南京醫科大學創建於1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名爲南京醫學院。1962年，被列爲全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批准爲全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名爲南京醫科大學。學校是江蘇省屬重點建設高校。
學校設有21個學院(部)和1個獨立學院——康達學院。在江蘇、上海、浙江、山東等地擁有23所附屬醫院和50多所教學醫院。學校現有在職教職工1600多人，其中學校編制專任教師784人。有教授169人、副教授 229人，有博士生導師422人、碩士生導師1746人(含附屬醫院)。學校現有中國工程院院士1名，美國國家醫學院外籍院士1名，“長江學者”特聘教授3名，國家傑出青年科學基金獲得者7人，國家級教學名師1人，入選“教育部新世紀優秀人才支持計劃”7人，“江蘇特聘教授”16人，“國家級教學團隊”3個，教育部“創新團隊”1個。學校是江蘇省高層次人才培養計劃——“333工程”培訓基地。教育人才工作多次獲得江蘇省教育廳表彰。
學校現有一級學科博士學位授權點8個(基礎醫學、臨牀醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、特種醫學、護理學、人文醫學)、二級學科博士學位授權點50個;一級學科碩士學位授權點11個、二級學科碩士學位授權點73個;博士後科研流動站7個，學位授權點已覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學等7個學科門類;擁有3個國家重點學科、1個國家重點培育學科、2個江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點、3個江蘇省一級學科重點學科。基礎醫學、公共衛生與預防醫學、臨牀醫學、口腔醫學是江蘇省高校優勢學科。
學校設有19個本科專業、2個六年制雙學位專業和5個七年制專業(方向)。目前，在校生總數爲1.3萬多人，已形成從本科生、研究生到博士後，從全日制到成人教育、留學生教育全方位、多層次的教育體系。
學校現有1個國家重點實驗室、4個部級重點實驗室、15個省級重點實驗室(工程中心)。“十二五”以來，學校的科研水平不斷躍升，承擔了多項國家“863”、“973”項目，獲得國家自然科學基金項目不斷實現新突破，發表的SCI論文數量及論文影響因子迅猛增長。2014年，我校獲得239項國家自然科學基金項目，再創歷史新高。連續四次被評爲“江蘇省科技工作先進高校”。
南京醫科大學第一臨牀醫學院2010級五年制臨牀醫學專業今年的碩士研究生錄取率創新高。全年級350人，通過學校推薦免試攻讀研究生的57人，通過全國考試攻讀研究生的185人，總錄取率爲69.1%，其中升學率最高的班級達82.4%。即將進入研究生學習階段的學生中，有55人被外校錄取，佔專業總人數的15.7%，去向包括北京大學醫學部、北京協和醫學院、復旦大學、上海交通大學、浙江大學。