股權轉讓個人所得稅的計算是依據國家稅務總局關於《股權轉讓所得個人所得稅計稅依據覈定問題的公告》(國家稅務總局公告2010年第27號)的相關規定，個人所得稅的確定是按照公平交易價格爲依據的，明顯偏低且無正當理由的，主管稅務機關可採用本公告列舉的方法覈定。
一、問：《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》(國家稅務總局公告2014年第67號，以下簡稱第67號公告)明確，個人股權轉讓所得個人所得稅，以股權轉讓方爲納稅人，以受讓方爲扣繳義務人。扣繳義務人在被投資企業所在地主管稅務機關未辦理過任何登記手續，該怎麼辦?
答：扣繳義務人在被投資企業所在地主管稅務機關既沒有辦理過稅務登記也未辦理過扣繳義務人登記的，應先按規定向被投資企業所在地主管稅務機關申請辦理扣繳義務人登記。
二、問：第67號公告要求，扣繳義務人應於股權轉讓相關協議簽訂後5個工作日內，將股權轉讓的有關情況報告主管稅務機關。股權轉讓的有關情況具體指那些內容?
答：股權轉讓的有關情況應包括股權轉讓雙方信息(如身份信息、聯繫方式等)，股權轉讓協議情況(如股權基本信息、企業資產狀況、約定對價金額、具體交易形式、工商變更時間、對價支付時點、後續收入或賠償等)，以及涉及股權轉讓的其他情況。
三、問：因故無法代扣代繳個人所得稅的，扣繳義務人該怎麼辦?
答：扣繳義務人無法代扣代繳個人所得稅時，扣繳義務人應當及時報告被投資企業所在地稅務機關。
四、問：納稅人自行申報繳納股權轉讓所得個人所得稅，應該怎麼辦?
答：納稅人向被投資企業所在地主管稅務機關自行申報繳納股權轉讓所得個人所得稅的，被投資企業所在地主管稅務機關應予受理。
五、問：扣繳義務人、納稅人申報的股權轉讓收入屬於第67號公告轉讓收入明顯偏低情形的，稅務機關將如何處理?
答：扣繳義務人、納稅人申報的股權轉讓收入明顯偏低的，主管稅務機關將對其提供的正當理由及相關證明材料進行覈實。對於不能提供相關證明材料或提供的證明材料無法證明其正當理由的，主管稅務機關將按規定覈定股權轉讓收入。
六、問：扣繳義務人、納稅人未提供完整、準確的股權原值憑證，不能正確計算股權原值的，或因申報的股權原值、合理費用偏高導致計稅依據明顯偏低的，稅務機關將如何處理?
答：扣繳義務人或納稅人申報的股權原值、合理費用明顯偏高的，主管稅務機關將對其提供原值和費用憑證進行覈實。對於未提供完整、準確的股權原值憑證，不能正確計算股權原值的或提供的憑證無法證明合理性與關聯性的，主管稅務機關將按規定進行覈定。
七、問：被投資企業發生個人股東變動或者個人股東所持股權變動的，應當在次月15日內向主管稅務機關報送股東變更情況說明。股東變更情況說明具體涵蓋那些內容?
答：股東變更情況說明包括股權變化的股東信息(如股權變動股東的身份信息，聯繫方式等)，企業股權結構變化情況(如股權變化的緣由，變動數量，對應價格，完稅情況等)以及涉及股東變更相關的其他情況。
股權轉讓的個人所得稅怎麼計算
一、自然人轉讓所投資企業股權(份)(以下簡稱股權轉讓)取得所得，按照公平交易價格計算並確定計稅依據。計稅依據明顯偏低且無正當理由的，主管稅務機關可採用本公告列舉的方法覈定。
二、計稅依據明顯偏低且無正當理由的判定方法
(一)符合下列情形之一且無正當理由的，可視爲計稅依據明顯偏低：
1.申報的股權轉讓價格低於初始投資成本或低於取得該股權所支付的價款及相關稅費的;
2.申報的股權轉讓價格低於對應的淨資產份額的;
3.申報的`股權轉讓價格低於相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓價格的;
4.申報的股權轉讓價格低於相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓價格的;
5.經主管稅務機關認定的其他情形。
(二)本條第一項所稱正當理由，是指以下情形：
1.所投資企業連續三年以上(含三年)虧損;
2.因國家政策調整的原因而低價轉讓股權;
3.將股權轉讓給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人;
4.經主管稅務機關認定的其他合理情形。
三、對申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由的，可採取以下覈定方法：
(一)參照每股淨資產或納稅人享有的股權比例所對應的淨資產份額覈定股權轉讓收入。對知識產權、土地使用權、房屋、探礦權、採礦權、股權等合計佔資產總額比例達50%以上的企業，淨資產額須經中介機構評估覈實。
(二)參照相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓價格覈定股權轉讓收入。
(三)參照相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓價格覈定股權轉讓收入。
(四)納稅人對主管稅務機關採取的上述覈定方法有異議的，應當提供相關證據，主管稅務機關認定屬實後，可採取其他合理的核定方法。
根據《中華人民共和國個人所得稅法》相關規定，財產轉讓所得以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的餘額，爲應納稅所得額，稅率爲20%。