成績合格，完成學位論文(論文形式可以是工程項目技術報告、關鍵技術的研究論文、工程項目管理成就等)並通過南京大學組織的答辯，經校學位委員會審核批准後，授予化學工程碩士學位證書。
攻讀工程碩士學位的研究生，應獲專業課程學分不少於24，共計32學分。
五、課程設置
公共課：政治 2學分;英語 3學分
公共專業基礎(以下每門3學分，任選6門 18學分)
高等無機化學 現代有機合成 高等分析化學 化學信息與檢索
計算機化學 現代化工技術 管理學導論
專業課(以下專業方向課每門3學分，任選2門 6學分)
化學工程與管理、分離技術、工業催化、潔淨生產與綠色化學、材料化學、化工過程計算機模擬、現代分析技術與質量管理、色譜技術、光譜技術、在線分析與質量控制、電化學分析基礎、材料化學與工程、功能材料、納米材料與結構、高分子材料加工與應用、高分子材料化學與物理、製藥技術與管理、天然產物化學、藥物製劑新技術、藥物分析、組合化學、精細化工技術、分離技術、手性合成、精細化工過程與設備
必修環節
1、文獻綜述與選題報告 1學分(考查)
要求在查閲一定數量文獻資料的基礎上，寫出不少於6千字的書面報告，內容包括文獻綜述與選題報告兩部分。考核成績含書面報告和口頭報告成績兩部分。
2、中期彙報 1學分(考查)
選題報告通過後，在論文工作的中間階段，就所研究課題在一定範圍內作學術彙報一次。