近年來，隨着我國教育事業的發展，高校的基本建設投資不斷增加，建設規模不斷擴大。爲加強建設工程管理，提高資金使用效益，根據《審計署關於內部審計工作的規定》(審計署令第 4 號)、《教育系統內部審計工作規定》(教育部令第 17 號)，2007 年《教育部關於加強和規範建設工程項目全過程審計的意見》(教財〔2007〕29號)(以下簡稱教育部29號文)出臺，進一步加強和規範了教育系統建設工程的全過程審計，促進了高校建設工程全過程審計工作的開展，提高了高校建設工程項目的效益。但與此同時，高校建設工程全過程審計實踐過程中還出現了不少問題，如何應對和解決這些問題是高校建設工程全過程審計進一步發展必須研究的課題。
一、當前高校建設工程全過程審計的現狀及存在的問題
教育部 29 號文出臺以來，各地高校紛紛制定具體的全過程審計實施辦法，高校建設工程全過程審計廣泛開展起來，但各高校在全過程審計實踐中的具體做法不盡相同，也或多或少地遇到一些問題。
(一)審計介入點不同
教育部 29 號文指出，對“大中型建設工程應實施全過程審計;也可根據重要性和成本效益原則，結合內部情況，對大中型建設工程項目部分階段或環節進行全過程審計。”實際上，各高校基本都從自己學校實際情況出發，選擇不同的介入點開始審計。有的從工程量清單編制審覈介入，有的從施工單位招標開始介入，有的從工程施工開始介入，不一而足。從投資估算開始介入，對大中型建設工程項目的全部內容進行全過程審計的高校極少。
(二)審計範圍不同
教育部 29 號文指出，“對建設工程項目實施全過程審計的內容包括對建設項目投資估算、勘察設計概算、施工預算、竣工結算、財務決算等各階段經濟管理活動的檢查和評價。”“對建設工程項目從投資立項到竣工交付使用各階段經濟管理活動的真實、合法、效益進行監督、控制和評價。”這爲全過程審計指明瞭大概的範圍和內容。曹慧明(2009)認爲全過程審計的內容主要有11個方面：(1)工程審批程序審計;(2)設計審計，包括初步設計審計、施工圖設計審計和設計變更審計;(3)工程量清單編制審計;(4)工程招標投標審計，包括招標檔案和招標程序審計;(5)工程合同審計，包括合同簽訂前對合同條款的審覈把關和合同執行審計;(6)拆遷審計;(7)內部控制制度審計;(8)工程物資採購審計;(9)隱蔽工程審計;(10)額外工程審計;(11)工程進度審計，即定期對工程量清單執行情況進行審計。由於審計介入點不同和具體審計方案不同，各高校的全過程審計基本都沒有完全涵蓋以上內容，換言之，審計範圍是不同的。
(三)審計深度不同
所謂審計深度，是指對審計事項的審計細緻程度。比如工程量清單編制審計，有的高校是全過程審計方和建設主管方委託的清單編制單位背靠背編制清單，然後將兩份清單進行比對，在此基礎上出具審計報告;有的高校沒有安排全過程審計方編制工程量清單，只是直接對建設主管方提供的工程量清單進行審覈。兩者效果必然不同。再如，對工程變更聯繫單的審計，是對所有工程變更聯繫單都進行審計，還是隻選擇金額比較大的`進行審計，金額大小的劃分界限是多少，這種審計深度問題貫穿於全過程審計的整個過程，對審計效果有着重要影響。
(四)審計方不同
目前，高校工程審計專業人才緊缺是一個普遍現象，因此，很多高校都是委託社會上的工程造價諮詢公司(以下簡稱“事務所”)進行全過程審計。代表學校進行委託全過程審計業務的部門一般是高校內審部門(審計處)。而有的高校是建設主管部門(一般是基建處)既代表學校進行工程建設管理，同時又代表學校委託事務所對所管理的建設工程項目進行全過程審計。還有的高校的情況是，建設主管部門委託一家事務所進行工程造價控制諮詢，內部審計部門委託一家事務所進行全過程審計。另外，各高校與事務所所籤的審計合同不同，導致學校及代表學校委託審計業務的部門與事務所的合同關係具體內容不同，即甲乙方權責界定不同，這些對全過程審計工作的開展及審計質量都會產生直接的影響。
(五)審計方與建設管理部門權責範圍不同
教育部 29 號文對全過程審計的定位爲“監督、控制和評價”。這一點在理論上鮮有爭議。但在全過程審計實踐中，經常出現的審計越位、錯位、缺位現象表明，對這一審計定位的把握是一個難點。有些項目中，審計方在每一個工程管理環節都需要簽字認可，沒有審計負責人簽字同意，工程量確認無效;沒有審計負責人簽字同意，不能進行工程變更;沒有審計負責人簽字同意，不能支付工程款。還有一些項目中，審計方只是針對同一建設工程項目的不同階段進行結算審計，將原本要在建設工程全部竣工後一次性做的結算審計分批提前做掉而已。這兩種情況的截然不同反映出不同高校建設工程項目的全過程審計中，審計方與建設管理部門的權責範圍是不盡相同的。前者存在明顯的越位、錯位現象，而後者在嚴格意義上不能稱之爲全過程審計。
二、高校建設工程全過程審計存在問題的原因分析
問題是內部原因的外在表現。高校建設工程項目全過程審計實踐中遇到和表現出來的問題主要是以下幾方面原因導致的。
(一) 高校建設工程項目全過程審計處於探索期
20 世紀 90 年代末，我國審計工作開始重視建設工程項目跟蹤審計。1999 年 2 月《國務院辦公廳關於加強基礎設施工程管理質量的通知》(國辦發〔1999〕16 號)中， “對重大項目要進行專項審計和跟蹤審計”的要求首次被提出。2001 年審計署發佈的《審計機關國家建設項目審計準則》第二十三條規定：“對財政性資金投入較大或者關係國計民生的國家建設項目，審計機關可以對其前期準備、建設實施、竣工投產的全過程進行跟蹤審計。”首次用到“全過程”的提法。
2003 年中國內部審計協會發布的《內部審計實務指南第 1 號——建設項目內部審計》指出，在開展建設項目內部審計時，應考慮成本效益原則，結合本組織內部審計資源和實際情況，既可以進行項目全過程審計，也可以進行項目部分環節的專項審計。首次用到“全過程審計”的提法。
2007 年教育部 29 號文是教育系統首次發佈的關於建設工程項目全過程審計的政策性檔案，也是高校建設工程全過程審計工作蓬勃發展的直接動因。由此可見，全過程審計，尤其是高校建設工程全過程審計在我國是一項比較新的工作方式，無論是理論層面還是實踐層面都處於探索期，因此，還需要一段時間來進行發展和完善。這就意味着，一方面，高校建設工程項目全過程審計的不成熟性是其目前和今後一段時期的自然特徵，並在實踐中表現出這樣或那樣的問題;另一方面，作爲審計工作者，我們需要在實踐中不斷探索高校建設工程全過程審計的合理發展路徑，並積極去完善它。
目前，高校建設工程項目全過程審計的不成熟性表現在：
(1)沒有成熟的套路。目前沒有一種大致的成熟的套路可以參考或者複製，各高校的具體做法不一，效果殊異。
(2)相關制度不夠細緻完善。比如，關於全過程審計的理論研究認爲應從工程立項開始介入審計，但在實踐中，這一點很難做到。高校內部審計的現狀是重要原因之一。
(3)相關文字沒有規範性的範本。比如全過程審計委託合同應該是對全過程審計職責範圍的契約界定，但沒有像《施工合同範本》(通用條款和專用條款詳細準確)這樣的文字可供參考，各高校的全過程審計委託合同內容不同，格式不一，這與各自對全過程審計相關概念的理解不同及具體做法不同有關，以致不同高校間的做法大相徑庭。