國有資產監督管理委員會的建立對國有資產管理模式及國有企業監管模式將產生深刻的影響。在國有企業中全面引入獨立董事制（國有控股公司已按中國證監會的要求引入獨立董事制度，本文主要針對非上市國有企業）以健全董事會制度、完善公司治理結構的思路已引起理論界和實務界的廣泛重視。獨立董事制與財務總監委派制這兩種外部監督機制究竟有何區別與聯繫，是實行獨立董事制和財務總監製雙軌制運行，還是二者選其一？筆者認為，在國有企業實行獨立董事制和財務總監製雙軌制運行是必要的，也是可行的。
一、獨立在事制與財務總監製雙軌制運行的必要性
首先，財務總監製與獨立董事制有着密切聯繫：（1）他們都起源於西方；（2）都產生於因兩權分離所導致財務監督機制鬆懈、會計信息失真、“內部人控制”及大股東控股的背景下；（3）都來自企業外部，獨立於經營者，代表所有者對經營者實施監督，屬所有者監督範疇；（4）二者往往都是董事會成員或共同參加董事會會議；（5）都是一種低成本的監督方式。
同時，我們也應看到獨立董事制和財務總監製存在如下差別：（1）財務總監更多的是考慮大股東利益，獨立董事更多考慮中小股東利益；（2）財務總監對委派機關或董事會負責，獨立董事對全體股東負責；（3）財務總監獨立於經營者，獨立董事獨立於大股東、經營者和相關利益者，獨立性更高；（4）財務總監作為委派人員行使參與權、監控權、審核權、制止權、報告權、建議權等，獨立董事作為特殊的董事會成員具有決策權、控制權、監督權、審核權、否決權、提名權、信息披露權等；（5）獨立董事陳擁有董事一般職權外，對重大關聯交易、聘用或解聘會計師事務所、提請召開股東大會或董事會還有特別職權，在公司董事提名、任免、董事及高級管理人員的薪酬、重大資金往來等事務還需發表獨立意見，財務總監的職權行使主要是監督國有資產營運、重大投資決策和審查會計報表，對重大財務收支與經營活動實行與總經理聯籤制等；（6）獨立董事在公司的發展戰略、績效管理、資源調配、關鍵性任命等重大問題的影響力較財務總監大；（7）財務總監在公司權力層次中往往處於董事會與經營者之間，監督對象主要是經營者，獨立董事在公司權力層次中介於股東大會和董事會之間，承擔着監督董事會和經營者的職責；（8）財務總監是全職人員，獨立董事是兼職人員，主要通過多渠道獲取信息、參加董事會會議、提議或聘請外部審計機構、發表獨立意見等方式工作，投入的精力和工作時間遠遠少於財務總監。
由此可見，獨立董事制與財務總監製並不相互排斥，他們具有各自的特點和優勢。如果財務總監積極支持配合獨立董事，可充分發揮他們在監督職能上的合力，增強監管的威懾力，有效懲處違法違規行為。
其次，獨立董事制與財務總監製雙軌制運行可在一定程度上彌補各自的缺陷，有效發揮其職能。獨立董事制的弊端主要表現在：獨立董事多是兼職人員，投入的時間和精力有限，可能影響對管理層的有效監督；獨立董事薪酬不高且多事先約定，這會使他們缺少參與公司經營與決策的源動力，而如果將其報酬與公司業績掛鈎，又難以保證其監督的獨立性。財務總監製的缺陷主要表現在：財務總監只有1人，經營者勾結財務總監共同作弊的成本不高；財務總監的職責較多，而人力有限，且沒有獨立董事所擁有的特別職權等。因此，獨立董事需要財務總監的信息，財務總監需要獨立董事的支持，雙軌制運行可在一定程度上彌補各自的缺陷，更有效地發揮其監督職能。
第三，從完善公司治理結構看，二者不能互相取代。獨立董事進入董事會有助於增強董事會的獨立性，弱化內部人控制，發揮董事會的監督職能；委派財務總監可在一定程度上彌補監事會監督功能的弱化狀況，有效加強所有者財務監督。獨立董事制度和財務總監委派制是完善國有企業公司治理結構的有效途徑，二者在治理結構中不存在本質的利害衝突，獨立董事制的出現，不能也不應取代財務總監委派制。