醫師資格考試的'合格線由衛生部醫師資格考試委員會確定，並於每年的12月間向社會公告。2015年臨牀執業助理醫師資格考試醫學綜合筆試合格分數線尚未公佈，請參考2014年臨牀執業助理醫師資格考試醫學綜合筆試合格分數線。2014年臨牀執業助理醫師資格考試醫學綜合筆試合格分數線公佈時間爲2014年12月31日。
1999-2014年臨牀執業助理醫師資格考試醫學綜合筆試合格線分數線(臨牀執業助理醫師綜合筆試滿分爲300分)：
2014年 臨牀執業助理醫師合格分數線 176分
2013年 臨牀執業助理醫師合格分數線 175分
2012年 臨牀執業助理醫師合格分數線 180分
2011年 臨牀執業助理醫師合格分數線 175分
2010年 臨牀執業助理醫師合格分數線 170分
2009年 臨牀執業助理醫師合格分數線 160分
2008年 臨牀執業助理醫師合格分數線 178分
2007年 臨牀執業助理醫師合格分數線 180分
2006年 臨牀執業助理醫師合格分數線 183分
2005年 臨牀執業助理醫師合格分數線 173分
2004年 臨牀執業助理醫師合格分數線 168分
2003年 臨牀執業助理醫師合格分數線 154分
2002年 臨牀執業助理醫師合格分數線 158分
2001年 臨牀執業助理醫師合格分數線 174分
2000年 臨牀執業助理醫師合格分數線 166分
1999年 臨牀執業助理醫師合格分數線 158分