南京大學醫學院的前身爲中央大學醫學院，創建於1935年，1949年解放後改名爲南京大學醫學院，1951年劃歸部隊系統，1987年經教育部（原國家教委）批准重建，成爲教育部直屬的第一所綜合性大學七年制醫學院。本院辦學方針是小規模、研究型、國際化，目標是培養未來醫學領軍人才，辦學理念和人才培養獨具特色。現設臨牀醫學、基礎醫學和口腔醫學三個專業，學制七年。有臨牀醫學和基礎醫學兩個一級學科博士點及口腔醫學一個一級學科碩士點，有生理學、內科學、外科學三個二級學科博士點和臨牀醫學博士後流動站，其中普通外科學爲國家重點學科。培養臨牀醫學、基礎醫學和口腔醫學碩士和博士研究生。
以南京鼓樓醫院、南京軍區南京總醫院（金陵醫院）和南京口腔醫院作爲附屬醫院，並以南京市各專科醫院作爲教學醫院，師資力量雄厚，現有中國工程院院士2人，博士生導師42人，教授124人，副教授179人。教學和科研成果顯著，曾獲得1996年教育部科技進步三等獎，1997年江蘇省教學成果一等獎和國家級教學成果二等獎， 1998年教育部科技進步三等獎, 1999年教育部科技進步三等獎, 2000年中國高校科學技術二等獎，2002年度教育部提名國家科學技術獎一等獎和二等獎，2003年度教育部提名國家科學技術獎二等獎，2005年江蘇省教學成果一等獎，2008年教育部科技進步一等獎和自然科學二等獎，2009年國家科技進步二等獎、2009年教育部高等學校科學研究自然科學獎一等獎，2009年教育部高等學校科學研究科技進步獎一等獎，2009年教育部高等學校科學研究科技進步獎一等獎。
憑藉南京大學雄厚的自然科學基礎，濃郁的學術和人文氛圍，本院尤其注重加強學生的基礎理論、創新思維及科研能力和人文素質的培養，教學內容反映現代水平，並開設大量與現代醫學理論和臨牀有關的選修課，使學生既具有廣博而堅實的生命科學和自然科學基礎，又掌握現代醫學理論和必要的臨牀知識與實踐機能。
國際交流頻繁，與澳大利亞西澳大學醫學院、香港中文大學醫學院簽署學生交流協議，每年遴選優秀學生赴上述大學醫學院進行爲期3月和5周的交流。
除了學校的各類獎、助學金外，本院專設有“吳階平基金會優秀貧困大學生助學專項基金”和“校友助學專項基金”等助學金，資助品學兼優、家境貧寒的學生完成學業；還專設有“香港孫明傑基金會威爾曼優秀研究生獎學金”，獎勵優秀研究生。
學生順利完成學業，可獲得碩士學位，成績優秀者可八年一貫，直接攻讀博士學位。
建院二十二年來，南京大學醫學院已培養十五屆畢業生，其中博士202名，碩士830名。這些畢業生極大多數在全國各大城市的三級甲等醫院中從事臨牀工作，在工作中都有出色的表現，其中一部分在業務上已有所建樹或成爲所在單位的骨幹。用人單位在評價南京大學醫學院的畢業生時一致認爲：該院畢業生基礎紮實、思維敏捷、知識面寬、外語好、計算機能力強，有較強的研究能力和創新能力，並十分關注醫學發展的前沿動態，在醫學臨牀和研究領域有很強的競爭力。
